Федор Пуляшкин родился в день памяти чудотворца Николая 9 мая 1758 года в Вязьме в богатой купеческой семье. Он рано лишился отца, а его мать Матрона Никитична в 1786 году стала инокиней в московском Новодевичьем монастыре. Но Федор опередил ее в монашеском подвиге. Еще в тринадцать лет он поступил на жительство в Александро-Невский монастырь, а через полгода по совету своего наставника перешел в Саровскую пустынь. Духовное становление его происходило под влиянием великих саровских старцев — преподобного Серафима Саровского, иеромонахов Ефрема, Пахомия, Питирима. Три года Федор был звонарем, три года трудился в хлебной и квасоварне, три года — в просфорне, а затем нес пономарское послушание. Из Саровской пустыни он перешел в московский Симонов монастырь и здесь 4 апреля 1786 года был пострижен в монашество с именем Филарет, так же как и Филарет (Дроздов) — в честь праведного Филарета Милостивого. С 1788 года иеродиакон Филарет — монах Александро-Невского монастыря, ставшего с 1794 года Санкт-Петербургской Александро-Невской лаврой, а в 1791 году его поставили управлять подворьем новгородского Юрьева монастыря, расположенного в московском Китай-городе. В сентябре 1794 года иеромонах Филарет был определен в Новоспасский монастырь для прохождения послушания при больнице, и вскоре он стал духовником этого монастыря. Но в 1799 году он тяжело заболел и «по причине крайнего изнеможения и телесной слабости» его освободили от всех должностей. Он готовился к смерти, но остался в живых, и с того года стал совершать подвиг безмолвия, постоянной молитвы и чтения творений Святых Отцов и других духовных книг. С 1810 года началось его старческое служение. Это означало, что он обрел дар провидения и мог давать людям полезные советы, как поступать в жизни, чего ожидать, от чего лечиться и т. д. Он почти не выходил из своей кельи, куда ежедневно к нему притекало множество народу со всех концов Москвы и окрестностей, приезжали из других уголков бескрайней России.
Болезнью, которая однажды едва не свела его в могилу, была грыжа. Она продолжала ежедневно мучить старца Филарета на протяжении всей его жизни. Но он никогда не отказывался принимать посетителей и часто, при особом наплыве страждущих, отказывался от трапезы, дабы не отвлекаться от своего ежедневного подвига.
Старец предсказывал возможные болезни и несчастья, мог сказать, можно ли надеяться, что отыщется пропавший человек, отваживал от гадалок, силой убеждения принуждал людей уходить из масонских лож, исцелял бесноватых. Иногда человек только придет о чем-либо спросить, а старец ему уже с порога объявляет: «Сделай так-то и так-то». Некоторые люди, получавшие советы у митрополита Филарета, в неотложных случаях, когда владыка отсутствовал в Москве, шли за советом к его тезке — старцу Филарету.
Одной из духовных дочерей старца была Наталья Петровна Арбенина. В 1834 году она вышла замуж за Ивана Васильевича Киреевского, который в то время увлекался немецкой философией, был далек от церковной жизни, даже не носил нательного креста. Наталья Петровна постоянно упрашивала его хотя бы надеть крест. Однажды он ответил ей, что сделает это, если только крест пришлет ему ее старец-духовник. Наталья Петровна приехала к Филарету, а тот, уже снимая с себя крест, встречал ее такими словами:
— Да будет он Ивану Васильевичу во спасение.
Рассказ жены сильно подействовал на Киреевского, он упал на колени и, надевая крест на себя, признался:
— Теперь чаю спасения для души моей, ибо в уме своем положил: если отец Филарет снимет с себя и мне его пришлет, то явно будет, что Бог призывает меня ко спасению.
После этого он резко изменился, стал прилежным прихожанином церкви, исповедовался, причащался. Такая перемена в его жизни привела Ивана Васильевича к славянофильству и к осознанию того, что кризис так называемого европейского просвещения обусловлен отходом европейцев от христианства.
Старец Филарет предвидел и свою кончину. Ровно за две недели до смерти он сказал:
— Время мое близко. Я поболею недельки две и отойду.
Вскоре состояние его резко ухудшилось. В праздник Успения Божьей Матери митрополиту Филарету сообщили, что старец Филарет очень плох и, вероятно, вскоре отойдет ко Господу. На другой день владыка прибыл к старцу, а тот, предвидя его приезд, уже плакал от радости.
— Пора моим костям на покой. Что определено Богом, — сказал он.
Митрополит благословил старца, тот исповедался, приобщился Святых Тайн, а 28 августа, как и предсказывал, с молитвой на устах мирно и тихо скончался. Погребение его проходило 31 августа. В Преображенском соборе Новоспасского монастыря и вокруг него собралось великое множество почитателей старца. Не только внутренность монастыря, но и колокольня, крыши келий и ограды были наполнены народом. Для совершения заупокойной литургии и отпевания по монашескому чину прибыл сам митрополит. Когда запели антифон «На небо очи пущаю моего сердца к Тебе, Спасе…», владыка Филарет не удержался и заплакал, так что и все видевшие это залились слезами.