Но тут начали происходить достаточно неожиданные события, слегка замедлившие французский процесс поглощения острова. 2 апреля 1767 г. испанский король Карл III решил изгнать иезуитов со всех испанских территорий. То же самое уже сделал король Франции еще три года назад. А вот генуэзцы этот почин не поддержали и даже предоставили им убежище, но в корсиканских городах. Людовика XV это настолько возмутило, что он, кроме официального протеста Генуе, приказал графу Марбефу отвести свои войска из тех мест, куда поселили иезуитов. Тот так и сделал, а Паскаль Паоли немедленно этим воспользовался и занял позиции, оставленные французами. В русле этих действий и корсиканский отряд Франсуа Гаффори вошел в Аяччо, заставив генуэзские войска запереться в цитадели. Пришлось герцогу Шуазелю (который такой глупости от собственного короля не ожидал) аннулировать непродуманные указания короля и уговорить его согласиться с пребыванием иезуитов на Корсике. Естественно, для того, чтобы восстановить позиции французских отрядов и продолжить операцию по задуманному плану. Паскалю Паоли сообщили, что приказ короля переигран, и до даты окончания Компьенского соглашения (7 августа 1768 года) Аяччо, Бастия, Кальви, Сен-Флоран и Альгайола по-прежнему должны оставаться под защитой Франции. Пришлось генералу, скрепя сердце, корректировать сложившуюся уже ситуацию и смириться с мыслью о необходимости возвращения своих отрядов на исходные позиции. Он понимал безысходность схватки с Францией, но англичане молчали, а других потенциальных союзников не было. Такая подвешенная в воздухе ситуация сохранялась до 15 мая 1768 г., когда Генуэзская республика сделала следующий ожидаемый шаг и подписала в Версале договор о передаче королю Франции уже полного суверенитета над Корсикой (правда, опять на временный срок – на десять лет, соблюдая правила дипломатической игры).
По истечении этого времени король обязался вернуть Корсику Генуэзской республике, но только после возмещения ею расходов в 40 миллионов ливров, уже понесенных французами в ходе охраны основных портов. В возможность этого никто не верил, но на бумаге все выглядело вполне достойно.
После этого французы зашевелились. Уже в июне граф де Марбеф призвал Паскаля Паоли отвести корсиканские войска и от коммуникаций между Сен-Флораном и Бастией. Это был уже откровенный намек на изменение предыдущей, достаточно мягкой, французской политики. А когда с 12 июля численность французской армии на Корсике под командованием сначала генерал-лейтенанта де Шовелена, а затем и графа де Во выросла с 6 до 12 тыс. человек, это был уже прямой посыл Паоли о начала нового этапа – завоевания (у французов – умиротворения) Корсики. Когда до всех корсиканцев дошло, что свободу, полученную в суровой борьбе, у них отбирают, возмущение было массовое. Они жаждали продолжить борьбу и сопротивляться французам с оружием в руках.
У Паоли, загнанного в угол, не осталось иного выбора – только возглавить народное сопротивление. В начальный период это достаточно успешно и организовано получалось. Его отряды даже разбили часть экспедиционного корпус маркиза Шовелина: сначала как приманку заперли в Борго 700 французов, а когда им на помощь граф де Марбо и маркиз Шовелин повели 3-тысячный отряд, их заманили на дороге в ловушку и разбили. 10 часов отряд Клемента (старшего брата Паскуале) держал оборону, пока наступавших не окружили и не принудили к сдаче. А потом и осажденные в Борго тоже последовали их примеру. В итоге французы потеряли больше 2 тыс. убитыми, ранеными и пленными. По тем временам это была просто сенсационная информационная бомба. Король Людовик уже хотел отказаться от завоевания такого злобного острова, но граф де Шуазель настоял на продолжении операции – нельзя было «терять лицо» в Европе и давать повод к разговорам, что они не сильнее какой-то там Генуи. Вот французы и взялись за дело серьезно. 22 тыс. регулярных военных высадились в Бастии. Это были профессионалы графа де Во – очень серьезный аргумент, противопоставить которому местная армия даже теоретически ничего не могла.
Но она не сдалась и даже попробовала встретиться с ними в открытом бою, что, конечно, было принципиальной ошибкой Паоли. Изменив своей традиционной тактике заманивания отдельных отрядов врага в горы, он решился все поставить на карту в ходе прямой конфронтации. Рискнул и проиграл. В начале мая 1769 г. генерал-лейтенант Ноэль Журда граф де Во с армией в 15 тыс солдат разбил войско Паоли у Понте-Нуово. Корсиканцы выставили почти аналогичное количество бойцов, но волонтеров. И до сих пор с поражением не смирились, уверенные, что, если бы их не предали подкупленные прусские наемники, начавшие «чисто по ошибке» стрелять им в спины, все могло бы кончиться иначе.