Принципы суда над Мировичем были реализованы во время суда над Емельяном Пугачевым в 1774 году. В «Полное собрание» (называлось также «комиссией») вошли сенаторы, члены Синода, «первых 3-х классов особ и президентов коллегий, находящиеся в… Москве». Этому «собранию» предстояло в Тайной экспедиции заслушать фрагменты экстракта с пояснениями следователей, после чего судьи задали Пугачеву шесть заранее составленных вопросов, чтобы убедиться в подлинности его показаний. Депутация из четырех человек посетила в тюрьме сообщников Пугачева, которые также подвердили его показания. На этом судебное расследование крупнейшего в истории России XVIII века мятежа, приведшего к гибели десятков тысяч людей, закончилось. «По выводе злодея» из зала заседания Вяземский предложил собранию не только подготовленные выписки из законов, но и «сочиненной… Потемкиным краткий экстракт о винах злодея Пугачева и его сообщников, дабы, прослушав оные, к постановлению сентенции… решиться можно было». При составлении сентенции на суде разгорелась дискуссия о мере наказания преступников. Императрица рекомендовала Вяземскому ограничиться казнью трех или четырех человек, однако судебная коллегия приговорила к смерти шестерых, причем Пугачева и Перфильева – к четвертованию. Екатерине пришлось одобрить «Решительную сентенцию» без изменений.
Дело А. Н. Радищева 1790 года уникально в истории политического сыска XVIII века тем, что для его рассмотрения впервые использовался публично-правовой институт состязательного суда. По желанию Екатерины «преступление» Радищева следовало «рассмотреть и судить узаконенным порядком в Палате уголовного суда Санкт-Петербургской губернии, где, заключа приговор, взнесть оный в Сенат наш». 15 июля Брюс направил в Палату уголовного суда особое «Предложение», что следует книгу «прочесть, не впуская во время чтения в присутствие канцелярских служителей, и по прочтении помянутого Радищева о подлежащем спросить». 16 июля Шешковский срочно направил Брюсу копию составленного ночью Радищевым чистосердечного раскаяния, которое, как пишет Шешковский, «иного не содержит, как он описал гнусность своего сочинения и кое он сам мерзит (презирает. –
Суд по делу Радищева велся с нарушением принятого процессудального права, в частности судьи не вызывали свидетелей. Но все эти странности легко объяснимы, так как, помимо дела в суде, сохранилось дело Радищева, которое велось в Тайной экспедиции, а также переписка по этому поводу высших должностных лиц империи. Суть в том, что судебное расследование, в сущности, им было ненужным – еще до начала суда большинство важных эпизодов дела выяснил политический сыск. Суд старательно обходил именно те эпизоды, которые были полностью расследованы в ведомстве Шешковского и которые вполне уличали Радищева в распространении книги. Думаю, что какие-то указания о том, что спрашивать, а о чем молчать, судьи получили заранее. Если бы мы не знали материалов политического сыска, то у нас вызвал бы много вопросов и сам приговор, отличавшийся недоговоренностью и юридической неточностью состава преступления Радищева, которого судили за распространение анонимной книги. Неоднократно исправленный приговор был утвержден Сенатом, потом Советом при высочайшем дворе. Радищев был приговорен к смертной казни, замененной императрицей ссылкой «в Сибирь в Илимский острог на десятилетнее безысходное пребывание».
Теперь рассмотрим правовой аспект вынесения приговора политическому преступнику. Во-первых, для права того времени характерно применение нескольких наказаний за одно преступление: позорящих (шельмование, клеймение), калечащих (вырывание ноздрей, отсечение членов), болевых (кнут, батоги), а также разные виды лишения свободы, ссылки и конфискации имущества. Закон допускал и такую комбинацию: шельмовав (опозорив) преступника, запятнав его клеймом (или вырвав ноздри), палач, наконец, отрубал ему голову.