Иоганна, которая сначала была настроена не обращать внимания на озноб дочери, затем решила, что у нее может быть оспа, и по этой причине воспротивилась рекомендациям докторов пустить Софии кровь (кровопускание было в то время одним из немногих видов лечения при всех болезнях). Иоганна считала, что кровопускание явилось одной из причин смерти от оспы ее собственного брата, и побоялась, как бы то же самое не случилось с Софией. И пока доктора спорили с Иоганной и посылали отчеты императрице, которая ушла в паломничество к монастырю Святой Троицы Сергиевской, бедная София лежала в сильной лихорадке и стонала от болей в боку. Лишь на пятый день ее болезни императрица вернулась, нашла Софию уже без сознания и немедленно установила надзор. В присутствии графа Лес-тока и еще одного хирурга она настояла, чтобы Софии немедленно пустили кровь. Операция (хирург вскрыл вену на ноге) принесла девушке немедленное облегчение. Несмотря на протесты Иоганны, в течение следующего месяца ей пускали кровь шестнадцать раз. Со временем ее мать вынуждена была признать, что дочь болеет все-таки не оспой.
Даже во время жестокой болезни София не забывала, что обязана сохранять правильный «сценический образ». Так, например, когда Иоганна захотела пригласить к постели дочери лютеранского пастора, София попросила привести вместо него Симеона Тодорского, который в должное время пришел и поговорил с ней. Может быть, она уже привыкла к священнику и оценила его компанию и молитвы, но независимо от того, была или не была зачтена ее просьба, выбор поднял ее статус в глазах двора и императрицы. Как и всё при дворе, болезнь проходила на публике. Софию не оставили чахнуть в одиночестве — в ее комнате постоянно находились люди, наблюдая и слушая, а она была уже достаточно умна, чтобы помнить об этом. Период своего выздоровления она также использовала для учебы: делая вид, что спит, она откровенно подслушивала разговоры гофмейстерин. Иоганна проявляла меньше мудрости, и ее поведение во время болезни Софии Фредерики никому не внушило любви к ней. Считалось, что она демонстрирует недостаточную любовь к дочери. Зато великий князь Петр проявлял заботу о Софии и, как она начала понимать, все больше привыкал проводить вечера рядом с нею и с Иоганной.
Двадцать первого апреля, в день своего пятнадцатилетия, София впервые после болезни официально появилась на публике. Как она вспоминала много лет спустя, то был трудный день:
София успешно прошла начальную проверку и была признана императрицей и великим князем. Третьего мая она пишет отцу, прося у него официального согласия на помолвку. За языковой стилистикой (она уверяет, что ее желания всегда будут совпадать с его желаниями и никто не убедит ее свернуть с правильного пути) лежит понимание того, как действительно обстоят дела в данный момент. Речь шла о ее переходе из лютеранства в православие (или греческую церковь). Но София твердо уверена, что сомнениям отца — как, впрочем, и ее собственным — нельзя позволять становиться на пути ее амбиций. Она повторяет то, о чем писала ему прежде: что не находит различий в греческой и лютеранской религиях, и поэтому считает обращение допустимым.