Королевская власть не только назначала высших чиновников в судах и бухгалтериях, ее надзор распространялся все больше и больше на повседневную деятельность местного управления. В индейских районах постепенный переход encomiendas
в руки короны открыл дорогу назначению штатных corregidores — местных магистратов или районных чиновников – для надзора за деревенскими вождями. В испанской общине корона тоже неуклонно подрывала власть «старых конкистадоров» в их собственных цитаделях – городах. Испанское общество как в Индиях, так и в Испании было по своему характеру в основном городским. Его предводители хоть и получали доходы с земли, стад или рудников, предпочитали жить в городах. Муниципалитеты, созданные конкистадорами, в начальные годы после завоевания были единственными институтами колониального управления. Однако восстание comuneros (исп. крестьяне, сельские жители) в Испании в 1520–1522 гг. произвело впечатление на молодого короля Карла V, в результате чего он стал с большей подозрительностью относиться к привилегиям и претензиям муниципальных корпораций и местных магнатов, которые обычно их контролировали. Поэтому города в Индиях получали от короны титулы и геральдические девизы или эмблемы, но не более того. Их полномочия по взиманию налогов с местных жителей были жестко ограничены, их procuradores (исп. уполномоченный) было запрещено собираться вместе без королевского позволения, а любая склонность к согласованным действиям категорически не одобрялась. Ничему в характере колониального собрания или cartes не было позволено развиваться. На начальном этапе корона также контролировала внутренний состав городских советов крупных поселений. Там, где сначала ежегодно regidores избирали своих преемников с одобрения губернаторов, корона все чаще стала назначать regidores пожизненно. К концу XVI в. выборы прекратились во всех значимых городах. Многие люди, получившие эти должности на местах от короны, действительно были «старыми конкистадорами» или колонистами, но другие приезжали прямо из Испании с письмами о назначении в багаже. Сознавая, что они находятся под покровительством, и надеясь на дальнейшую протекцию в будущем, они вряд ли могли бы стать поборниками местной независимости.Бюрократическая централизация в обширной империи с разбросанными там и сям владениями, с медленными и опасными коммуникациями, естественно, создавала свои собственные проблемы. В Испанской Америке она существовала за счет местной инициативы и скорости действия. Испанские монархи – не без некоторых оснований – никогда полностью не доверяли своим колониальным чиновникам. Все важные решения – и много менее важных – принимались в Испании. Ответ на просьбу, отправленную в Испанию, прислать указания по какому-либо вопросу мог прийти не раньше, чем через год, – это в лучшем случае. Обычно это был срок два года. И когда приходил ответ, он мог просто содержать требование более развернутой информации. Количество документов, пересекавших Атлантику в обоих направлениях, неуклонно росло. Система ограничений и противовесов, отчетов, встречных донесений и комментариев, безусловно, обеспечивала такое положение дел, когда все стороны были выслушаны, а правительство имело полную информацию, но в такой же безусловной степени она снижала эффективность управления, поощряла бесконечные споры и вела к нерешительности и промедлению. В Испанской Америке не существовало полномочий, которые нельзя было ограничить, и не было решений, которые нельзя было отменить. Апелляции и встречные кассационные жалобы могли циркулировать годами, пока уже не забывался сам повод для них. Даже когда правительство принимало решение и давало конкретные указания, общепринятая формула «повинуйся, но не приводи в исполнение» могла оправдать промедление, если решение было непопулярным.