Общие цели королевской политики в Индиях можно суммировать в четырех главных пунктах: распространять католическую веру; извлекать максимально возможные доходы, совместимые с хорошим управлением; утверждать и расширять прямую власть короны и отправлять правосудие. Первая цель была обычной политикой, с которой не мог не согласиться ни один испанец – на самом деле mutatis mutandis (лат.
с соответствующими изменениями), ни один европеец. Аналогично никто в XVI в. не отрицал, что правительство империи может облагать налогами завоеванные провинции, особенно когда – как постоянно заявляло испанское правительство – доходы нужны для ведения в Европе войн в защиту веры. Утверждение прямой власти было естественной целью и долгом любого правительства, особенно такого, как в Испании, где имелся горький опыт феодальной и муниципальной недисциплинированности, а также веская причина бояться, что это может повториться и за морями. Отправлять правосудие было традиционно важнейшей обязанностью любого монарха, и испанская монархия перенесла из века феодализма в век верховной власти отчетливое понимание своих судейских обязанностей. Проблема определения и сохранения соответствующих законных прав индейцев и колонистов была вопросом, вызывавшим глубокую озабоченность, доходившую порой почти до одержимости, у королей и их ближайших советников. Вице-королевства Испанской Америки управлялись отдельным королевским советом. Индейцы с момента завоевания стали прямыми подданными короны. Разумеется, их следовало как можно скорее обратить в христиан; но их обращение должно было быть добровольным, а не принудительным, а после обращения они должны были быть допущены к таинствам. Естественно, они должны были проявлять верность и послушание короне и своим трудом и налогами вносить вклад в благосостояние правительства и общества. Выполняя эти основные требования, они были свободными людьми, и их нельзя было сделать рабами. Их земля и собственность у них оставались и не могли быть у них изъяты, разве что путем справедливой и добровольной продажи. Их вожди должны были быть утверждены в своих должностях, и к ним относились как к мелким чиновникам. Они имели полное право на защиту закона и могли подать в суд на испанцев, как и те могли привлечь к суду индейцев. В своей среде они должны были соблюдать свои собственные законы, за исключением тех случаев, когда они были явно варварскими или противоречили испанским законам для Испанской Америки.К середине XVI в. четко проявились не только эти главные направления политики короны, но и были выбраны главные инструменты ее претворения в жизнь. Успех зависел от замены самоназначенных лидеров и правителей, появившихся в результате первого этапа завоевания, на надежных чиновников, назначенных короной. Таких чиновников можно было набрать в достаточном количестве только в среде профессиональных юристов и на юридических факультетах университетов, где к этому времени уже полностью укрепились авторитарные принципы римского права. Постоянный комитет Совета Кастилии, созданный в 1511 г., занимался делами испанских Индий и в 1524 г. официально стал Советом Индий как преимущественно законодательный и судебный орган. Характерным для испанских учреждений того времени образом он объединял в себе функции верховного апелляционного суда в важных случаях с функциями консультативного совета и управляющего министерства для надзора за делами колоний. Совет разрабатывал все колониальное законодательство, которое подлежало одобрению короля. Ниже короля во главе империи стояла юридическая бюрократия.