Опекая Глухарева, Филарет следил за тем, чтобы тот, увлекаясь западной литературой, не попадал под дурные влияния, особенно не увлекался мистицизмом. Великолепно зная европейские и древние языки, Михаил по окончании духовной академии преподавал их в семинариях, сперва — в Екатерино-славской, затем — в Костромской. В 1818 году он стал иеромонахом под именем Макария, а еще через три года — архимандритом. В конце двадцатых годов он отправился с миссией на Алтай, где проповедовал христианство среди языческого местного населения. Здесь он на деле прочувствовал, что такое не иметь русского перевода Библии. Алтайцы способны были освоить русскую речь, но никак не старославянское письмо. Новообращенные христиане требовали Священного Писания, а оно имелось только на непонятном им древнем наречии. Помощи миссионер мог искать только у своего наставника. В 1834 году Макарий прислал Филарету письмо, в котором выражал недоумение по поводу приостановки перевода Библии, а к письму приложил доклад о необходимости продолжения переводческой деятельности с просьбой к Филарету передать сей доклад в Синод. Это было как раз когда Филарет отказался освящать Триумфальные врата. Бессмысленно было хлопотать о рассуждениях алтайского миссионера. Филарет не дал хода докладу, а Макарию написал: «Беседу с Вами начать надобно, кажется, с мыслей Ваших о полном переводе Библии на русское наречие. Вы употребили немало трудов на изложение сих мыслей, но посев Ваш пришел не на готовую землю и не во время сеяния». Получив такой ответ, Глухарев не утешился, а решил самовольно продолжить перевод Библии с того места, на котором он был прерван после запрещения в 1826 году. Макарий перевел книги Иова и Иисуса Навина, после чего послал свой перевод в Петербург. «Российская словесность достигла уже того возраста зрелости, когда русская Церковь может и поэтому должна иметь полную Библию на русском языке», — заявлял он в сопроводительном письме. Но никакого ответа из Синода не удостоился. Тогда Макарий взялся перевести весь Ветхий Завет с древнееврейского текста, используя переводы Библейского общества и протоиерея Герасима Павского. 20 января 1839 года он отправил несколько новопереведенных книг и письма на имя императора Николая. В письме он гневно обвинял тех, кто отдаляет Библию от народа, во всех общественных и природных потрясениях последнего времени — кончине Александра I, восстании декабристов, петербургском наводнении, холерной эпидемии и пожаре Зимнего дворца. «Неужели Слово Божие, — восклицал он, — в облачениях славянской буквы перестает быть Словом Божиим в одеянии российского наречия?» В 1840 году Макарий приехал сам в Петербург лечить глаза и узнал, что его переводы и письма находятся на рассмотрении цензуры. Его вызвали в Синод, где он твердо заявил:
— Я совершенно убежден в том, что полная Библия на русском языке для церковных миссий весьма благопотребна.
Определение Синода от 11 апреля 1841 года гласило: «Архимандрит Макарий преступает пределы своего звания и противоречит высшей власти, обоснования предпринятого им труда неосновательны, погрешительны и нелепы, но, взирая со снисхождением на его дерзновенный и нелепый поступок, Святейший Синод оставляет его на миссионерском служении с назначением молитвенной епитимии с поклонами по силе и усмотрению преосвященного епископа Томского». Он вернулся в Сибирь, где епископ Томский наложил на него епитимью — сорок дней подряд ежедневно служить литургию за «предоставление правительству мыслей и желаний своих в рассуждении полной Библии на российском языке в переводе с оригиналов».
Однако наказанный таким образом архимандрит не оставил своих трудов. В ноябре 1841 года московский генерал-губернатор Голицын получил от него рукопись избранных переводов из книг Ветхого и Нового Завета и письмо, в котором Глухарев просил Дмитрия Владимировича опубликовать все это в Москве. Семидесятилетний генерал-губернатор, естественно, сию просьбу не исполнил, а, как и полагалось, отправил все в Петербург обер-прокурору. Началось новое разбирательство, пик которого пришелся на осеннюю 1842 года сессию Синода, а 13 ноября 1842-го вышло решение по поводу неугомонного алтайского просветителя, в котором вменялось «вновь подтвердить архимандриту Макарию через преосвященного Томского, что если он и впредь будет преступать долг смирения перед церковной властью с произвольным объяснением Священного Писания и по таковым совершенно духовным предметам обращаться мимо духовного начальства к посторонним властям, то за сие подвергнется неминуемо законному взысканию».