Когда казалось, что выборы закончатся с равным счетом, Гамильтон не жалел сил, пытаясь убедить своих коллег-федералистов поддержать Джефферсона, а не Бурра. В течение пяти или шести недель в декабре 1800 года и январе 1801 года он писал письмо за письмом, пытаясь не допустить, чтобы Берр стал президентом. "Ради всего святого, - умолял он Седжвика, - пусть федеральная партия не несет ответственности за возвышение этого человека". "Бёрр, - снова и снова сообщал он своим корреспондентам, - достаточно сангвиник, чтобы надеяться на все, достаточно смел, чтобы пытаться сделать все, достаточно злобен, чтобы не бояться ничего".21 Гамильтон предпочитал Джефферсона, хотя они были личными врагами; он говорил: "Если и есть на свете человек, которого я должен ненавидеть, так это Джефферсон". И он также знал, что с Берром все было наоборот: он всегда хорошо ладил с ним лично. Но, говорил Гамильтон, личные отношения не должны иметь значения в этом вопросе. На кону стояло выживание страны, и "общественное благо, - настаивал он, - должно быть превыше всех частных соображений".22
Берр мало что сделал во время кризиса, чтобы опровергнуть репутацию эгоиста. Хотя он не вел кампанию за президентство и не обращался к федералистам, он также не объявил, что откажется от президентства и уйдет в отставку, если будет избран. Многие республиканцы никогда не простили ему нежелания жертвовать собой ради дела; они предполагали, что он интриговал против Джефферсона. Этого он не делал, но он, безусловно, был зол на многих республиканцев, особенно на тех из Вирджинии, которые обманули его в 1792 и 1796 годах.
В течение нескольких дней в середине февраля 1801 года Палата представителей голосовала тридцать пять раз, не имея большинства голосов. День инаугурации, 4 марта, становился все ближе. Республиканские газеты заговорили о военном вмешательстве. Губернаторы Вирджинии и Пенсильвании начали готовить ополчение своих штатов к действиям. В столице собирались толпы, угрожая помешать назначению президента по закону. 15 февраля Джефферсон написал губернатору Виргинии Джеймсу Монро по адресу , что республиканцы предупредили федералистов, что любое назначение президента по закону приведет к вооружению средних штатов и предотвращению любой "подобной узурпации". Более того, республиканцы угрожали созвать новый конституционный конвент, что, по словам Джефферсона, вызывало у федералистов "ужас; поскольку при нынешнем демократическом духе Америки они боятся, что потеряют некоторые из любимых пунктов конституции".23
Наконец сенатор Джеймс Байярд, умеренный федералист из Делавэра, получил от генерала Сэмюэля Смита, республиканца из Мэриленда, твердые, по мнению Байярда, заверения Джефферсона, что он сохранит финансовую программу федералистов, поддержит флот и воздержится от увольнения подчиненных федералистов без причины. Хотя Джефферсон заявил, что не пойдет в президенты "со связанными руками", а Смит позже сказал, что эти заверения были лишь его мнением, федералисты в Конгрессе решили, что заключили с Джефферсоном сделку.24 17 февраля 1801 года некоторые делегации федералистов воздержались от голосования, и на тридцать шестом голосовании Джефферсон был окончательно избран президентом, получив голоса десяти штатов против четырех за Берра, при этом два штата остались незаполненными.
Чтобы избежать повторения этой тупиковой ситуации, страна приняла Двенадцатую поправку к Конституции, которая позволила выборщикам указывать в бюллетенях свой выбор президента и вице-президента отдельно. Эта поправка превратила Коллегию выборщиков из органа, принимающего решения, в устройство для распределения голосов. Она также сигнализировала о том, что президентская политика стала популярной, чего основатели в 1787 году не ожидали.25
Хотя республиканская "Аврора" заявила, что избрание Джефферсона означает, что "Революция 1776 года уже свершилась и впервые пришла к своему завершению", запутанные предвыборные маневры мешают увидеть смелый и революционный характер этого события.26 Это были одни из первых всенародных выборов в современной истории, в результате которых власть мирно перешла от одной "партии" к другой. Инаугурация Джефферсона, как отметил один сочувствующий наблюдатель, была "одной из самых интересных сцен, свидетелем которых когда-либо мог быть свободный народ". Смена администрации, которая в любом правительстве и в любой эпохе чаще всего была эпохой смятения, злодейства и кровопролития, в этой счастливой стране происходит без какого-либо отвлечения или беспорядка".27