После прихода Гитлера к власти Аденауэру стало небезопасно оставаться в Кёльне. В апреле 1933 г. он обратился к старому приятелю еще по гимназии аббату бенедиктинского монастыря Мария Лаах Ильдефонсу Хервегену с просьбой разрешить ему пожить некоторое время в монастыре, где он и оставался до января 1934 г. Затем Аденауэр снял квартиру в Бабельсберге, но в «ночь длинных ножей», 30 июня 1934 г., был арестован. Через несколько дней его освободили, однако придирчивые нападки властей не прекращались, и Аденауэр вынужден был скитаться по различным католическим пансионатам до лета 1936 г. После провала покушения на Гитлера 20 июля 1944 г. он вновь был арестован и помещен в концлагерь. Впрочем, никаких доказательств причастности экс-бургомистра к заговору обнаружено не было. В ноябре 1944 г. его выпустили на свободу. В марте 1945 г. американские танки ворвались в Рендорф, для семьи Аденауэра война закончилась, а он вновь был назначен бургомистром Кёльна. Но в октябре британские власти отправили его в отставку. Казалось бы, политическая жизнь Аденауэра окончательно завершилась, но уже в феврале 1946 г. его избрали председателем Христианско-демократического союза (ХДС) всего Рейнланда.
В июле 1946 г. Аденауэр уже практически не имел соперников в борьбе за власть в ХДС, где его авторитет был почти непререкаемым. Может создаться впечатление, что это далось Аденауэру легко, но это далеко не так: непрерывные разъезды в старом «хорьхе» с засыпающим на ходу от усталости водителем, речи и выступления на митингах, на заседаниях различных партийных органов, Зонального совета, на встречах с англичанами — все это требовало огромного напряжения сил, а для человека, уже перешагнувшего 70-летний рубеж, граничило с чудом. Можно только поражаться тому, как ему удалось все это выдержать и не сломаться, тем более что в это время он переживал и личную трагедию — тяжелую болезнь супруги.
Весьма позитивно была воспринята им речь Госсекретаря США Джеймса Бирнса, произнесенная в Штутгарте 6 сентября того же года. По благожелательному тону она резко отличалась от того, что немцы прежде привыкли слышать от союзников. Госсекретарь заявил, что главное желание США — помочь немецкому народу войти в «сообщество свободных наций земного шара». Примерно такой же характер носило заявление, которое сделал министр иностранных дел Великобритании Эрнст Бевин. Пожалуй, единственным диссонансом прозвучало решение французского правительства о фактической аннексии Саарской области.
Для Аденауэра вывод из этих событий был ясен: Германия скоро обретет более или менее независимый статус, и тем более важно, чтобы она подошла к этому рубежу уже сформировавшейся в духе его собственных представлений и образов. Другими словами, борьба и еще раз борьба, и не только с лидером СДПГ Шумахером и его партией, но и с теми политиками в собственной партии, которые хотели сдвинуть Германию «влево».
В апреле 1947 г. предстояли выборы в ландтаг земли Северный Рейн-Вестфалия, и обострение отношений между правыми и левыми в ХДС могло стоить партии многих голосов электората. Два человека — Иоганнес Альберс от левого профсоюзного крыла и Роберт Пфердменгес от правого, представлявшего банковские и промышленные круги, — принялись под руководством Аденауэра за выработку компромисса. В начале февраля 1947 г. результат их творчества был представлен на обсуждение руководства ХДС британской зоны. Оно состоялось в маленьком городке Ален в Вестфалии и закончилось единодушным одобрением представленного документа, который получил название «Аленская программа».
Это была программа весьма радикальных экономических и социальных преобразований. Важнейшие ее положения предусматривали перевод угольной промышленности в общественную собственность, введение антимонопольного законодательства и право рабочих на соучастие в управлении предприятиями. Аденауэр пошел на принятие этих положений с единственной целью — утихомирить левых в своей партии. Тем, кто его знал, было ясно, что, как только пройдут выборы, он сделает все, чтобы нейтрализовать Аленскую программу и ее радикальное содержание. Так оно и произошло.