Близкие отношения с Мореем позволили Бьюкенену приобрести влияние и власть. Какое-то время он старался вытеснить идеи Нокса и заменить их более сложной теорией, в которой классические концепции древней Греции и Рима соединялись с протестантством. Идеалом Бьюкенена был республиканский Рим с его традицией
Его основной посыл состоял в том, что правители выбираются народом для выполнения определенных функций. Если они не справляются со своими обязанностями, то нарушают условия контракта, скрепленного коронационной клятвой. В таком случае народ имеет право свергнуть одного правителя и назначить другого, способного исполнять обязанности монаршей должности. Бьюкенен искусно переработал теорию монархии в квазиреспубликанскую идиому, чтобы доказать подотчетность правителей перед теми, кто их избрал. Согласно его модели, правитель не возвышается над законом благодаря исключительным правам монарха, а всегда подчиняется ему: несоблюдение закона означает, что правитель не только пошел против воли и интересов народа, но и объявил себя «тираном» и «врагом Бога». Будь Дарнли коронованным королем и при этом живым, Бьюкенен держал бы свои радикальные идеи при себе. Потомок Ленноксов на троне, вероятно, изменил бы его взгляды на монархию. Но когда его сеньора убили, он не мог молчать. Он от всего сердца одобрял вынужденное отречение Марии, которое считал одной из лучших за всю восьмивековую историю Шотландии практических иллюстраций своей теории ответственности монарха.
Когда Мария проиграла сражение при Лангсайде и бежала в Англию, после чего Сесил попросил лордов конфедерации прислать ему «подобие доказательств» и другие «свидетельства» против Марии, Морей для изложения версии лордов выбрал именно Бьюкенена. Доклад должен был иметь форму досье: перечень обвинений, выдвинутых против Марии, со всеми уместными фактами. Морей затем отправит его Сесилу, который использует документ, чтобы убедить Елизавету, ненавидевшую мятежников и разгневанную свержением Марии, для которого, как она считала, не существовало даже подобия убедительных оснований.
Досье должно было стать основой для судебного преследования. Собрав все доказательства, Сесил хотел помочь Морею уничтожить Марию. Он знал, что борьба предстоит нелегкая. Елизавета была не единственной, кто не разделял отношение Сесила к Марии или отказывался признавать ее «вину». С английской королевой были согласны такие консервативные представители английской знати, как герцог Норфолк, граф Арундел и лорд Ламли. Выражая готовность подчиниться религиозному соглашению, они в глубине души испытывали симпатии к католикам. Норфолка, внука военачальника Генриха VIII, который разбил шотландцев в битве при Солуэй-Моссе, можно было назвать протестантом с очень большой натяжкой: поскреби его немного и под внешним слоем обнаружится католик. Его союзники Арундел и Ламли не скрывали своей католической веры. Они открыто поддерживали отказ Елизаветы ставить религию выше наследственного права, когда речь идет о наследовании трона, и были убеждены, что атака на власть Марии в Шотландии является прелюдией подобной атаки на власть Елизаветы в Англии.
Норфолк и его союзники считали лордов конфедерации естественными врагами монархии и королевской власти и с глубоким подозрением относились к Сесилу и его единомышленникам. Отмена вынужденного отречения Марии позволит закрепить на Британских островах будущее монархии как божественного права. Помазанная королева отвечает только перед Богом. Мария даже не была англичанкой — почему она должна отвечать перед королевой Англии или английскими судьями? Сесил уклонялся от этих неудобных вопросов, утверждая, что Шотландия является страной-сателлитом Англии, и поэтому Елизавета обладает законными правами феодала по отношению к вассалу. Аргумент слабый, но он, по крайней мере, хоть как-то обосновывал квазиюридическое «расследование» ее «преступлений», которое обязательно потребуется, чтобы убедить Елизавету, что лорды являются людьми чести, стремящимися исправить вопиющую несправедливость, а не просто мятежниками.