В 1983 году стал инициатором символических мирных переговоров между приходами ГДР и приходами стран НАТО. К его контактам с приходами в обеих частях Германии добавились контакты с Партией зеленых. Однако накануне демонстрации, запланированной на 4 ноября 1983 года как общегерманский протест против размещения американских ракет среднего радиуса действия в ФРГ и советских – в ГДР, «зеленые» провели пресс-конференцию, в результате чего восточногерманских инициаторов протеста арестовали и демонстрация была сорвана. После этого Эппельман относился к «зеленым» с осторожностью.
Деятельность пастора в его приходе (например, издание тиражом около 500 экземпляров информационного бюллетеня, распространявшегося по всей ГДР), а также выступления в западных СМИ привели к тому, что возросло давление на Церковь. Власти добивались, чтобы пастор покинул страну; угрожали ему арестом и судом. Эппельман противился выезду, но должен был смириться с тем, что церковные иерархи регулярно представляли Штази рапорты о нем. До суда не дошло, но власти постоянно пытались скомпрометировать его.
В 1980‐х Эппельман поддерживал контакты с главными политическими партиями ФРГ – ХДС и СДПГ. Он направил в президиум СДПГ своего рода меморандум по вопросу возможной организации социал-демократической партии в Восточной Германии (ответа не последовало).
Штази, которое считало его одним из опаснейших оппозиционеров и какое-то время даже планировало его убийство, полагало, что его позиции особенно трудно подорвать из‐за политической поддержки в ФРГ. Политические контакты, которые отчасти служили ему защитой, встречали критику некоторых диссидентов и Евангелической церкви. Особенно подозрительными считались его отношения с ХДС.
Критика усилилась, когда Эппельман осенью 1989 года стал одним из основателей партии *«Демократический перелом»
, а после первых свободных выборов в ГДР (18 марта 1990 года – на них победила коалиция «Союз для Германии» в составе ХДС, «Демократического перелома» и Германского общественного союза) получил в правительстве Лотара де Мезьера портфель министра по вопросам разоружения и обороны. На стене приходского дома стали появляться надписи: «Эппельман втягивает нас в НАТО».С октября 1990 года пастор Эппельман – депутат бундестага от ХДС. В 1992–1994 и 1994–1998 годах руководил двумя последовательно созданными специальными комиссиями бундестага: *Следственной комиссией по истории и последствиям диктатуры СЕПГ в Германии
и *Следственной комиссией по преодолению последствий диктатуры СЕПГ в процессе объединения Германии. Председатель правления федерального *Фонда изучения диктатуры СЕПГ.Wendewege: Briefe an die Familie / hrsg. D. Herbst. Bonn, 1992.
Fremd im eigenen Haus. Mein Leben im anderen Deutschland. Köln, 1993.
Die Kirchen zur SED-Zeit / hrsg. Informationsdienst der Evangelischen Allianz e. V. Wetzlar, 1994. (Соавт. P. Maser, M.‐M. Passauer).
Die Diktatur der SED: Geschichte und Folgen // Aktuelle Fragen der Politik. 1994. № 18.
Aufarbeitung von Geschichte und Folgen der SED-Diktatur in Deutschland. Frankfurt am Main; Baden-Baden, 1995.
Lexikon des DDR-Sozialismus: das Staats– und Gesellschaftssystem der Deutschen Demokratischen Republik / hrsg. R. Eppelmann. Paderborn u. a., 1996.
Für einen neuen Gesellschaftsvertrag: Aufbruch für die soziale Marktwirtschaft / hrsg. R. Eppelmann und F. Alt. Königswinter, 1998.
Zwei deutsche Sichten. Ein Dialog auf gleicher Augenhöhe / hrsg. Ch. v. Ditfurth. Bad Honnef, 2000.
Bilanz und Perspektiven der DDR-Forschung. Paderborn, 2003. (Соавт. B. Faulenbach, U. Mählert).
Das ganze Deutschland: Reportagen zur Einheit / hrsg. R. Eppelmann, M. Meckel und R. Grünbaum. Berlin, 2005.
15 Jahre deutsche Einheit: Chancen und Herausforderungen auf dem Weg zur inneren Einheit. Fürstenfeldbruck, 2005.
Appell zum UNO-Jahr des Friedens. Offener Brief an die Regierung der Deutschen Demokratischen Republik vom 24. Januar 1986 // Für ein freies Land mit freien Menschen. Opposition und Widerstand in Biographien und Fotos / hrsg. I.‐S. Kowalczyk und T. Sello. Berlin, 2006. (Соавт. P. Grimm, R. Hirsch, W. Templin).
Open letter from the DDR opposition to the mayor of Berlin // Deutschland Archiv. Vol. 39 (3). 2006. (Соавт. R. Hirsch).
Gottes doppelte Spur. Vom Staatsfeind zum Parlamentarier. Holzgerlingen, 2007.
Demokratie in Freiheit: Ergebnis der friedlichen Revolution 1989 / hrsg. CDU-Fraktion des Sächsischen Landtages. Dresden, 2009.
Rainer Eppelmann // Internationales Biographisches Archiv 46. 2005; 2007.