Помощь Столыпину оказали лучшие киевские врачи. Поначалу они надеялись, что премьер выживет. Но по прошествии трех дней Столыпину стало хуже, и 5 сентября 1911 года он скончался.
Дмитрий Богров, убийца премьера, двадцатичетырехлетний анархист, юрист по образованию, время от времени выполнявший функции осведомителя тайной полиции, оказался евреем. (Кулябко разрешил Богрову, которого считал своим агентом, пройти в театр, поверив, что он якобы способен предотвратить покушение на жизнь премьер-министра.) Богров, родившийся в состоятельной и значительно ассимилировавшейся семье, был евреем лишь по происхождению, но после убийства значение имел только неоспоримый факт его этнической принадлежности. Черносотенные провокаторы своими речами подогревали ненависть толпы. На следующий день после смерти Столыпина банда, насчитывавшая примерно двадцать человек, бросала камни в еврейских студентов и нападала на евреев-торговцев на Александровской улице. Тысячи киевских евреев толпились на вокзале, намереваясь бежать из города.
Допросить убийцу Столыпина поручили следователю Фененко. Мотивы Богрова оставались не вполне ясны, но, по-видимому, в первую очередь им двигало стремление восстановить свою репутацию: товарищи-анархисты узнали о том, что он являлся полицейским осведомителем, и потребовали доказательств его верности. (Такое случалось нередко, поскольку в общества революционеров втирались многочисленные доносчики.) Оправдать Богрова мог лишь грандиозный террористический акт, ставивший под угрозу его собственную жизнь. На допросах Богров с горечью говорил о нетерпимости властей по отношению к евреям, а это значит, что происхождение могло сыграть свою роль в принятии им такого решения. Однако поступок Богрова — казненного всего через одиннадцать дней после рокового выстрела — можно отнести и к многочисленным романтическим самоубийствам. В последние годы династии Романовых добровольная смерть молодых мужчин и женщин, разочаровавшихся в жизни, превратилась в эпидемию, моду, манию; охваченные смертельным любопытством, читатели разворачивали утренние газеты, чтобы узнать о самых оригинальных актах отчаяния, нередко облеченных в форму социального протеста. За несколько месяцев до покушения в письме к другу Богров признавался, что ему «тоскливо, скучно, а главное одиноко», что у него «нет никакого интереса к жизни», не сулящей ему «ничего, кроме бесконечного ряда котлет», которые он еще успеет съесть. Когда Богрова разоблачили как осведомителя, он имел возможность бежать за границу, но предпочел остаться и отправился в киевский театр. Выбранный им способ самоуничтожения призван был потрясти и ввергнуть в растерянность все общество.
Новый премьер-министр В. Н. Коковцов твердо намеревался не допустить никакого насилия по отношению к евреям. Он заверил депутацию обеспокоенных евреев, что примет самые решительные меры для предотвращения погрома, и выполнил обещание. В преимущественно еврейские районы Киева было направлено три полка казаков, а соседним губернаторам было приказано при необходимости применять силу, чтобы остановить погромы на подведомственных им территориях. Николай II одобрял действия нового премьера; он тоже не хотел беспорядков.
Случившееся вызвало многочисленные пересуды. Как Дмитрий Богров, вооруженный, с настоящим пропуском, смог проникнуть в театр и практически в упор застрелить премьер-министра? Поползли слухи, что Столыпин был убит в результате заговора правых, действовавших с молчаливого согласия тайной полиции. Полковника Кулябко за халатность приговорили к условному сроку. Говорили, что генерал Курлов плел интриги против Столыпина, даже вскрывал письма премьера, надеясь найти в них компрометирующий материал. Однако расследование в отношении Курлова царь прекратил, а потому толки о заговоре, стоявшем за убийством премьер-министра, так и не утихли.
Бейлис не мог знать, каким бедствием стала для него смерть Столыпина, который был, пожалуй, единственным человеком во всей империи, способным ему помочь. Коковцов, при всей своей порядочности, не мог считаться фигурой сопоставимого масштаба — он умел поддерживать порядок, но не вести политические баталии. Сама смерть Столыпина не предвещала Бейлису ничего хорошего, еще хуже было то, что премьер погиб от руки еврея. Правая пресса, при жизни поносившая Столыпина, теперь преклонялась перед ним. «Русское знамя», газета Союза русского народа, даже уверяла, что еврейские заговорщики убили Столыпина, так как им не удалось подкупить его, чтобы тот покрыл ритуальное убийство и оставил Менделя Бейлиса безнаказанным. Раньше правительство еще могло бы прекратить дело Бейлиса, теперь это было немыслимо.
И все же после смерти Столыпина Бейлис стал получать помощь из самых неожиданных мест. А из мрачной и вероломной среды, в которой вращались такие, как Богров, впоследствии явились два его потенциальных спасителя.