Новое правительство России решило, что прежних угнетателей народа, в том числе главных обвинителей Бейлиса, следует призвать к ответу за их преступления. Первым из высших правительственных чиновников арестовали бывшего министра юстиции Щегловитова. Вечером 27 февраля Щегловитова у него дома задержал студент, по собственной инициативе прихвативший с собой нескольких солдат. Конвойные торопили бывшего министра, не успевшего даже надеть пальто, хотя стояли суровые морозы. Борису Утевскому, помощнику Карабчевского во время процесса Бейлиса, довелось увидеть Щегловитова через несколько мгновений после ареста, и его поразил вид узника: «посеревшего, небритого, обмякшего, запуганного, но злого и ненавидящего». Вначале Щегловитова препроводили в Таврический дворец, где его встретил известный адвокат и депутат Думы А. Ф. Керенский, которому вскоре предстояло занять пост министра юстиции и на короткое время возглавить российское правительство. Керенский провозгласил: «Гражданин Щегловитов, от имени народа объявляю вас арестованным!» — после чего Щегловитова доставили в Петропавловскую крепость.
С бывшим министром внутренних дел Н. А. Маклаковым, арестованным на следующий день, обошлись куда более сурово: по дороге в Петропавловку его зверски избили.
Белецкого, бывшего начальника Департамента полиции, тоже арестовали и заточили в крепость. Царское правительство было разгромлено. Подготовить отречение Николая II было поручено В. В. Шульгину, депутату Думы, антисемиту, известному своим резким выступлением против обвинителей Бейлиса, и бывшему председателю Государственной думы А. И. Гучкову. Советники убедили Николая, что ему нельзя оставаться у власти. «Если надо, чтобы я отошел в сторону для блага России, я готов на это», — сказал он. Он отрекся ради спасения родины в пользу брата Михаила, а не неизлечимо больного сына. Но Михаил тоже подписал отречение, тем самым положив конец трехсотлетнему правлению династии Романовых.
Между тем Грузенберг изучал пять томов, которые занимали секретные материалы по делу Бейлиса. Он узнал о незаконной слежке за присяжными, о переписке высших правительственных чиновников, уверенных, что Бейлис невиновен. Прочел перехваченные властями письма, содержавшие ценную для защиты информацию, но так и не доставленные адресатам. Увидел копии собственных писем, которые поздней ночью, после утомительных судебных заседаний, писал сыну и дочери. В материалах дела оказалась и корреспонденция о назначении полицейского надзора за лицами, отправлявшими защите сочувственные письма.
У Грузенберга были основания верить, что судьба его родины меняется к лучшему. Управление государством перешло в руки таких, как он. Адвокаты, защищавшие Менделя Бейлиса, как и их видные сторонники, играли важную роль во Временном правительстве. Керенский, новый министр юстиции, обратился к Карабчевскому за советом относительно организации министерства. Своим заместителем он назначил Зарудного, который через четыре месяца сам занял пост министра юстиции. О. О. Грузенберг получил место в Сенате. В. А. Маклаков сменил несколько временных должностей в правительстве. В. Д. Набоков был назначен начальником канцелярии. Правительство созвало Чрезвычайную комиссию для расследования преступлений царского режима, в число которых входили неправосудные решения и грубо нарушавшие закон действия правительственных чиновников во время процесса Бейлиса. На допросе от И. Г. Щегловитова, Н. А. Маклакова и С. П. Белецкого потребовали дать отчет о своей роли в этом деле. Оба бывших министра защищали свою позицию, хотя Щегловитов и признал неправомерность некоторых предпринятых властями шагов. Белецкий несколько раз повторил, что стыдится своего участия в попытке добиться осуждения невиновного.
Увы, красные революционные знамена, радовавшие сердце Грузенберга, не сулили России добра. Третьего апреля Владимир Ленин, лидер Российской социал-демократической рабочей партии (большевиков), вернулся в Россию из Швейцарии. Девять лет он прожил в изгнании. Через три недели начались демонстрации и мятежи, устраиваемые большевиками. «…В сущности говоря, — вспоминал позднее В. Д. Набоков, — последующие шесть месяцев… были одним сплошным умиранием».
Жизни некоторых заметных участников процесса над Менделем Бейлисом унесли сражения и тяготы Первой мировой войны. Но судьбу большинства из них предстояло решить Октябрьской революции: одних новое правительство России обрекло на смерть, другие отправились в вынужденное изгнание.
Владимир Голубев, первым предложивший Менделя Бейлиса на роль подозреваемого в убийстве Андрея Ющинского, погиб на войне в 1915 году.
Алексей Шмаков, поверенный гражданской истицы, матери Андрея, а по сути помощник прокурора Виппера, умер в 1916 году.
После суда ксендз Иустин Пранайтис вернулся в Ташкент, где вскоре его уличили в хищении около полутора тысяч рублей из средств, собранных им на благотворительность. Он умер незадолго до революции, в январе 1917 года.