Двадцать восьмого января, за два дня до того, как Бейлис получил на руки обвинительный акт, полковник А. Ф. Шредель, глава Киевского губернского жандармского управления, отправил донесение своему петербургскому начальнику, заместителю директора Департамента полиции. Указывая на несостоятельность причудливой версии Бразуля, Шредель сообщал, что проведенное жандармским управлением секретное расследование «дает твердое основание предполагать, что убийство мальчика Ющинского произошло при участии… Чеберяковой» и членов ее шайки. В следующем рапорте от 14 февраля с пометой «Лично. Совершенно секретно. В собственные руки» Шредель докладывал, что, несмотря на предъявленное Бейлису официальное обвинение, Киевское жандармское управление продолжает вести розыски, которыми руководит подполковник Иванов и которые по-прежнему «сосредоточены, главным образом, вокруг… жены почтового чиновника Веры Владимировны Чеберяковой и непосредственно связанных с нею уголовных преступников». В качестве подозреваемых в докладе были перечислены семь членов ее шайки. Вскоре Иванов в процессе расследования сократит этот список до трех предполагаемых участников преступления: сводного брата Веры Петра Сингаевского по кличке Плис, Бориса (Борьки) Рудзинского и Ивана Латышева (Ваньки Рыжего). Следствие, по словам Шределя, исходило из предположения, что Андрей «явился невольным свидетелем одного из преступных деяний этой шайки, с которым „из боязни нужно было покончить“». Последняя фраза, взятая в кавычки, вероятно, представляла собой буквальную цитату из свидетельских показаний, приведенных в предшествующем рапорте, к сожалению, утраченном. Мы вряд ли когда-либо узнаем обо всех свидетельствах, которыми располагал подполковник Иванов, но очевидно, что у него почти не оставалось сомнений относительно настоящих убийц.
Шредель резко и с удивительной откровенностью высказался об уликах против еврея, обвиняемого в убийстве Ющинского. «Обвинение Менделя Бейлиса, — писал он, — в убийстве Андрея Ющинского при недостаточности собранных против него улик и всеобщем интересе к этому делу, приобретшему почти европейскую известность, может повлечь за собой большие неприятности для чинов судебного ведомства и вполне справедливые нарекания на допущенную при производстве следствия поспешность заключений и даже односторонность». Четырнадцатого марта он вновь предупредил, что «имевшиеся против Бейлиса косвенные улики, как ныне выясняется, на судебном следствии совершенно отпадут».
Что касается обвинителей, любопытный эпизод проливает свет на их собственные сомнения в виновности подозреваемого. Среди лидеров черносотенцев, предлагавших обвинению свои услуги, был некто Григорий Опанасенко. Обвинение всерьез прислушивалось к его мнению. Двадцать девятого апреля Опанасенко предстал перед членом прокурорской команды А. А. Карбовским и известил его о зловещей молве: «К преступникам является тень Ющинского и требует от них свою одежду. Они не спят по ночам и готовы во всем сознаться». Карбовский, по-видимому, совершенно серьезно задался целью выяснить, правда ли это. Странным образом выдав собственный взгляд на дело, он, похоже, расспросил об этом видении всех, кроме Менделя Бейлиса. Карбовский отправился в тюрьму, где в то время содержались за кражу двое членов шайки Веры Чеберяк. На странный вопрос прокурора оба заключенных ответили отрицательно. Иван Латышев (Ванька Рыжий) со всей определенностью заявил: «Тревожных снов я не вижу, никакими галлюцинациями не страдаю».
Приближалось 17 мая, 7 апреля был утвержден предварительный состав коллегии присяжных. Когда через несколько дней Бейлиса вызвали в тюремную контору для встречи с Марголиным, у него не было причин ждать дурных вестей: тот неизменно подбадривал его. Однако на этот раз Марголин его обескуражил: суд отложили, не назначив новой даты. «Мне будто выстрелили в голову, — вспоминал Бейлис. — Я думал, что сойду с ума». Он считал дни и часы — и вот время остановилось.
Марголин объяснил, что заболел эксперт, без которого нельзя начать суд, однако точной даты не назначено, а потому заключенный вновь лишился права видеться с семьей.
Бейлис снова остался в полном одиночестве. Его впервые посетила мысль о самоубийстве. «Уж лучше смерть, чем такая жизнь», — думал он. Сидя в тюремной камере, Бейлис вспомнил давно забытые молитвы, находя в них утешение.
Я вспомнил стих: «Кто силен? Тот, кто обуздывает свои страсти». И, когда у меня снова возникала страшная мысль о самоубийстве, этот стих стоял у меня перед глазами. «Надо быть сильным, — подумал я, — надо обуздать свои страсти и жить».
Он решил жить, чтобы увидеть день, когда откроется истина. А тем временем его дело получило уже международную известность, он словно в самом деле стал «вторым Дрейфусом».