Каждая префектура управлялась преторианским префектом, или наместником. На Востоке правитель носил титул comes Orientes, а в Египте — августинского префекта. Должность наместника постепенно упразднилась. В провинциях, где проживал преторианский префект, наместники обычно отсутствовали вовсе. Префект галлов непосредственно управлял провинцией галлов, префект Италии — Паннонией, а префект Иллирии — Дакией. Только преторианский префект Востока имел помощников во всех пяти диоцезах: наместников во Фракии, Азии и Понтике, comes Orientes и августинского префекта Египта. Анастасий отменил должность наместника Фракии, а Юстиниан снял с этой должности четырех остальных наместников, еде лав их губернаторами тех провинций, в которых они проживали, — к этому времени они уже совмещали должности наместника и губернатора. Сложилось так, что должности наместников и относящихся к ним служащих стали излишними. Финансовые вопросы преторианский пре фект решал уже не через наместников, а имел дело непосредственно с правителями провинций, и жалобы из суда правителей обычно шли к преторианскому префекту, а не к наместникам, чей суд считался продажным, а решение которого могло быть отменено императором. Впоследствии Юстиниан обнаружил, что отсутствие какой-либо высшей власти, кроме правителей провинций, создает определенные трудности при урегулировании гражданских беспорядков, т. к. разбойники кочевали из провинции в провинцию. Для того чтобы разбираться с подобными проблемами, он наделил некоторых должностных лиц в провинции военными полномочиями, как например наместников Понтики.
Цепочка военного командования была гораздо проще. Центральные полевые армии palatine, как уже упоминалось, находились под командованием magistri militum praesentales. Более крупными региональными полевыми армиями, comitatenses, командовали magistri, а более мелкими объединениями — comités rei militares. Таким образом, к началу V века на Западе были magister equitum в Галии и comités — в Африке, Тингитании, Иллирии и Британии. На Востоке были magistri Иллирии, Фракии и Востока. Последний округ был разделен Юстинианом на Армению, северную восточную и южную части. Пограничные армии (ripensis и limitanei) делились на подразделения, командирами которых являлись duces. Некоторые duces, как например, в Египте и Исаврии, носили титул comes, возможно потому, что их армии были усилены comitatenses.
Министры финансов также имели своих представителей в провинциях. От largitiones на Западе назначались comités largitionalium — в Италии, Африке, Галлии и Иллирии, а также rationales summae в каждой провинции или части провинции; на Востоке — comités largitionalium в каждой провинции. От res privata назначались rationales res privatae в каждой провинции или иногда части провинции.
Должностная иерархия была не такой четкой, как может показаться из «Notitia Dignitatum». Император не всегда общался с duces через magistri militum, или правителями провинций, — через префектов и наместников. Правитель провинции мог написать письмо прямо к императору и непосредственно от него получить ответ, а в обычае преторианских префектов было обходить наместников. Кроме того, случалась масса совпадений, а отсюда противоречий в юридических полномочиях гражданских, военных и финансовых служащих, несмотря на их теоретическое разделение. Военные чиновники всегда стремились захватить власть над занимающими такую же должность гражданскими чиновниками. Мы находим свидетельства тому, что император упрекает magistra militum Востока за арест corrector Августамники (так называлась восточная часть Нижнего Египта) и напоминает ему о том, что правитель провинции должен подчиняться только власти преторианских префектов. Немного позже встречаются сведения о том, что magister militum per Orientum, отдавая приказы консулу Кипра, угрожает ему штрафом в случае неповиновения. Rationales largitiones и res privata ведут постоянную борьбу с правителями провинций по поводу финансовых прошений.
Для того, чтобы заполнить все имеющиеся вакансии, необходимо было большое количество людей, особенно это касалось низших административных должностей. Со времени Диоклетиана существовало более ста провинций. К началу правления Юстиниана число восточных провинций возросло до 62. В «Notitia Dignitatum» упоминается 69 должностей под контролем comes sacrarec largitiones на Западе и 24 — под контролем res privata. В распоряжении префекта города Рима находилось 15 низших должностных лиц. В начале V века для удовлетворения нужд западной армии требовалось 400 трибунов и 500 — для восточной.
Как правило, все посты занимались в течение очень короткого периода времени. Со времени начала правления Диоклетиана и до смерти Гонория срок занимаемой должности для римских префектов в среднем равнялся одному году.