В 1988–1990 годах Мекель руководил экуменическим центром Евангелической церкви в Нидерндоделебене (Саксония – Ангальт). Он не оставил идею консолидации политической оппозиции. Когда после *демонстрации 17 января 1988
года из ГДР выслали многих диссидентов, Мекель и Гутцайт разработали план создания союза под названием «Гражданское участие». Однако они отказались от этого замысла, посчитав, что организация одной оппозиционной группы как представительства всего общества противоречит принципам демократии.В 1988–1989 годах участвовал в подготовке трех экуменических встреч, организованных совместно Евангелической и Католической церквами. Представители Церквей и различных церковных и независимых групп открыто обсуждали общественные отношения в ГДР и пытались выдвинуть конструктивные предложения. Мекель был соавтором проекта программных документов по разделу «Справедливость», в котором затрагивались как вопросы внутренней политики ГДР, так и отношение к странам Третьего мира.
С января 1989 года Мекель и Гутцайт занимались организацией в ГДР социал-демократической партии. В июле они завершили последнюю редакцию программной декларации – она заметно отличалась своей определенностью от аналогичных документов других оппозиционных групп. 7 октября на съезде в Шванте под Берлином было объявлено о создании *Социал-демократической партии ГДР
. После разоблачения Беме как агента Штази Мекель исполнял обязанности председателя партии.С марта по октябрь 1990 года был депутатом Народной палаты ГДР от социал-демократов, а с апреля по август исполнял обязанности министра иностранных дел. Первый официальный визит в этом качестве нанес в Польшу, чтобы продемонстрировать приверженность новой власти принципу нерушимости границы по Одеру – Нейсе. Представлял ГДР на переговорах «Два плюс четыре», которые привели к объединению Германии.
С октября 1990 года депутат бундестага от социал-демократов. Руководитель немецкой делегации в парламентской ассамблее НАТО и немецко-польской парламентской группе, в 2000–2002 годах – вице-президент Парламентской ассамблеи. Исполняет также функции руководителя группы по Центральной, Восточной и Южной Европе в парламентской фракции СДПГ и председателя Союза немецко-польских обществ в Германии.
По решениям СДПГ инициировал создание специальных комиссий бундестага: *Следственной комиссии по истории и последствиям диктатуры СЕПГ в Германии, *Следственной комиссии по преодолению последствий диктатуры СЕПГ в процессе объединения Германии
, – которые в 1992–1998 годах изучали прошлое ГДР и его значение для объединенной Германии. Был председателем федерального совета *Фонда изучения диктатуры СЕПГ, созданного по решению этих комиссий.Мекель является сопредседателем учредительного совета Фонда немецко-польского сотрудничества (SdpZ), членом правления Немецко-молдавского форума и Ассоциации поддержки «Центра холодной войны», членом совета Международного центра демократических преобразований (ICDT) и Попечительского совета «Европейской сетевой памяти и солидарности», базирующейся в Варшаве.
Кавалер польского ордена «За заслуги» (1998), а также множества государственных наград других стран.
Friedensarbeit im Widerspruch: Zur Friedensarbeit in der DDR // Stationierung und was dann? Friedensbewegung gegen Apokalypse / hrsg. U. Albrecht, J. Galtung, M. Gumbert und R. Stuckenbrock. Berlin, 1983.
Das Schicksal Europas entscheidet sich in Osteuropa // Deutschland-Archiv. 1992. № 1.
Interview mit Markus Meckel am 29. Juni und 15. Oktober 1992 // Auf den Anfang kommt es an: Sozialdemokratischer Neubeginn in der DDR / hrsg. W. Herzberg und P.von zur Mühlen. Bonn, 1993.
Geborgenheit und Wagnis // Kinder der Opposition / hrsg. Ch. Kleßmann. Gütersloh, 1993.
Vergangenheit als gesamtdeutsche Aufgabe // Transit – Europäische Revue. 1993. № 2.
Opposition in der DDR. Zehn Jahre kirchliche Friedensarbeit. Kommentierte Quellentexte. Köln, 1994. (Соавт. M. Gutzeit).
Getrennte Vergangenheit, gemeinsame Zukunft: ausgewählte Dokumente, Zeitzeugenberichte und Diskussionen der Enquete-Kommission Aufarbeitung von Geschichte und Folgen der SED-Diktatur in Deutschland. Bd. I–IV. München, 1997. (Соавт. M. Gutzeit).
Die Forderung nach Grundrechten und die Umwälzung 1989 // Revolution 1848/49 und die Tradition der sozialen Demokratie in Deutschland / hrsg. B. Faulenbach und H. Potthoff. Essen, 1999.
Der Wille zur Selbstverantwortung führte zur Infragestellung des Systems // Opposition in der DDR von den 70er Jahren bis zum Zusammenbruch der SED-Herrschaft / hrsg. E. Kuhrt. Opladen, 1999.
Die Gründung der SDP 1989 und ihre Perspektive auf Freiheit und Einheit // Einheit, die ich meine / hrsg. R. Appel, Köln, 2000.