В итоге Марголин, сохраняя инкогнито, встретился в Харькове с Чеберяк и выслушал ее запутанную историю, придя к выводу, что все рассказанное ею — ложь. Из этой встречи он вынес уверенность, что Чеберяк сама причастна к убийству Андрея. Во время их встречи Марголин большей частью молчал, но все же поинтересовался у Чеберяк предполагаемыми мотивами убийства. Почему, спросил он, убили Андрея? Андрея, ответила Чеберяк, умертвили Мифле и подлая шайка «профессиональных воров» потому, что мальчик знал, чем они занимаются, и был «опасным свидетелем».
К концу декабря Фененко стало ясно, что ему не удалось пресечь попытки обвинить Бейлиса в убийстве Андрея Ющинского. Он был уверен, что в ходе следствия нелепость обвинений окажется вопиюще самоочевидной и дело против Бейлиса закроют. Но Чаплинский требовал, чтобы Фененко объявил расследование завершенным, иначе судебное законодательство не позволяло составить обвинительный акт. Прокурор хотел начать новый год с громкого дела.
Правда, Чаплинского тревожила скудость улик, которые сам он признавал «не вполне устойчивыми». Необходимо было срочно найти — или сфабриковать — новые улики. Так возник странный союз, определивший ход дела. Чаплинский, прокурор Киевской судебной палаты, пошел на сотрудничество с Верой Чеберяк. Позднее они встретятся и сговорятся. Но пока между ними возникло лишь молчаливое соглашение, удовлетворявшее запросам честолюбивого чиновника и преступницы-социопатки. В эти дни, за неделю до Рождества 1911 года, каждый из них приводил в исполнение свой план, стремясь сделать обвинение более убедительным.
Двадцатого декабря Вера Чеберяк отправила своего мужа Василия к Фененко с новой историей. Василий был всецело во власти Чеберяк. Он сделал бы все, чего она хотела. Еще несколько месяцев назад он мечтал, чтобы ее арестовали, теперь же был готов на что угодно, чтобы отвести от нее подозрения. По его словам, родственники Андрея были «люди простые», и Василию «не хотелось, чтобы [его] мальчик гулял с таким мальчиком». Подчеркнув, что его покойный сын стоял выше своего покойного товарища, Василий выложил байку, сочиненную для него женой: «…в квартиру прибежал, запыхавшись, Женя и, когда я его спросил, где он был, он мне рассказал, что вместе с Андрюшей Ющинским он играл на мяле в кирпичном заводе Зайцева, и что там их видел Мендель Бейлис и погнался за ними».
Согласно новой версии, Женя вырвался из лап евреев, а Андрей — нет. Чаплинский мог радоваться, что наконец-то у него появился приличный свидетель, впутавший Бейлиса в подозрительную историю.
Чаплинского беспокоила еще одна проблема: результаты вскрытия не подтверждали версию о ритуальном убийстве. Судебно-медицинский эксперт А. М. Карпинский, делавший первое вскрытие, пришел к выводу о жестоком импульсивном, а не «ритуальном» убийстве. В отчете о втором вскрытии, представленном 25 апреля, основной причиной смерти было названо «почти полное обескровливание тела» (как уже отмечалось, это сомнительное заключение свидетельствовало о давлении Чаплинского, и на суде защита яростно оспаривала его). Но даже вторая экспертиза не указывала определенно, что преступление совершено с целью обескровить тело.
Фененко, видимо, не по своей инициативе, допросил профессора Н. А. Оболонского и прозектора Н. Н. Туфанова, проводивших второе вскрытие. Он вынужден был задать обоим совершенно необоснованный отвлеченный вопрос: «Если из тела Ющинского была выточена и собрана кровь, то из каких ранений было удобнее собрать ее?..» Двадцать третьего декабря эксперты дали ответ:
Так как наиболее сильное кровотечение было из левой височной области… из раны на темени… а также из ранений из правой стороны шеи… надо полагать, что именно из этих ранений можно было удобнее всего собирать кровь, если из тела Ющинского кровь действительно была собираема.
Это был весьма приблизительный ответ, но для обвинения и такой ответ годился.