Политические способности Берра были необычайно велики. Он разработал удивительно современные практические методы организации Республиканской партии и привлечения избирателей. В конце концов он создал настолько сильную политическую машину в Нью-Йорке, что смог провести республиканцев в ассамблею штата на весенних выборах 1800 года. Ремесленники и другие рабочие Нью-Йорка были особенно возмущены пренебрежением Гамильтона и федералистов к их интересам, и на выборах в ассамблею они поддержали республиканцев с перевесом два к одному.
Поскольку законодательное собрание Нью-Йорка выбирало президентских выборщиков, кандидаты в президенты от республиканцев получили бы все двенадцать голосов выборщиков Нью-Йорка в том же году. Пугающая перспектива того, что Джефферсон может стать президентом, заставила отчаявшегося Гамильтона призвать губернатора Джона Джея изменить задним числом избирательные правила штата и отменить результаты выборов, сказав Джею, что "в такие времена, как те, в которые мы живем, не стоит быть слишком скрупулезным". По его словам, необходимо "не допустить, чтобы атеист в религии и фанатик в политике завладели штурвалом государства". Джей так и не ответил, написав на обратной стороне письма Гамильтона: "Предлагаю меру в партийных целях, которую мне не подобает принимать".17
Поскольку республиканцы знали, что Нью-Йорк будет иметь решающее значение на президентских выборах 1800 года, они выдвинули Бёрра своим кандидатом в вице-президенты. Однако никто из республиканцев не ожидал, что он получит столько же голосов выборщиков, сколько и Джефферсон.
Для избрания в Палату представителей требовалось девять штатов. Хотя федералисты имели большинство конгрессменов в этом временном Конгрессе, они контролировали только шесть делегаций штатов, а республиканцы - восемь. Делегации двух штатов, Вермонта и Мэриленда, были поровну разделены между двумя партиями. Возникла перспектива, что президент не будет избран к инаугурации 4 марта 1801 года. В воздухе витали самые разные планы - от идей федералистов о том, что Конгресс, в котором доминировали федералисты, должен выбрать временного президента, до идей республиканцев о проведении новых выборов. Федералисты полагались на юридические и конституционные манипуляции, а республиканцы - на веру в народ, создавая то, что один ученый назвал "плебисцитарным принципом" президентства - представление о том, что президентство по праву принадлежит тому кандидату, чья партия получила мандат от избирателей. Сам Джефферсон описывал президентство в таких терминах: "Обязанность главного судьи...", - говорил он, - "объединить в себе доверие всего народа", чтобы "произвести объединение сил всего народа и направить их в единое русло, как если бы все составляли одно тело и один разум".18
Федералисты думали, что им удастся убедить некоторых конгрессменов переголосовать за Берра. Действительно, страх федералистов перед Джефферсоном был настолько велик, что многие из них считали, что избрание Берра - лучший способ не допустить Джефферсона к президентскому креслу. Бурр, по мнению федералиста Теодора Седжвика из Массачусетса, был гораздо более безопасным выбором, чем Джефферсон. Берр не был демократом, он не был привязан к какой-либо иностранной нации и не был энтузиастом какой-либо теории. Он был обычным эгоистичным, заинтересованным политиком, который продвигал все, что ему было выгодно. По словам Седжвика, "сам эгоизм" Бёрра был его спасительной чертой. По словам Седжвика, Берр получил столько личной выгоды от национальной и торговой систем федералистов, что не стал бы ничего делать для их разрушения.19
Гамильтон, например, был с этим категорически не согласен. Для него (и для Джефферсона тоже) репутация Берра как "эгоиста" была именно проблемой. Возможно, Берр и представлял собой то, чем в конечном итоге станет большинство американских политиков, - прагматичных, идущих на контакт людей, но для Гамильтона и Джефферсона он нарушал все, ради чего, по их мнению, и затевалась Американская революция. Гамильтон не сомневался, что "по всем добродетельным и благоразумным расчетам" Джефферсон должен быть предпочтительнее Бурра. По его словам, это был вопрос характера: У Берра его не было, а у Джефферсона, по крайней мере, были "претензии на характер".20