Бергер и Фалькенберг состряпали дополнительный донос о причастности к заговору Ботты, после чего арестованный Иван Лопухин предстал перед грозными судьями. На первом же допросе он подтвердил все обвинения в своей адрес, изложенные доносчиками, за исключением одного — относительно Ботта он сказал: „Фалькенберг говорил: „Должно быть, маркиз Ботта не хотел денег терять, а то бы он принцессу Анну и принца выручил“. — И я против того молвил, что может статься“. Однако после очных ставок он потащился и в этом: „В Москве приезжал к матери моей маркиз Ботта, и после его отъезда мать пересказывала мне слова Ботта, что он до тех пор не успокоится, пока не поможет принцессе Анне… Те же слова пересказывала моя мать графине Анне Гавриловне Бестужевой, когда та была у нее с дочерью Настасьею. Я слыхал от отца и матери, как они против прежнего обижены: без вины деревня отнята, отец без награждения отставлен, сын из полковников в подполковники определен“.
Таким образом, первый же допрос Ивана Лопухина вооружил следователей списком лиц, причастных к „заговору“. На следующий день императрица велела содержать под домашним арестом мать Ивана Лопухина Наталью Федоровну и отца Степана Васильевича.
В дом Лопухиной для допроса отправилась комиссия. В отличие от слабовольного Ивана, Наталья Федоровна оказалась женщиной стойкой и рассудительной. Она подтвердила слова Ботта, что он „до тех пор не успокоится, пока не поможет принцессе Анне, но сказала ему, чтоб они не заварили каши и в России беспокойств не делали и старался бы он об одном, чтоб принцессу с сыном освободили и отпустили к деверю ее“. В ответ на заявление Бергера о намерении возвести принцессу Анну она ничего не сказала, кроме объявленного выше.
Допрошенная Анна Гавриловна Бестужева призналась только в том, что говорила: „Дай Бог, когда бы их (Брауншвейгское семейство. —
Приведенный в пыточную камеру, Иван ничего нового не сообщил. Подследственным устраивали очные ставки, тщательно изучали их переписку, Ивана дважды, а Наталью и Степана Лопухиных, а также Анну Бестужеву по одному разу поднимали на дыбу, но новых данных добыть не удалось. Как ни усердствовала комиссия, но желаемых показаний о практических мерах для свержения Елизаветы она не получила.
18 августа последовал указ о составе Генерального суда, который, исходя из обычаев того времени, определил вину подследственных. Она явно не соответствовала результатам следствия. Обвиняемые, как написано в докладе следственной комиссии 18 августа и подтвержденном в Манифесте 29 августа «О злодейских умыслах разных преступников», «явились в важных не только против нашей персоны, но и в прочих, касающихся к бунту и измене делах, о чем в учрежденной нашей особой комиссии по следствии явно оказалось».
Это была чистой воды ложь. Из следственного дела явствует, что никаких призывов к бунту и измене обвиняемые не совершали. Дело ограничилось досужими разговорами лиц, недовольных тем, что новое правление в той или иной форме ущемило их интересы. Но законодательство того времени руководствовалось правовыми нормами; не делающими различий между умыслом и его реализацией: за досужие разговоры, брюзжание, выражение недовольства, осуждение царствующей особы полагалось такое же наказание, как если бы речи и намерения были претворены в жизнь. Генеральный суд, состоявший из министров и придворных особ, приговорил всех обвиняемых к смерти: Степана Лопухина с женой и сыном и Анну Бестужеву, вырезав языки, колесовать, прочих менее значимых четырех лиц — четвертовать или отсечь им голову.
Десять дней приговор лежал у императрицы «на подписи». Приговор Генерального суда Елизавета Петровна смягчила — всем обвиняемым была сохранена жизнь и назначалась ссылка, причем всем троим Лопухиным и Бестужевой ссылке предшествовало битье кнутом и вырезание языка.
Через два дня после опубликования Манифеста у здания Двенадцати коллегий состоялась экзекуция. Один из палачей сорвал с Натальи Федоровны платье, а другой схватил жертву за руки и вскинул себе на спину, подставив ее тело под удары кнута. Затем палач сдавил Лопухиной горло так, что та была вынуждена высунуть язык, половины которого тотчас же лишилась. Когда очередь дошла до Анны Гавриловны Бестужевой, она успела передать палачу свой золотой крест, осыпанный бриллиантами. Вследствие этого удары были менее сильными и отрезан был лишь кончик языка.