Правда, одному члену правительства дело Бейлиса, без сомнения, внушало отвращение и тревогу. В начале сентября, когда приказчик кирпичного завода находился в карантинной камере, надежда избежать суда для него была сопряжена прежде всего с возможным вмешательством председателя Совета министров П. А. Столыпина. Столыпин не считал евреев безнадежно порочным народом, а скорее видел в евреях политическую и социальную проблему, которую, если бы царь позволил, можно было решить политическими средствами. Не сохранилось никаких свидетельств о точке зрения Столыпина на дело Бейлиса, но трудно поверить, чтобы он думал, что суд над евреем за убийство христианского мальчика отвечает интересам государства. Такое показательное зрелище лишь усугубило бы неприязнь евреев к правительству. К тому же Столыпин был серьезно обеспокоен влиянием типичных для России антисемитских эксцессов на образ империи за рубежом и на ее внешние экономические отношения. Осенью 1911 года Столыпина тревожила активная лоббистская кампания — первый в истории пример такого рода, — возглавляемая финансистом Джейкобом Шиффом, который призывал аннулировать русско-американское торговое соглашение 1832 года, наказав Российскую империю за ее антиеврейскую политику. Дело о ритуальном убийстве лишь прибавило бы доводов сторонникам этой кампании.
Позднее один прагматичный единомышленник Столыпина утверждал, что премьер-министр никогда бы не допустил, чтобы делу Бейлиса дали дальнейший ход. В предшествующий год Столыпин проявил политическую твердость, попытавшись добиться высылки двух царских любимцев — «безумного монаха» Илиодора и Распутина. Во время введения земства в западных губерниях он выдержал яростный натиск праворадикалов, поэтому, вероятно, сумел бы помешать нелепому процессу, открытого одобрения которому царь не выражал.
Жизнь Столыпина приходилось охранять ежечасно. За пять лет, что он занимал свой пост, на Столыпина покушались около семнадцати раз, причем самой масштабной попыткой был взрыв его дома, убивший двадцать семь человек и ранивший двух его детей. Он прекрасно понимал, сколько у него врагов. Завещание, написанное за несколько лет до его убийства, начиналось словами: «Я хочу быть погребенным там, где меня убьют».
Главное мероприятие, приуроченное к приезду царя, — открытие памятника Александру II — обошлось без происшествий, равно как и другие уличные мероприятия, особенно рискованные с точки зрения охраны. Назначенное на 1 сентября представление оперы Римского-Корсакова «Сказка о царе Салтане» в киевском городском театре, где должны были присутствовать члены царской семьи, не вызывало никаких опасений. Попасть в театр мог лишь обладатель специального пропуска — самого редкого из двадцати шести видов пропусков, выдаваемых тогда в Киеве. Охраной театра руководил лично Кулябко, начальник Киевского охранного отделения.
Царь с двумя дочерьми в сопровождении князя, наследника болгарского престола, сидели в ложе киевского генерал-губернатора, самой близкой к сцене. (Императрица Александра в тот вечер чувствовала себя нездоровой и на представление не пошла.) Первый ряд партера был занят наиболее высокопоставленными чиновниками. Столыпин расположился в пятом кресле, между генерал-губернатором Ф. Ф. Треповым и министром императорского двора бароном В. Б. Фредериксом. Когда в антракте зажегся свет, премьер встал и облокотился на барьер оркестровой ямы. Пока он беседовал с бароном Фредериксом и другим сановником, в ряд, где они сидели, проскользнул худощавый молодой человек и остановился примерно в полутора метрах от Столыпина. Молодой человек вынул из кармана пистолет и дважды выстрелил. Одна пуля попала Столыпину в руку, а от другой на правой стороне груди появилось красное пятно, причем пуля раздробила висевший на ленте орден. Киевский губернатор А. Ф. Гирс так описывал эту сцену:
Петр Аркадьевич как будто не сразу понял, что случилось. <…> Медленными и уверенными движениями он положил на барьер фуражку и перчатки, расстегнул сюртук и, увидя жилет, густо пропитанный кровью, махнул рукой, как будто желая сказать: «Все кончено». Затем он грузно опустился в кресло и ясно и отчетливо… произнес: «Счастлив умереть за царя».
Каким-то образом получилось, что премьер-министр остался вообще без охраны, в ста шагах от него не оказалось ни одного жандарма. Чтобы не дать убийце возможности выстрелить в третий раз, около сорока присутствовавших повалили его на пол и били театральными биноклями, подстрекаемые криками других зрителей: «Убейте его!», но подоспевшая полиция не дала забить его до смерти.