Одним из выходов из дилеммы, в которой оказались португальские губернаторы, было основание миссий и факторий на других островах. Когда португальцы впервые появились в этом регионе, Тидоре и Тернате были единственными производителями гвоздики в коммерческих масштабах, но скупка португальцами гвоздики подняла на нее цену, и плантации гвоздики быстро распространились на остров Хальмахера, острова Банда, Амбон и Буру. Во второй четверти XVI в. новые плантации уже вовсю плодоносили, и их продукцию покупали в основном яванские купцы. Чтобы избежать контактов с португальцами на Тернате, эти местные торговцы в качестве своего главного перевалочного пункта использовали мусульманский город Бруней на северном побережье острова Борнео (Калимантан), который благодаря перевалке гвоздики и мускатного ореха для экспорта в Китай и Индию разбогател, достиг видного положения и превратился в конкурента Тернате точно так же, как и султанат Ачех благодаря торговле перцем превратился в конкурента Малакки. И чтобы избежать зависимости от султана Тернате, и чтобы сохранить свой контроль за торговлей гвоздикой, португальцы стремились распространять свое торговое, политическое и религиозное влияние на другие острова Молуккской группы. На всех островах, за исключением Тидоре и Тернате, проживало большое, еще неисламизированное языческое население, которое давало шанс христианским миссиям. Великий святой Франциск Ксавьер посетил Амбон в 1546 г.; на этом острове и на западе Хальмахеры был достигнут некоторый успех в создании миссий и обращении населения в христиан, хотя это обращение было в основном политического рода. Сельские жители-язычники во всем этом регионе были готовы принять, по крайней мере внешне, религию того государства – будь она мусульманская или христианская, – которое казалось доминирующим на тот момент, и в большинстве своем отступали от нее так или иначе с одинаковой легкостью. На островах Банда мусульманские миссионеры превышали по своей численности христианских миссионеров и благодаря своим проповедям добились перевеса в свою пользу; а жители этих островов, хоть и были готовы вести дела с португальцами, не позволяли им возводить крепости или монополизировать свою торговлю. Остров Амбон был более дружелюбен и восприимчив, и в начале 1560-х гг. начались приготовления к постройке там португальской крепости. Эти шаги вызвали резкую реакцию на острове Тернате, и в 1565 г. войска султана вторглись в Амбон. Некоторые христиане-амбонцы остались верными своей новой вере и стали мучениками. Португальский вице-король на Гоа в ответ на мольбы миссионеров отправил флотилию кораблей, которая временно восстановила власть португальцев на острове. Ободренный этим успехом, губернатор на Тернате отказал султану Хайруну в выдаче причитающейся ему доли прибылей от торговли гвоздикой, а затем в 1570 г. под предлогом встречи для переговоров подстроил его убийство. Султан-преемник Баабулла объявил португальцам войну и осадил их крепость на Тернате. Никакая помощь ни с Гоа, ни из Малакки больше не пришла, и в 1574 г. крепость пала. Так султанат Тернате стал главной силой на Молуккских островах; лишь на Амбоне португальцы с помощью местного населения устояли против него. Когда несколько лет спустя на Тернате прибыл Дрейк, он застал власть португальцев на нем на самом низком уровне со времен Албукерки. Их политическое положение в Восточной Индонезии и продолжение деятельности некоторых их миссий спасли только поспешный союз с султаном Тидоре, объединение корон Португалии и Испании в 1580 г., давшее им поддержку испанских войск, базировавшихся в Маниле, и своевременная смерть их врага, султана Баабуллы, в 1585 г.