Часть украденного В. М. Файнберг вывез в Германию и попытался продать на аукционе. Однако аукционер сделал запрос о принадлежности документов в РГИА, и после получения ответа Файнберга задержали. До суда его отпустили под залог, и, воспользовавшись этим, вор скрылся в Израиле. В России его заочно приговорили к 9 годам лишения свободы и послали запрос на экстрадицию Файнберга. Тогдашний министр юстиции Ц. Ливни отказалась выполнить требование российской стороны. Назад в хранилища архива на сегодняшний день удалось вернуть большую часть украденного, но не все.
Основу фондов РГИА составляют архивные фонды Сената и Синода (за 1711–1917 гг.). В нем хранятся архивы различных министерств и ведомств Российской империи (за исключением архивов Министерства обороны и Министерства иностранных дел), архив Александро-Невской лавры, документы Собственной канцелярии Е. И. В., архивы строительных организаций, Академии художеств и различных общественных организаций (Русского Технического, Исторического, Человеколюбивого и пр.), личные архивы видных государственных деятелей, ученых, деятелей культуры (С. Ю. Витте, П. А. Столыпина, Н. М. Карамзина, В. К. Лукомского, М. И. Ростовцева, С. С. Татищева и др.). Всего в хранилищах РГИА насчитывается 6,5 млн единиц хранения, т. е. это крупнейший в Европе исторический архив.
После того как архив в 2006 г. перебрался на новое место, в зданиях Сената и Синода провели реставрацию фасадов и внутренних помещений. В декабре 2007 г. заново установили крест над восстановленной бывшей сенатской церковью. Над аркой восстановили скульптурную группу «Правосудие и Благочестие». У нее были утрачены многие детали — весы, лавровая ветвь, щит и меч и др.
Реставрацию скульптуры выполнило ООО «Интарсия».
А в мае 2008 г. в здании бывшего Сената разместился переведенный из Москвы Конституционный суд Российской Федерации. Идею о его переводе выдвинуло еще в декабре 2005 г. Законодательное собрание Санкт-Петербурга. В марте 2006 г. эту инициативу поддержала Государственная дума РФ. Исторический «Чернышевский» зал приспособили для малых, совещательных заседаний суда. Для проведения публичных заседаний во внутреннем дворе построили новое современное здание. С основным зданием, в котором находятся кабинеты судей, оно соединяется двумя воздушными крытыми переходами. Поскольку со стороны новое здание не видно, то исторический облик ансамбля при этом нарушен не был. К комплексу Конституционного суда относится и бывший дом графов Лаваль.
Первое заседание Конституционного суда на новом месте состоялось в мае 2008 г. А в сентябре того же года Святейший Патриарх Московский и всея Руси торжественно освятил восстановленную в здании Сената церковь Святого князя Александра Невского. Через год, в мае 2009 г., он освятил и церковь Святых Отцов Семи Вселенских Соборов в здании Синода.
По окончании богослужения Патриарх сказал: «Совершив историческое освящение храма в здании Святейшего Правительствующего Синода, лицезрел эту возрожденную из небытия, возвращенную к жизни красоту, возблагодарим Господа за великие и дивные дела Его, которые совершаются руками конкретных людей и по воле конкретных людей».
Затем в Зале заседаний здания Синода под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла состоялась сессия Священного Синода РПЦ. На ней присутствовали постоянные члены Священного Синода: митрополиты Киевский и всея Украины Владимир; Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир; Минский и Слуцкий Филарет, Патриарший экзарх всея Беларуси; Крутицкий и Коломенский Ювеналий; Кишиневский и всея Молдавии Владимир; архиепископ Волоколамский Иларион, председатель Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата; временные члены Священного Синода на период летней сессии 2009 г.: митрополиты Екатеринодарский и Кубанский Исидор; Тульский и Белевский Алексий; Донецкий и Мариупольский Иларион; архиепископы Берлинский и Германский Феофан; Владивостокский и Приморский Вениамин, а также исполняющий обязанности управляющего делами Московской Патриархии архиепископ Саранский и Мордовский Варсонофий.
Но хозяином в обновленном здании Сената стала не церковь, хотя тут имеются кабинет патриарха и помещения для встреч духовной и светской власти. В мае 2009 г. в здании бывшего Синода, в соответствии с распоряжением президента РФ В. В. Путина, открылась Президентская библиотека имени Б. Н. Ельцина.