Вторжение в Дагестан чеченских солдат в августе 1999 года и провозглашение исламской республики стало предлогом для войны. 9 сентября мощный взрыв разрушил здание в одном из районов Москвы, убив множество человек. Четыре дня спустя из-за еще одной бомбы взлетело на воздух другое здание и погибло 118 человек. В течение трех недель произошло пять взрывов в Москве и других городах, убивших около 300 человек. За нападения никто не взял на себя ответственности, но Кремль сразу же обвинил чеченских фундаменталистов. На самом деле большинство россиян на тот момент были против войны в Чечне. Хлебников написал об этом: «Эти террористические атаки напоминали таинственные взрывы в московском метро за неделю до первого тура президентских выборов 1996 года, ответственность за которые повесили на „экстремистов-коммунистов“, что усилило позиции режима Ельцина, как единственной силы, способной обеспечить мир и стабильности в России».
Le Figaro от 29 сентября 1999 года напечатало интервью с генералом Александром Лебедем, губернатором Красноярского края. Он сказал, что «почти убежден», что правительство России организовало нападения против своих собственных граждан. Заявление Лебедя стало сенсацией. В первый раз политик большого масштаба публично выразил подозрение, которое российская пресса не осмеливалась высказывать. Через несколько дней Березовский прилетел в Красноярск, где вел свой алюминиевый бизнес, и там встретился с генералом. Пока неизвестно, о чем они говорили, но после этого визита ничего не было слышно от генерала. «На сегодняшний день, – написал Хлебников, – он находился заметно в стороне от политики». Генерал Александр Лебедь тогда сказал: «Березовский – наивысший хам в государстве: представитель малой правящей касты не просто летает. Он хочет летать абсолютно безнаказанно». Александр Лебедь погиб 28 апреля 2002 года в Сибири в результате крушения вертолета. Вертолет столкнулся с линией электропередачи в тумане… Это было официальной версией.
«За этим трудно увидеть руку премьер-министра Путина», – добавляет Хлебников. – Ничто в прошлом не заставит поверить, что этот человек мог совершить такое чудовищное преступление, чтобы получить власть. Он еще не контролировал всю власть в сентябре 1999 года. Не существуeт также никаких доказательств против Березовского. Наиболее вероятным объяснением является то, что атака на самом деле была совершена чеченскими боевиками». Более чем 100 тысяч русских солдат было собрано в маленькой республике сепаратистов, и началась вторая война в Чечне. Телеканал ОРТ, под контролем Березовского, поддержал войну и решительность действий Путина.
Выборы прошли успешно для Кремля. Единый блок собрал 23,3 % голосов, Коммунистическая партия получила 24,3 %, в то время как тандем «Лужков – Примаков» не получил и 13,9 %. Березовскому, который обратился за депутатским мандатом, был предоставлен иммунитет от судебного преследования, он стал представителем округа Автономной республики Карачаево-Черкессии, бедного региона севера Кавказа, в котором проживало менее трехсот тысяч жителей. Он победил легко, и теперь его место гарантировало от привлечения к уголовной ответственности, только если Государственная Дума не лишит его иммунитета. Роман Абрамович, его партнер, также был избран. Его избрали губернатором района ледяной Чукотки, которая была беднейшим и наиболее примитивным регионом России.
Другие бандиты уже избрались на предшествующих выборах. В этих условиях не было удивительно, что много представителей Думы пострадали от насилия преступного мира: по меньшей мере трое депутатов были убиты, вместе с ними более десятка помощников и парламентского персонала.
Победа Путина вдохновила Ельцина уйти в отставку. 31 декабря, во время своего традиционного новогоднего выступления, он объявил, что не будет находиться до конца своего срока, и передал свои полномочия премьер-министру Владимиру Путину. Дата президентских выборов была перенесена на 26 марта 2000 года.
В феврале 2000 года Березовский и Абрамович приобрели акции трех крупных алюминиевых заводов. Россия была вторым по величине производителем после Соединенных Штатов, и алюминий был одним из основных источников прибыли в иностранной валюте. После обретения доминирующего положения в автомобильной промышленности, телевидении, авиакомпаниях и нефтепромышленности, производство алюминия, таким образом, стало уже пятым важным направлением деятельности Березовского.