Эрнст, родившийся в 1554 г., испытал на себе все превратности младшего отпрыска именитой семьи. Уже в 11 лет он стал каноником страсбургской соборной церкви, позже был отправлен в Рим, где получил блестящее образование в Немецком Коллегиуме под руководством иезуитов и стал известен в кругах римской курии. В 1566 г. Эрнст был постулирован в епископы Фрайзинга, в 1573 г. — в епископы Гильдесгейма. Стараниями отца он стал готовиться к занятию кёльнского архиепископского престола, хотя ни по возрасту, ни по наклонностям щеголеватый прелат не соответствовал ожиданиям римской курии. Тем не менее при поддержке Альбрехта V и некоторых сторонников Виттельсбахов в Риме Эрнст принял участие в борьбе за архиепископский престол. Виттельсбахам, однако, не удалось преодолеть оппозицию соборного капитула, чины которого, опасаясь чересчур жесткого баварского диктата и частично склоняясь к протестантизму, после долгих проволочек избрали архиепископом Гебхарда Трухзесса, не скрывавшего своих откровенно лютеранских симпатий. Лишь после открытого перехода Гебхарда в протестантизм в 1583 г. Рим согласился с кандидатурой Эрнста, призванного отныне сохранить Кёльн за Старой Церковью. Оказавшись с митрой крупнейшего рейнского духовного князя, Эрнст с энергией принялся защищать дело католицизма, не останавливаясь даже перед принятием вооруженной помощи со стороны Испании и используя мощную династическую поддержку мюнхенских родственников. После нескольких месяцев вооруженной борьбы и нескольких лет самых решительных действий против протестантов (издание эдиктов, испомещение иезуитских миссий) Эрнст сумел превратить Кёльн в надежный больверк католической церкви на Рейне. В 1589 г. он получил признание своего имперского статуса архиепископа и от императора. В 1581 г. Эрнст был избран архиепископом Люттиха (Льежа) и стал администратором имперских аббатств Стабло и Мальмеди, а в 1585 г. заполучил епископство Мюнстер, хотя попытка «протолкнуть» его еще и на минденскую кафедру окончилась для Виттельсбахов неудачно. Будучи незаурядным организатором, Эрнст характерным для своей эпохи образом сочетал в себе духовную миссию и совершенно светский образ жизни, зачастую граничивший с отступничеством от элементарных требований церкви, что, впрочем, всегда прощалось Римом ввиду очевидных заслуг этого Виттельсбаха на ниве защиты католицизма. Вскоре после своего утверждения в Кёльне Эрнст, страдая телесными недугами, пошел на ресигнацию и передачу правительственных полномочий своему племяннику Фердинанду. Последние годы жизни Эрнст провел совершенно светским лицом в обществе своей любовницы Гертруды фон Платтенберг. Его роль как экспонента баварской политики исчерпывающе исследована Гюнтером фон Лоевски: Lojewski G. V. 1) Bayerns Weg nach Köln. Bonn, 1961; 2) Bayerns Kampf um Köln // N34. S. 40–47.