Утром 25 марта 1988 года, в день, когда должна была состояться организованная Чарногурским *демонстрация со свечами
, его, как и других организаторов, задержали, чтобы не дать им возможность принять участие в этой манифестации.В последние два года существования в Чехословакии коммунистического режима Чарногурский подписал два важнейших обращения чехословацких диссидентов: в октябре 1988 года – программу «Демократия для всех», выпущенную *Движением за гражданские свободы
, а в июне 1989 года – манифест *«Несколько строк».Участвовал в работе «Инициативы социальной самозащиты» и *Чехословацкого Хельсинкского комитета
.В мае 1989 года, в годовщину смерти одного из основателей Чехословацкой Республики Милана Растислава Штефаника[30]
, Чарногурский был одним из организаторов мемориальных мероприятий на его могиле в Брезовой-под-Брадлом.С 15 августа 1989 года находился под арестом по обвинению в требовании свободных выборов, прозвучавшем на встрече диссидентов в Предмере 4 июля 1989 года, в призывах почтить память жертв *вторжения в Чехословакию
и издании журнала «Братиславске листы». Он был арестован как член «братиславской пятерки», в которую входили Мирослав Кусый, Гана Поницкая, Антон Селецкий и Владимир Маняк. Судебный процесс этой группы объединил демократическую оппозицию и Катакомбную церковь. Петиции об освобождении арестованных подписало много людей, в том числе Ян Хризостом Корец и Александр Дубчек. Давление оказывали также западные страны; в сентябре 1989 года на сессии Генеральной Ассамблеи ООН по этому вопросу выступал госсекретарь США Джеймс Бейкер. Во время процесса перед зданием суда несколько раз проходили демонстрации в поддержку подсудимых. В ноябре 1989 года в них приняли участие около 5 тысяч человек, среди них Александр Дубчек.Через две недели после освобождения из тюрьмы, 10 декабря 1989 года, Чарногурский стал первым заместителем премьер-министра федерального правительства национального согласия Мариана Чалфы; с июня 1990 года исполнял обязанности заместителя премьер-министра правительства Словакии, а с апреля 1991 года по июль 1992 года занимал пост премьер-министра.
В 1990 году основал Христианско-демократическое движение; до 2000 года был его председателем. В 1992–1998 годах был членом словацкого парламента, в 1998–2002 годах – министром юстиции Словацкой Республики.
В 1993–1995 годах исполнял обязанности вице-председателя Парламентской ассамблеи ОБСЕ.
Критически относился к намерению Словакии вступать в Североатлантический альянс (НАТО); с 2002 года негативно высказывался о либеральных тенденциях в Европейском союзе, хотя поддерживает членство Словакии в этой организации.
В октябре 2013 года покинул ряды партии Христианско-демократическое движение, поскольку она не поддержала его желание баллотироваться на президентских выборах в 2014 году. Как независимый кандидат он получил 0,64 процента голосов (9‐е место из 14).
Выступает как сторонник тесного сотрудничества Словакии с Российской Федерацией. Председатель Словацко-российского общества, член «Валдайского клуба». Поддерживает политику РФ в отношении Украины, вместе с крайне правыми, неонацистскими силами и коммунистами участвует в митингах в поддержку РФ и против предполагаемой агрессии США и Запада в РФ.
Ведет частную адвокатскую практику.
Крушение «коммунизма» в Чехословакии // Трансформация. Чешский опыт. Прага, 2006.
«Европа без России будет слабой» / пер. с нем. // Baznica.info: Christian Media Group. 05.05.2007. URL: www.baznica.info/index.php?name=Pages&op=page&pid=4054 (дата обращения 27.10.2018).
«НАТО будет медленно распадаться»: Интервью с бывшим премьер-министром Словацкой республики, членом Экспертного совета Фонда исторической перспективы. [Ведет Наталья Бурлинова] // Столетие. Интернет-газета. 05.03.2009. URL: http://www.stoletie.ru/ rossiya_i_mir/jan_charnogurskij_nato_budet_medlenno_raspa datsa_2009–03–05.htm (дата обращения 27.10.2018).
Двадцатое столетие действительно завершилось // РИА-Новости. 28.09.2009. URL: https://ria.ru/analytics/20090928/186689541.html (дата обращения 27.10.2018).
Осень революций – настроения в европейских обществах и уникальный опыт Словакии. [Интервьюер И. Лагунина] // Радио Свобода. 10.11.2009. URL: https://www.svoboda.org/a/1875115.html (дата обращения 27.10.2018).
Из книги Яна Чарногурского «Взгляд с берегов Дуная» о подготовке к шествию со свечами в поддержку религиозных и гражданских свобод //
Karol. Vydajú vás. Bern, 1986; То же: Väznili ich za vieru. Bratislava, 1990.
Videné od Dunaja: Výber z prejavov, článkov a rozhovorov. Bratislava, 1997.
Cestami KDH. Prešov, 2007.
Denník 1994–2007. Prešov, 2013.
Kerná I. Áno a nie Jána Čarnogurského. Bratislava, 2015. (Книга интервью).