Так, многие русские путешественники, отмечая ограниченный правовой статус бухарских евреев, сообщают, что те надеялись: с приходом русских не только расширятся их права в Бухаре, но и будет дано разрешение на постройку новой синагоги, на что упорно не соглашались бухарские власти прежде [Костенко, 1871, с. 93–94; Маев, 1879а, с. 93; Носович, 1898, с. 638; Стремоухов, 1875, с. 678–670]. Также ограничены в правах были и индусы, традиционно являвшиеся в Бухаре менялами и комиссионерами при оптовых закупках. В силу своего немусульманского вероисповедания они нередко подвергались риску невыполнения обязательств со стороны мусульманских клиентов или партнеров перед «неверными», и надеялись, что при русских их денежные операции станут более безопасными [Костенко, 1871, с. 94; Крестовский, 1887, с. 315].
По результатам общения российских дипломатов с местным населением оказалось, что большинство подданных эмира связывали с установлением российского протектората положительные изменения в Бухаре. В частности, торговцы (и ранее более открытые к иностранному влиянию, нежели другие сословия в эмирате) надеялись на получение дополнительных льгот и преимуществ, крестьяне — на более упорядоченную систему налогов (и, следовательно, их уменьшение), рабы — на освобождение, представители национальных меньшинств и немусульманских конфессий — на расширение своих прав. Кроме того, основная часть населения надеялась, что русские ограничат произвол эмира, а также систему внутреннего шпионажа и доносительства. Фактически против усиления влияния России в Бухаре были лишь духовенство, боявшееся лишиться доходов от вакуфного имущества, и чиновничество, жившее за счет многочисленных налогов и сборов, и потому не желавшее ничего менять [Костенко, 1871, с. 85–86; Носович, 1898, с. 281, 629].
Уже в 1870–1880-е годы имело место усиление «российского фактора» политико-правового развития эмирата. Примечательно, что на данном этапе власти и население эмирата связывали российское влияние преимущественно с контролем распределения водных ресурсов: ведь после вхождения в состав России Самарканда под имперским контролем оказались верховья р. Зеравшан, и именно от воли администрации Зеравшанского района (затем — Самаркандской области) зависело водоснабжение Бухары и ее окрестностей. Этот факт нашел отражение и в отношении бухарцев к представителям российских властей, и в позиции эмира Музаффара в процессе переговоров с ними.
Так, С. И. Носович в своих записках приводит слова эмира, который был «рад приезду своих друзей-русских, и что вода пришла в Бухару вместе с ними» [Носович, 1898, с. 636]. В разговоре с князем Витгенштейном в 1883 г. он также подчеркивал, что понимает свою зависимость от России, которая в любой момент может навязать Бухаре свою волю, пригрозив оставить ее без воды [Крестовский, 1887, с. 167]. В свою очередь, простые бухарцы, по воспоминаниям Н. Ф. Петровского, уже в 1872 г. выражали недовольство русскими, задерживавшими, по их мнению, подачу воды в эмират или подававшими ее в недостаточном количестве [Петровский, 1873, с. 217].
Однако «водным вопросом» влияние России на дела эмирата не исчерпывалось. В период относительной неопределенности судьбы эмирата — продолжит ли он существование в качестве самостоятельного государства или будет присоединен к России — в Бухаре ходили самые разные слухи в связи с приездами российских посольств или даже отдельных представителей имперской администрации. Н. Ф. Петровский выразительно охарактеризовал ситуацию в эмирате, когда базарные слухи нередко влияли на принятие решений бухарскими властями, тогда как их решения, в свою очередь, влияли на экономическую ситуацию в стране; причиной тому, по словам дипломата, была неспособность бухарцев хранить даже самые важные государственные секреты: высшие сановники сообщали их своим родственникам и друзьям, через которых информация вскоре распространялась по всей стране [Петровский, 1873, 230–231].