Поездка оказалась напрасной. Мария с самого начала не собиралась принимать предложение эрцгерцога, а когда полностью осознала двуличие дяди, то открыто взбунтовалась. Позже она признавалась своей тетке, герцогине Арсхот: «Нельзя сказать, что я не считала это возвышенным и достойным — просто менее полезным в продвижении моих интересов, а также интересов страны, на которую я имею некоторые права».
Неожиданный кризис разразился после того, как сэр Томас Смит, новый английский посол во Франции, сообщил о якобы известных ему условиях соглашения Марии с доном Карлосом. Его ввела в заблуждение неточность французских осведомителей, ошибочно предположивших, что ее дядя разорвал соглашение с папой римским, чтобы отдать Англию дону Карлосу в качестве приданого. Если бы он знал, что Филипп II отвечает на посулы Мейтланда только ради противодействия возможному браку с Карлом IX, и прекратит переговоры, как только окончательно убедится, что Екатерина отвергла эту идею, то у англичан не было бы причин паниковать.
Смит заблуждался, но его сообщение приняли за чистую монету. В марте 1563 г., через три месяца после сокрушительного поражения гугенотов при Дре, когда их лидер Конде был захвачен католиками в плен, противоборствующие стороны заключили мир в Амбуазе. Затем, к ярости и досаде Елизаветы, они объединились, чтобы изгнать английскую оккупационную армию из Нормандии.
Объединенное французское войско начало наступление на Гавр, англичане стойко оборонялись, но против них были плохая погода и чума. К концу июня у них не осталось другого выхода, кроме как сдаться. Это было унизительное поражение, хотя и не полная катастрофа, потому что Гизы не получили столь желанную власть над Нормандией.
Тем не менее удар был достаточно сильным, чтобы убедить Елизавету отказаться от войн на протяжении ближайших двадцати лет. В международных делах она стала придерживаться изоляционистской политики, что усилило ее решимость диктовать условия замужества Марии. Если Англия должна стать крепостью, то крайне важно изолировать Марию и убедить ее порвать связи с Европой — в противном случае вечная проблема Шотландии как обходного пути в Англию возникнет снова, как она постоянно возникала в правление Генриха VIII.
После вывода войск из Нормандии политика Елизаветы в отношении Шотландии резко активизировалась, сосредоточившись на праве отвергнуть любого предполагаемого мужа Марии, которого та может найти. Когда Елизавета и Сесил узнали о визите кардинала в Инсбрук, Рэндольфу приказали проинформировать Марию, что, если она выйдет замуж за эрцгерцога или кого-либо еще из родственников императора, дружеские отношения с Англией будут разорваны.
Рэндольф доставил это послание в замок Крейгмиллар неподалеку от Эдинбурга, где любила отдыхать Мария, 1 сентября. Услышанное ей очень не понравилось. Она постоянно перебивала Рэндольфа, задавала столько вопросов, что он «за час едва сумел сказать то, что могло быть изложено за четверть часа». Мария потребовала предоставить послание в письменном виде, чтобы она могла как следует обдумать его.
Затем на стол Сесила легло донесение Смита, и Рэндольфа отозвали в Лондон. Мария гневно настаивала на праве знать, какие браки для нее «отбираются». Елизавета жаловалась, что ее кузина королева угрожает предать все гласности. Мария хотела знать, «во-первых, кого позволено выбрать, а кого нет; во-вторых, каковы намерения по части объявления ее титула».
Это превратилось в битву характеров. В идеальном мире Мария должна была проигнорировать Елизавету и поступить согласно своим желаниям. Потребовав — в насмешку — сообщить, за кого ей позволено выйти замуж, она сама вручила английской королеве оружие против нее. Но у нее практически не оставалось выбора. Шотландия была слабой страной — немногочисленное войско и отсутствие финансовых резервов не позволяли вести войну без посторонней помощи. Даже более богатая, низинная часть зависела от торговли с северными графствами Англии. Поскольку Екатерина Медичи отказалась ей помочь, а Филипп II по-прежнему защищал Елизавету, Мария оказалась в безвыходном положении. В то же время она хотела, чтобы ее признали наследницей Елизаветы — так она укрепит законность своего положения и справится со своеволием Нокса и неверных лордов.
В конце 1563 г. Мария отвергла совет дяди выйти замуж за эрцгерцога, но это не означало разрыв дипломатических связей с континентом. Глубина разногласий с семьей Гизов проявилась в ее исполненной горечи фразе: «Мой дядя действительно меня любит: пока у него все хорошо, ему безразлично, что будет со мной». Но если на поддержку из Франции в данный момент рассчитывать не приходилось, у Марии все еще оставались шансы перехитрить Елизавету и Сесила.