Перевозка грузов морскими кораблями требовала значительно меньших затрат, хотя у этого вида транспорта были свои недостатки. Судоходный сезон ограничивался шестью месяцами в году — navicularii не отправлялись в плавание в период с 10 октября по 31 марта. Эти даты, отмеченные в кодексе, свидетельствуют, что зимой риск морских путешествий из Италии в Африку оказывался слишком большим даже для императорских курьеров. Древние римляне не умели правильно использовать силу ветра; их корабли в течение долгого времени могли задерживать не только штили и бури, но и ветры, дующие навстречу. При благоприятных обстоятельствах путешествия могли проходить очень быстро: из Нарбонны в Карфаген — за 5 дней, из Аскалона в Фессалонику за 12–13 дней и столько же в обратном направлении. Плавание из Константинополя в Газу занимало 10 дней, но 20 дней требовалось, чтобы попасть в Константинополь из Газы. Из Александрии в Марсель можно было побраться за 30 дней. Но иногда суда вынуждены были простаивать из-за плохой погоды.
Большая часть кораблей были малогабаритными и не совсем приспособленными для морских плаваний. Самый большой отмеченный в источниках корабль вмещал на борт 50 000 modius (около 330 тонн груза), другой корабль с грузоподъемностью 350 000 modius также считался исключительным. Средняя грузоподъемность судов, специализирующихся на перевозке зерна, составляла 10000 — 20000 modius (60—130 тонн). Распространены были и маленькие суда, рассчитанные на 2000 modius груза (15 тонн). Они могли фрахтоваться правительством для транспортировки зерна. Кораблекрушения происходили достаточно часто, даже летом. Многие указы и законы предписывали, что понесенные в этом случае убытки должны возмещаться в одинаковой степени всеми navicularii. Грузы также зачастую страдали от морской воды. При таком положении дел ничего не оставалось, как сбрасывать их за борт и впоследствии покрывать убытки, за которые опять-таки несли ответственность все судовладельцы.
При помощи navicularii правительство не только осуществляло по морю перевозки пшеницы из Африки в Рим и из Египта в Константинополь, но и поставки для армии. Как говорилось ранее, отдельные зажиточные землевладельцы в обмен на уменьшение земельного налога, освобождение от обязанностей курий и другие разнообразные привилегии занимались строительством кораблей и поддержанием их в рабочем состоянии. Им платили фрахт, составлявший половину от коммерческой стоимости груза, и ожидалось, что за счет этого они покроют дефицит налогов с их земель. О внутреннем водном транспорте мы знаем значительно меньше. Известно, что на Тибре для перевозки зерна из Остии в Рим и сбора топлива для римских бань государство курировало цеха барочников. Существовала также государственная лодочная служба на реке По, занимавшаяся рейсами из Павии в Равенну. На Ниле функционировала смешанная служба правительственных муниципальных и частных судов, организованная государством.
Для перевозок грузов по суше под руководством государства действовала тщательно разработанная и всесторонняя служба императорской почты (cursus publicus). Она состояла из cursus velox, обеспеченной верховыми и вьючными лошадьми, легкими повозками, запряженными тремя Мулами и четырехколесными повозками с 8 — 10 мулами, и cursus claburalis — имевшей в своем распоряжении повозки с двумя парами волов для тяжелых грузов. Cursus velox предоставляла передвижные средства главным образом для императорских курьеров и других должностных лиц, которые совершали поездки по общественным делам, а также занималась транспортировкой легких и ценных грузов, таких как золото, серебро, изысканные ткани и, например, библии, доставляемые Евсевием, епископом Кесарии, и предназначавшиеся для константинопольских церквей. Cursus clabularis имела дело с перевозкой продуктов питания, одежды, оружия, строительного леса, материалов и имущества дислоцируемых в другой район войск.