В начале осени 1906 года, после нескольких заседаний, сопровождавшихся бурными дискуссиями, Совет министров отправил царю на утверждение скромный пакет реформ. Среди них, в частности, фигурировало предложение предоставить евреям, определенное время проработавшим в качестве ремесленников или купцов за чертой оседлости, право на постоянное проживание в этом месте. Другая мера предполагала отмену штрафов, налагаемых на семьи евреев, уклонявшихся от службы в армии. В адресованном царю рапорте Столыпин пространно изложил практические доводы в пользу облегчения участи евреев. Очевидно, он не сомневался, что царь одобрит предложенные меры, так как в рапорте отметил, что возражать против них могут лишь те, кто питает непримиримую ненависть к еврейству.
Николаю потребовалось на ответ почти два месяца. Десятого декабря 1906 года он полностью отверг все предложенные меры, которые в письме назвал «журналом»:
Петр Аркадьевич.
Возвращаю вам журнал по еврейскому вопросу не утвержденным.
Задолго до представления его мне, могу сказать, и денно и нощно, я мыслил и раздумывал о нем.
Несмотря на самые убедительные доводы в пользу принятия положительного решения по этому делу, — внутренний голос все настойчивее твердит мне, чтобы я не брал этого решения на себя. До сих пор совесть моя никогда меня не обманывала. Поэтому и данном случае я намерен следовать ее велениям.
Я знаю, что вы тоже верите, что «сердце Царево в руцех Божиих».
Да будет так.
Я несу за все власти, мною поставленные, перед Богом страшную ответственность и во всякое время готов Ему отдать в том ответ.
Что думал на этот счет Столыпин, мы не знаем, но, безусловно, он был шокирован. Придерживавшийся умеренно консервативных взглядов В. Н. Коковцов, единомышленник Столыпина и министр финансов, написал в мемуарах: «Ни в одном из документов, находившихся в моих руках, я не видел такого яркого проявления того мистического настроения в оценке существа своей Царской власти, которое выражается в этом письме Государя своему Председателю Совета Министров». Эпизод с «внутренним голосом» в какой-то мере объясняет и загадочное решение властей возбудить дело именно против Бейлиса.
Высказывалось мнение, что дело Бейлиса составляло часть политической стратегии некоторых чиновников. Таким образом они, по словам ряда исследователей, надеялись сорвать принятие Думой закона об отмене черты оседлости или же в целом, как пишет историк Орландо Файджес, «использовали ксенофобию на благо монархии… чтобы мобилизовать „верноподданных русских“ на защиту царя и традиционного общественного уклада». Но закон об отмене черты оседлости отвергли еще на стадии обсуждения в думском комитете в феврале 1911 года, до исчезновения Андрея; не было никаких шансов, что его примут. К тому же нельзя сказать, чтобы власти активно эксплуатировали дело Бейлиса, чтобы поднять население на защиту «матушки России». Наоборот, как видно из документов, правительство боялось народного вмешательства на протяжении всего процесса. Еще одна версия, объясняющая преследование Бейлиса давлением со стороны праворадикалов, тоже звучит неубедительно: праворадикалы были порождением режима, сильно зависели от государства, втайне финансировавшего их общества, и, кроме того, увязли в ожесточенных распрях — Союз русского народа раскололся на три соперничавшие между собой организации. При желании правительство вполне могло поставить праворадикалов на место. Можно предположить, что сановники, фабриковавшие дело Бейлиса, руководствовались не желанием мобилизовать народ или решить некие политические задачи, а стремлением угодить царю, основываясь на их понимании его личных убеждений, и продвинуться по службе.