В девять часов вечера доктор Роджерсон вошел в комнату, где ждали великий князь Павел и Мария Федоровна, и сказал, что теперь осталось недолго. По приказу Павла четверо старших внуков Екатерины — Александр, Константин, Александра и Елена — вошли с ним и Марией Федоровной в спальню. За ними последовали мадам генеральша Ливен, князь Зубов, граф Остерман, Безбородко и Самойлов; все собрались вокруг умирающей императрицы. Доктора и личные слуги находились уже там.
Екатерина умерла без четверти десять, так и не придя в сознание. Несколькими минутами позже Павел, чье лицо было мокрым от слез, поклонился телу и оставил комнату. Сразу же зарыдали и завыли женщины, прислуживавшие императрице. Почти у каждого первой была мысль о собственном выживании при смене режима на совершенно иной. Граф Самойлов вышел в Рыцарский зал и объявил о смерти императрицы Екатерины и о восшествии императора Павла. В 11 часов Александра послали за великими княгинями Елизаветой и Анной. Он отыскал их и объяснил, что им следует преклонить колени, когда будут целовать руку нового императора. Они поздравили Павла, после чего их отправили через спальню умершей императрицы в смежную комнату, где они нашли плачущих Александру и Елену. Тем временем Мария Федоровна с большим знанием дела и апломбом следила за обмыванием и одеванием покойной, а также за подготовкой комнаты.
Тело Екатерины облачили в простое платье и уложили на кровать. Затем в присутствии императорской семьи прочли молитвы по усопшей. Прежде чем покинуть комнату императрицы и идти в императорскую часовню присягать на верность Павлу, каждый присутствовавший во дворце поцеловал руку Екатерины. Все повторяли клятву за священником, затем целовали крест и Евангелие, вписывали свое имя и целовали руку императору Павлу Петровичу и императрице Марии Федоровне. Это продолжалось примерно до двух часов утра. Позднее в тот же день было произведено вскрытие умершей императрицы, подтвердившее, что причиной смерти явился инсульт.
После того, как тело было забальзамировано, придворным гофмейстеринам, фрейлинам, высоким чиновникам и кавалерам высших орденов было приказано стоять возле него в карауле день и ночь, сменяясь каждые два часа. Это дежурство длилось первые шесть недель траура. Павел, Мария Федоровна и прочие родственники императрицы дважды в день, постояв у тела, целовали руку умершей. Тем временем по приказу нового императора в присутствии митрополита Петербургского был вскрыт склеп покойного мужа Екатерины. Гроб извлекли и поставили в церкви Благовещения в Александро-Невской лавре.
Пятнадцатого ноября от спальни Екатерины двинулась процессия с кадилами, ладаном и пением похоронных псалмов. Через Рыцарский зал, пол, потолок и стены которого были затянуты черной тканью, она проследовала в тронный зал. Позади священнослужителей шла императорская семья, а следом несли тело Екатерины II, одетое в серебряную шелковую парчу. Все ее награды несли за великолепным похоронным катафалком, покрытым императорской мантией. По завершению религиозной церемонии члены императорской семьи по очереди простиралась перед телом и целовали руку Екатерины. Затем семья отошла, перед троном встал священник и начал читать Евангелие, а шесть императорских гвардейцев заняли посты вокруг катафалка.
В тот же день церемонию, в точности повторившую торжественное препровождение покойной императрицы в тронный зал, провели в Александро-Невской лавре, где гроб с останками Петра III с такой же торжественностью преодолел короткое расстояние от церкви Благовещения до собора Святой Троицы. Тут гроб открыли. Тело Петра не было забальзамировано; в гробу оказались только его шляпа, перчатки, ботинки — и прах. Через пять дней ему пропели реквием в соборе, после чего кортеж из сорока двух карет проделал путь от Зимнего дворца, и Павел отдал праху своего отца почести, велев всей семье проделать то же самое.
25 ноября тело императрицы Екатерины с золотой короной на голове было положено в гроб и отнесено в Большую Галерею, где в более счастливые времена давались балы. Тут гроб поставили на платформу под черным бархатным балдахином с серебряной бахромой. Вокруг него горело шесть свечей. Священник снова неумолчно читал Евангелие; члены императорской гвардии стояли на ступенях. В это же время в Александро-Невской лавре императорская корона — которую привезли из Москвы — была положена на гроб Петра (теперь снова запечатанный) в качестве акта посмертной коронации.