В российских судах ни обвинению, ни защите не давали делать перед началом процесса никаких заявлений. Вместо этого зачитывали обвинительный акт. Текст зачитал один из помощников председателя — громко и отчетливо, после чего председатель, судья Болдырев, повернулся к Бейлису и спросил: «Признаете ли себя виновным в том, что по предварительному соглашению с другими, не обнаруженными следствием лицами, с обдуманным заранее намерением, из побуждений религиозного изуверства, для обрядовых целей лишить жизни мальчика Андрея Ющинского, 12 марта 1911 года… связав [ему] руки и зажимая ему рот, умертвили его… нанеся ему колющим орудием сорок семь ран на голове, шее, и туловище, причинив ранение мозговой оболочки, печени, правой почки, легких и сердца, каковые повреждения, сопровождаясь тяжкими и продолжительными страданиями, вызвали почти полное обескровление тела Ющинского?»
Бейлис ответил: «Нет. Не виновен. Живу честным трудом. Служу. Содержу жену, пятерых детей… Ничего этого не было…» Болдырев перебил его, сказав, что не время давать объяснения, но позже он сможет высказаться и даже имеет право задавать вопросы свидетелям.
Первой допрашивали мать Андрея Александру Приходько, женщину лет тридцати пяти, с длинной косой. Ее показания произвели гнетущее впечатление. «Андрюша был незаконный. Вы его любили так же, как и этих [от мужа] детей?» — спросил прокурор. «Больше всех», — ответила Александра. Примечательно, что Олимпиада Нежинская, бабушка Андрея со стороны матери, отказалась говорить что-либо против евреев. Прокурор спросил Олимпиаду: «А вы не обращали внимания на то, что он дружил с еврейским мальчиком?» — «Нет», — ответила та. Говорила ли она полиции, что, «может, евреи его убили»? Ответ на этот вопрос тоже был отрицательным.
Показания первых свидетелей не имели никакого отношения к обвинению против Менделя Бейлиса. Странное положение подсудимого, на которого никто не обращал внимания, отмечали многие. По словам Степана Кондрушкина, коллеги Набокова по «Речи», можно несколько часов или даже весь день просидеть в зале суда, так и не поняв, кого же судят. Один из полицейских чиновников, отправлявших ежедневные рапорты, писал: «Процесс производит странное впечатление: в течение трех дней Бейлисом никто не интересуется».
Особый интерес в первые несколько дней суда представляли показания полицейских, которые мялись, пытаясь объяснить свои неправомерные действия на месте преступления. Как отмечали многие очевидцы, порой казалось, что судят именно киевскую полицию. Мать, отчим и бабушка Андрея подробно рассказывали о мучительных неделях, пережитых ими по вине Мищука и Красовского. Обвинение туманно намекало на некий еврейский заговор, сбивший полицию с толку.
Друзья Андрея и его школьные товарищи, от застенчивости заикаясь и теребя брюки или края курток, вспоминали о мальчике. Гершик Арендер вспомнил, как Андрюша делился с ним мечтами о своем настоящем отце. Рассказал также, что однажды подарил другу игрушечное ружье, стрелявшее порохом и даже настоящими пулями (слепленными вручную из расплавленного свинца). Во время перекрестного допроса отца Гершика Грузенберг указал на то, что на улицах Слободки русские дети часто играли с еврейскими. «И не случалось, чтобы потом они пропадали?» — спросил он. Свидетель ответил, что, разумеется, нет.
Обвинителей заинтересовал старый еврей Тартаковский, жилец Арендеров, который, по слухам, был сокрушен смертью Андрея. Одинокий пожилой человек привязался к мальчику, а после его убийства был вне себя от горя. Несчастный старик вскоре умер, подавившись костью за обедом, но обвинители намекали, что и здесь не обошлось без еврейских козней.
Зарудный постоянно вмешивался с возражениями и добился желаемого эффекта. Виппер, государственный обвинитель, пытался выдержать язвительный и высокомерный тон, но постоянно нервничал, выходил из себя, даже терялся. Наоборот, Шмаков — тучный, медлительный — не утратил присущей ему саркастичности.
Утром третьего дня горожане осаждали киевские газетные киоски. Наиболее сенсационное событие первых дней процесса произошло не в зале суда, а вне его — на первой полосе газеты «Киевлянин» ее редактор Василий Шульгин опубликовал статью, в которой в пух и прах разнес обвинение. Экземпляров хватило не всем. Продавцы газет изрядно поживились: покупатели платили рубль только за то, чтобы прочитать текст, стоя у киоска. Защита успела купить выпуск за три рубля. Вскоре цена подскочила до пяти. К вечеру правительство изъяло тираж номера, и его стали продавать по пятнадцать рублей.
Шульгин — одна из самых интригующих фигур в деле Бейлиса: блестящий журналист, депутат Думы, непримиримый противник «ритуальной» версии, убежденный монархист и закоренелый антисемит, считавший евреев разрушительной, хищнической силой, которую следует держать в узде. Он считал, что этот суд оскорбляет чувство справедливости каждого человека. Шульгин негодовал: