В 1982 году вместе с несколькими пасторами основал Группу мира в Альтендорфе, принимал участие во встречах *«Прочного мира»
и локальных пацифистских групп при общинах Тюрингии. Подписал обращение *«Инициативы за мир и права человека» к XI съезду *СЕПГ (1986). Был редактором и соавтором основных документов, изданных после конгресса «низовой Церкви», организованного в знак протеста против сервильности иерархов официальной Церкви, которые отказались участвовать в проекте «мастерских мира». «Низовая Церковь» имела целью помимо социальной критики еще и реформу официальной Церкви. В июне 1989 – июне 1990 года Шиллинг выполнял в ней функции «пастора доверия».В октябре 1989 года во время бдений и «информационных богослужений» в Гефсиманской кирхе в Восточном Берлине дежурил на телефоне, передавая сведения об антиправительственных демонстрациях и насильственных действиях полиции. 8 октября был арестован и помещен в следственную тюрьму Руммельсбург в Берлине. По выходе на свободу восстановил по памяти протокол допроса и вскоре издал его под названием «Довожу до сведения» (в Берлинском молодежном миссионерском обществе).
Был назначен членом комиссии по расследованию октябрьских нападений полиции, созданной властями под давлением общественности, но отказался от участия в работе, так как среди ее членов оказались те, кто нес ответственность за насильственные действия сил охраны порядка.
После 1990 года занимался расследованием прошлого – прежде всего политической зависимости Аугсбургской Евангелической церкви в Тюрингии. В 1994 году ушел на пенсию. Умер в Заальфельде.
В независимом Тюрингском архиве современной истории им. Маттиаса Домашека в Йене, посвященном гражданскому сопротивлению в ГДР, хранится архив Шиллинга с 1951‐го по 1998‐й. В основу этой коллекции легли многочисленные рукописные заметки, письма, записи, документы и статистические данные из материалов Штази.
Die offene Arbeit. Emanzipationsbewegung in den Kirchen seit Ende der sechziger Jahre // Umweltblätter. 02.03.1989.
Die «andere» Geschichte. Kirche und MfS in Thüringen. Jena, 1993. [Соавт. K. Lenski, A. Schön, Th. Grund, U. Kulisch, U. Petzold und H. Zöller].
Die «Bearbeitung» der Landeskirche Thüringen durch das MfS // Die Kirchenpolitik von SED und Staatssicherheit. Eine Zwischenbilanz / hrsg. C. Vollnhals. Berlin, 1996.
«Ich bin nichts Besonderes». Gesprächsschnipsel // Horch und Guck. 1999. № 1.
Losgehen und Ankommen. Jugendkultur in der DDR Ende der 70er Jahre am Beispiel der Jugendgrossveranstaltungen JUNE 78 und JUNE 79 in Rudolstadt. Erfurt, 1999. [Соавт. U. Kulisch, K. Lenski, A. Queck und Th. Grund].
Ahab der phönizische Seefahrer. Aachen, 2002.
Ursprünge des antiken Israel. Münster, 2012.
Mit Pflugscharen gegen Schwerter. Erfahrungen in der evangelischen Kirche in der DDR, 1949–1990: Protokolle / hrsg. M. Richter, E. Zylla. Bremen, 1991.
«Pfarrer, Christen und Katholiken». Das Ministerium für Staatssicherheit der ehemaligen DDR und die Kirchen / hrsg. G. Besier, S. Wolf. Bd. 1. Neukirchen-Vluyn, 1992.
Materialien der Enquete-Kommission «Aufarbeitung von Geschichte und Folgen der SED-Diktatur in Deutschland». Baden-Baden, 1995.
Thüringen 1989/90. Akteure des Umbruchs berichten / hrsg. A. Dornheim, S. Schnitzler. Erfurt, 1995.
Sengespeick-Roos Ch. Das ganz Normale tun. Widerstandsräume in der DDR-Kirche. Berlin, 1997.
Wunder gibt es immer wieder: Fragmente zur Geschichte der Offenen Arbeit Berlin und der Kirche von Unten. Berlin, 1997.
Mosch P. Trau Dir selbst und dem anderen etwas zu. Pfarrer Walter Schilling und die Offene Arbeit in Thüringen // Gerbergasse 18. 1997. № 4 // Horch und Guck. 1999. № 25.
Scheer U. Vision und Wirklichkeit. Die Opposition in Jena in den siebziger und achtziger Jahren. Berlin, 1999.
Die Solidarische Kirche in der DDR. Erfahrungen, Erinnerungen, Erkenntnisse / hrsg. J. Goertz. Berlin, 1999.
Trier G., Herbig R., Stake S. Stein auf Stein. «Gefahrenzone» und die Saalfelder Kulturpolitik in den 80er Jahren. Erfurt, 1999.
Mosch P. Losgehen und Ankommen – Erinnerung an JUNE 78. Jugendaufbruch im thüringischen Rudolstadt // Gerbergasse 18. 1999. № 14.
Pollack D. Politischer Protest. Politisch alternative Gruppen in der DDR. Opladen, 2000.
Zwischen sozialer Bewegung und kirchlichem Arbeitsfeld. Annäherung an die Offene Jugend(-)Arbeit / hrsg. L. Eisert-Bagemihl und U. Kleinert. Leipzig, 2002.
Hildebrand G. Walter Schilling // Für ein freies Land mit freien Menschen. Opposition und Widerstand in Biographien und Fotos / hrsg. I.‐S. Kowalczuk und T. Sello. Berlin, 2006.
Neubert E. Schilling Walter // Wer war wer in der DDR? 5. Ausgabe / hrsg. H. Müller-Enbergs, J. Wielgohs und D. Hoffmann. Berlin, 2010.
Voigt H. Gelebte christliche Nächstenliebe und Aufforderung zum sozialen Handeln: Zum Tod des Braunsdorfer Pfarrers Walter Schilling // Gerbergasse 18. 2013. № 66.