По своему воспитанию Феодосий был убежденным приверженцем никейского символа веры, а по темпераменту — фанатиком и сторонником авторитарной власти. Через год после принятия трона он издал указ (27 февраля 380 года), признающий доктрины Дамасия Римского и Петра Александрийского основами истинной католической веры, а еще через год (10 января 381 года) он приказал отдать все церкви епископам, признающим католическую религию, как он ее понимал. Навязывая церкви этими действиями свои собственные верования, он в мае 381 года собрал Собор 150 епископов в Константинополе. Собор утвердил решения императора и издал два канона об организации церкви. Первый из них признавал второе по значимости место за константинопольской епархией, Новым Римом, а другой устанавливал верховный авторитет епископа Александрийского в Египте. В других провинциях восточной части епископы каждой провинции должны были вести свои дела без местного вмешательства. Собор, по просьбе императора, должен был утвердить список возможных кандидатов, из которых он бы мог выбрать нового епископа Константинополя. В результате был выбран Нектарий — набожный, но все еще не крещенный сенатор.
Феодосий был фанатичным преследователем еретиков, против которых он издал не менее восемнадцати законов. Его взгляды совпадали со взглядами большинства восточных епископов, которые к тому времени уже примирились в homoousion. Арианство быстро потеряло былую важность и сохранилось по существу только среди германских племен. Вестготы были обращены еще при Констанции. В то время, как разновидность арианства стала официальной верой империи, они остались верными доктрине, полученной от их первого епископа, Ульфилы, который перевел Священные Писания на готский язык. Остготы, вандалы, бургунды и другие племена, похоже, унаследовали свою христианскую веру от вестготов.
Алтарь победы, который убрали по приказу Констанца II из дома сената, был возвращен при Юлиане и оставался на том же месте при терпимом Валентиниане I. В 381 году Грациан под влиянием Амвросия отменил языческое звание главного жреца, вновь убрал алтарь победы и конфисковал храмовые фонды вестальских девственниц и др. древних служителей Рима. На следующий год сенат обратился к нему с просьбой отменить это решение, но папа Дамасий выдвинул контрпетицию христианским сенаторам, которые были, как он заявлял, в большинстве, и с моральной поддержки Амвросия Грациан оставил свое решение в силе. В 384 году Симмах, префект города, послал Валентиниану II еще одну петицию, но Амвросий выдвинул опровержение и Валентиниан решил не менять решения своего брата.
В 381–385 гг. Феодосий издал суровые законы против жертвоприношений, в результате чего они были запрещены, хотя молитвы и восхваления сохранились. Никакого общего закона о разрушениях храмов издано не было, но жалобы на разрушения частных храмов или их передачу церквям воспринимались благосклонно и правительство в какой-то степени потворствовало христианским фанатикам, которые без разрешения уничтожали храмы. Во многих городах христиане и язычники вели борьбу. В Апамее был убит епископ Марцелл, рьяный разрушитель храмов, который использовал наемных гладиаторов и римские войска, чтобы подавить сопротивление жителей. В Александрии язычники под предводительством энергичного философа Олимпия захватили храм Сераписа и оттуда совершали набеги на христиан, но после получения императорского указа об уничтожении всех храмов Александрии сопротивление язычников было подавлено.
Не прошло и двух лет со смерти Максима, как в 391 г. Феодосий, проживавший в то время в Милане, формально приказал закрыть все храмы и запретил все виды языческого культа. Можно считать, что этот указ появился под влиянием епископа Милана. Евгений, который был христианином, после некоторых сомнений, подчинился воле сената, восстановил алтарь победы и отдал вестальские земли языческим сенаторам. Языческая аристократия Рима, возглавляемая Никомахом Флавианом, преторианским префектом Италии, объединилась в борьбе за его дело. Флавиан и Арбогаст, magister militum, который также был язычником, хвастались тем, что после поражения Феодосия они превратят церкви в конюшни. Христианские авторы в тревоге издали несколько памфлетов, в которых выразили свой протест против возрождения язычества. Надежды язычников были разбиты, а страхи крестьян окончательно развеяны победой Феодосия.