Набоков, бывший депутат Государственной думы, видный юрист и один из основателей Конституционно-демократической партии, не питал иллюзий относительно интриг властей. Он сам однажды отсидел в тюрьме три месяца за антиправительственную деятельность. Но мысль, что одни представители власти борются с другими ради какого-то театрального эффекта, казалась ему «фантастической» и «невероятной». Набоков ошибался. Гражданский истец и депутат Думы Г. Г. Замысловский грозил неприятностями тайной полиции и всему Министерству внутренних дел, если они не согласятся открыто разоблачить Махалина в суде как бывшего агента. Как видно из документов, государственный прокурор Виппер поддерживал своего коллегу.
Однако прежде чем Иванов займет свидетельское место и подтвердит — или нет — слух, суду пришлось выслушать показания еще одной свидетельницы о корове подсудимого. Обвинение допросило Екатерину Маслаш, торговку фруктами, которая твердо заявила, что весной 1911 года коровы у Бейлиса не было. После еще одного свидетеля, которому нечего было сказать, Вера Чеберяк в скромном платке вместо шляпы вернулась для очной ставки с журналистом Яблоновским, который, как она теперь утверждала, и предложил ей сорок тысяч. Яблоновский заявил, что даже не присутствовал при пресловутом свидании в Харькове.
Наконец председатель вызвал подполковника Иванова.
За три дня до этого высшие государственные чиновники разрешили Иванову разоблачить своего бывшего агента Сергея Махалина. Директор Департамента полиции Степан Петрович Белецкий и министр внутренних дел Николай Алексеевич Маклаков дали свое согласие. Однако тайная полиция, не желая выставлять на всеобщее обозрение свои источники и методы работы, вынудила Замысловского взять свой ультиматум назад. В жандармском управлении указали на то, что, публично разоблачив одного агента, будет труднее вербовать других, и сделали соблазнительное контрпредложение: вместо того чтобы дискредитировать одного свидетеля, Иванов покажет на суде, что все они — Махалин, Караев, Бразуль и Красовский — подкуплены евреями. Иванов заявит, что располагает доказательствами о средствах, выделенных евреями на так называемое частное расследование, участники которого обвиняли Чеберяк и ее шайку. За день до того, как Иванов должен был давать показания, Замысловский отозвал свое требование разоблачить Махалина как осведомителя. Иванову было куда проще заявить, что последний, как и все его соратники, — орудия еврейского заговора.
Защитники не верили слухам, что Иванов заодно с обвинением, и с надеждой ожидали, что его показания принесут пользу. Они знали, что Иванов считал Бейлиса невиновным. Иванов был человеком, стремившимся поступать правильно. Он рекомендовал полиции арестовать Веру Чеберяк и воров из ее шайки по обвинению в убийстве Ющинского. Он подсадил в камеру к Бейлису осведомителя Козаченко, но он заставил Козаченко признаться, что тот солгал, когда говорил, что Бейлис предлагал деньги за отравление свидетелей. Когда клевету Козаченко включили в текст обвинительного акта, Иванов сообщил правду Дмитрию Пихно, уважаемому консервативному редактору и издателю газеты «Киевлянин», противнику «ритуальной» версии. Защита знала об этом разговоре и рассчитывала, что Иванов и теперь скажет правду.
Однако в суде Иванов отрицал даже, что встречался с Пихно. Редактор к тому времени уже умер и не мог опровергнуть его слова. Отвечая на простые вопросы о том, с кем он беседовал и что именно сказал, Иванов то и дело отговаривался тем, что запамятовал: «не помню», «точно не могу припомнить те разговоры, которые были два года тому назад», «этого не помню».
Присяжные едва ли обратили внимание на уклончивость Иванова, зато обвинение несомненно было заинтересовано в том, чтобы оказалось, что независимое расследование произведено на деньги евреев. И Иванов это подтвердил.
Бразуль якобы получил по меньшей мере три тысячи рублей. Тайного финансирования якобы хватило даже на то, чтобы оплатить тому лечебную поездку в Крым после завершения расследования. Караев же и Махалин, по его словам, ежедневно получали по пятьдесят рублей. Платили, заявил он, и Красовскому, но сколько именно — он сообщить не мог. Когда Иванова спросили об источнике этих средств, он ответил туманно, упомянув, однако, помощника присяжного поверенного по фамилии Виленский, коллегу первого адвоката Бейлиса — Арнольда Марголина.
Грузенберг и другие адвокаты были ошеломлены. Карабчевский, ошарашенный показаниями Иванова, настаивал, чтобы тот раскрыл источник сообщенных сведений. «Мы должны вам поверить на слово и не имеем возможности проверить?» — осведомился он. Поручившись за «достоверность» и «безошибочность» источника, Иванов тем не менее ответил, что «в силу своих служебных обязанностей» назвать его не может.