Естественное право как здравомыслие в рассуждениях Сепульведы отождествлялось с Jus gentium —
сводом правил, предположительно общих для всех организованных народов. В отличие от Витории Сепульведа не признавал ни второстепенного права народов, ни зачаточного международного права, предписывающего поддерживать естественные и корректные отношения между государствами. Он использовал термины «право народов» и «естественное право», почти не различая их. Оба они были плодом человеческого здравомыслия, которое заставляло людей формулировать общее мнение по всем вопросам, представлявшим важность для всех. Однако Сепульведа не полагался на здравомыслие всех людей и даже здравомыслие их «лучшей части», как это делал Витория. Его право народов существовало только среди gentes humanitiores, а не среди тех, которые находились на краю цивилизованного мира; и даже среди цивилизованных народов обязанность объявлять, что является, а что не является естественным правом, была прерогативой мудрейших и самых рассудительных людей высших народов. Вся эта теория была обращением к природной аристократии; призывом к более развитым народам управлять менее развитыми, к вышестоящим на социальной лестнице в каждом народе – управлять нижестоящими. Сепульведа даже отрицал, что народ можно считать имеющим законного правителя – говоря на современном языке, государством, – если им управляют, не опираясь на мнения его самых лучших граждан; хотя с целью поддержания мира естественное право предписывало повиноваться даже плохим правителям, и восстание против владыки, имевшего юридическое право им называться согласно определенным законам и обычаям его народа, не могло иметь легального оправдания.Следствием власти природной аристократии было естественное порабощение, так как достигшие большего совершенства должны иметь власть над менее совершенными. Теория Аристотеля в интерпретации Сепульведы давала полномочия цивилизованным народам подчинять себе силой оружия, если другие средства оказывались бессильными, те народы, «которые требуют ввиду своей собственной природы и в их собственных интересах, чтобы их привели под власть цивилизованных и добродетельных владык и народов, чтобы они могли учиться у силы, мудрости и закона своих завоевателей и обрести лучшую нравственность, более достойные обычаи и более цивилизованный образ жизни». Сепульведа был слишком сдержанным полемистом, чтобы нацеливать на индейцев такой арсенал оскорблений, какие, например, употреблял историк Овьедо; но он не утверждал, что индейцы живут, полностью пренебрегая естественным правом, и указывал на саму их неспособность противостоять вторжению испанцев как на еще одно доказательство их более низкого развития, требующего сильного и мудрого правления для их же блага.
Из всего вышеизложенного Сепульведа делал выводы, оправдывавшие чисто светское право испанцев править в Новом Свете. Но таковыми не были его намерения. Распространение веры казалось ему, как и его современникам, священным долгом, и, хотя его богословские аргументы не были логически необходимы в общем развитии его мысли, они не представляли никаких противоречий. Compelle eos intrare (лат.
заставь их вступить) – вот что было подоплекой его миссионерской теории. Принудительное крещение Сепульведа считал несправедливым и бесполезным; и язычество само по себе не являлось причиной для справедливой войны; но эффективное обращение в христианство больших групп язычников было невозможно, разве что после длительного контакта с христианами. Индейцы не хотели ни принимать христианство немедленно просто по приказу чужеземцев, ни менять свой образ жизни за несколько дней. Чтобы они могли учиться у миссионеров и подготовиться к вхождению в церковь, необходимо было дать им цивилизованную форму правления и поместить под опеку с их согласия или без него. Цивилизация и христианство шли рука об руку. Завоевание было религиозным долгом, актом благотворительности по отношению к невежественным и несчастным соседям.