Место в «монастыре», камере номер девять, дорого стоило Бейлису. В камере было куда менее людно — всего четырнадцать человек, сокамерники были не такими грубыми, а условия жизни выгодно отличались от камеры номер пять. Чувство нависшей угрозы прошло, и у Бейлиса даже появился друг — Иван Козаченко, худощавый тридцатилетний мужчина, с которым у него было много общего. Козаченко рассчитывал на оправдательный приговор, а значит, мог оказать ему услугу на свободе. Пока же Козаченко вызвался тайком передавать от него на волю письма: по его словам, это делал за плату один из надзирателей. Бейлис не мог поверить своему счастью, а верить ему и правда не следовало: Козаченко был полицейским осведомителем.
Его поместили в одну камеру с Бейлисом по распоряжению подполковника Иванова, помощника начальника киевских жандармов, участвовавшего в расследовании убийства Ющинского. Впоследствии некоторые современники тех событий и историки пришли к выводу, что подполковник Иванов с самого начала задался целью сфабриковать улики против Бейлиса. В действительности здесь вмешался случай. На данном этапе Иванов честно вел расследование. В виновность Бейлиса он не верил. Подсадив к нему осведомителя, можно было разве что содействовать его оправданию (хотя Иванов и не ставил себе такой цели). Но все обернулось иначе.
Вначале Бейлис передал через Козаченко маленькую записку жене, написанную по-русски другим заключенным, так как Бейлис по-русски писал с большим трудом. Затем, собираясь выйти на свободу, Козаченко предложил Бейлису собственноручно подписать более длинное письмо, в котором тот просил жену вознаградить Козаченко за его помощь и вообще доверять ему как другу. Взяв карандаш, Бейлис нацарапал внизу страницы приписку на корявом русском: «Я Мендель Бейлис не беспокойся на этот человек можно надеичи так как и сам». Когда Козаченко настало время уходить, Бейлис заплакал и умолял его сделать хоть что-нибудь, чтобы вытащить его из тюрьмы. Козаченко твердо обещал помочь.
Это письмо он не собирался передавать властям, рассчитывая получить от семьи Бейлиса деньги за мнимую помощь, тем более что Бейлис даже предлагал оплатить его счет за адвоката. Но на выходе из тюрьмы Козаченко предупредили, что, согласно правилам, его должны обыскать. Пришлось признаться надзирателю, что у него есть письмо для семейства Бейлиса.
Козаченко любил сочинять небылицы и лгал очень убедительно; даже соседи по камере номер девять поверили, что он когда-то служил в полиции. Почему он поступил так, как поступил, неизвестно, но, возможно, его поведение объясняется просто: он всеми фибрами души ненавидел евреев. Когда ему преградили выход из тюрьмы и велели давать объяснения по поводу контрабандного письма, в сознании Козаченко, по всей видимости, слились страх и ненависть.
Послание может показаться безобидным, пояснил он, но на самом деле это рекомендательное письмо, которое он должен вручить еврейской клике, призванной помешать следствию. Его немедленно отправили на допрос к следователю Фененко. Там Козаченко сделал заявление: Бейлис поручил ему отравить двух свидетелей — фонарщика Шаховского и человека по прозвищу Лягушка. «Я изъявил свое согласие, — сказал Козаченко, — но, конечно, этого не сделал бы, так как не хочу, чтобы жид пил русскую кровь…» Бейлис, по словам Козаченко, велел ему расправиться со свидетелями, подмешав стрихнин в водку. Стрихнин ему якобы должны были дать в еврейской больнице, расположенной близ завода. Как утверждал Козаченко, Бейлис велел ему избавиться от фонарщика, потому что тот видел его с Андрюшей Ющинским. Что он имел против Лягушки, Бейлис якобы не объяснил. Козаченко якобы пообещали пятьсот рублей на расходы, но, если бы он выполнил эту чудовищную миссию, ему «дали бы столько денег, что хватило бы на всю… жизнь, причем деньги эти дала бы вся еврейская нация».
Одно в этом диком заявлении звучало правдоподобно. По словам Козаченко, Бейлис выразил уверенность, что «если его осудят, то пострадает вся еврейская нация». Бейлис и вправду начал осознавать особое значение своего дела и то, что от его участи и поведения зависит честь еврейского народа. Эта мысль будет поддерживать его в тюрьме и — без преувеличения — спасет ему жизнь. Не исключено, что впервые он поделился ею со своим мнимым другом.
Козаченко допросил подполковник Иванов, руководивший независимым расследованием убийства, которое проводило жандармское управление. Иванов решил проверить правдивость истории, рассказанной Козаченко, и послал его на завод Зайцева, чтобы тот представился бывшим сокамерником Бейлиса и собрал сведения. Иванов установил за Козаченко слежку и после каждой вылазки расспрашивал его. В конце концов он поймал Козаченко на явной лжи: тот придумал встречу с братом Бейлиса Ароном, которой не было. Иванов пригласил в комнату агентов, следивших за Козаченко, устроил им очную ставку, и Козаченко признался, что «все наврал».