Архиепископ Фердинанд
взял впоследствии бразды правления всеми епископствами, кроме Фрайзинга, а в 1612 г. ему достался еще и Падеборн. В итоге к началу XVII в. образовался целый блок территорий-сателлитов мюнхенских герцогов. Главной цитаделью его бесспорно был Кёльн, находившийся в руках Виттельсбахов вплоть до 1746 г.При ближайшим преемнике Альбрехта V Вильгельме V
(1579–1598) Бавария оказалась в тяжелом кризисе, вызванном большими финансовыми расходами и ростом задолженности. Под бременем проблем Вильгельм вынужден был даже отречься от престола. Однако с восшествием его старшего сына Максимилиана I (1598–1651) тенденция к укреплению правительственной власти и активной династической политике наметилась с новой силой.Мюнхенские герцоги смогли подготовить свои позиции для стремительного рывка в годы Тридцатилетней войны и превратиться в важнейших партнеров правящего имперского Дома. Таковы были плоды мастерской комбинации территориально-династической политики с последовательной защитой интересов католической церкви.
Пфальцская линия
Виттельсбахов в первой половине XVI в. медленно оправлялась от удара, полученного в войне за «Ландсгутское наследство» (1503–1505), в которой Гейдельберг лишился большей части своих дунайских земель с центром в Ландсгуте. Четырьмя крупнейшими массивами пфальцского Дома оставались земли Нижнего Пфальца. заключенные преимущественно в междуречье Неккара и Рейна, с главной резиденцией в Гейдельберге, родственные анклавы на рейнском левобережье, где выделялся Пфальц-Зиммерн и Пфальц-Цвейбрюккен, а также Верхний Пфальц, сердце которого образовывал треугольник Амберг — Зульцбах — Ноймаркт. Одиноко, не связанное с остальными владениями Пфальца и окруженное баварскими землями располагалось на берегах Дуная Нойбургское княжество, выделившееся после 1506 г. с правившей там младшей линией пфальцских Виттельсбахов. Традиционными сателлитами Пфальца оставались епископы Шпейера и Вормса, представленные либо местными дворянскими родами, бывшими в ленной зависимости от Гейдельберга, либо членами курфюршеской семьи, а также рыцарство Эльзаса и пфальцского левобережья. Здесь позиции Дома подкреплялись правами курфюрстов как имперских фогтов Эльзаса, а также викариатным правом по землям Швабского зерцала.Гейдельбергские курфюрсты эпохи Реформации стремились, с одной стороны, заблокировать дальнейший успех своих баварских родственников, с другой — консолидировать усилия семьи ради улучшения своего территориально-династического положения. Выходом из тяжелой ситуации стала все большая ориентация на имперский двор, на сближение с короной, отчетливо проявившаяся в годы правления курфюрста Фридриха II (1544–1556). Характерным признаком здесь стало весьма пассивное участие Гейдельберга в реформационном движении, развивавшемся в Пфальце скорее «снизу», чем «сверху». Но победа императора в Шмалькальденской войне, в которой курфюрст, пусть и осторожно, но все же поддерживал Шмалькальденский союз, привела к достаточно жестким ответным шагам короны, пытавшейся восстановить в пфальцских владениях католицизм и подвергнувшееся репрессиям лютеранское дворянство Пфальца. Сословия в конце концов были разочарованы двойственной политикой Фридриха. Сын и наследник его Отто Генрих
(1556–1559), последний представитель старой гейдельбергской линии, отказался от чрезмерного заигрывания с имперским престолом и достаточно смело ввел в наследственных владениях лютеранскую Реформацию. Ему же удалось объединить с Пфальцем нойбургские земли, тем самым сделав попытку вернуть утраченные позиции на юго-востоке. Регентом Нойбурга стал брат курфюрста пфашцграф Вольфганг из цвайбрюккенского Дома, что символизировало сближение Гейдельберга с родственными ветвями на рейнском левобережье. Впрочем, иллюзия дружественного альянса развеялась ввиду обострения финансового вопроса, поскольку и курфюршеские домены, и цвейбрюккен-нойбургские владения оказались обремененными чрезмерными долгами, спор из-за уплаты которых похоронил радужные ожидания Отто Генриха.