Лестер писал Уолсингему: «Есть письмо от шотландской королевы, которое выдавливает слезы, но я надеюсь, никакого другого эффекта не будет: хотя затягивание дела слишком опасно». Елизавета хранила молчание, пока год подходил к концу, но антиквар Уильям Кэмден сообщал, что можно было слышать, как она шептала: «Бей, или будешь бита, бей, или будешь бита». Ее родственник лорд Говард Эффингем наконец убедил ее прекратить мучительную проволочку. Она подписала приказ о смертной казни Марии, передав его со словами, достаточно неопределенными, чтобы впоследствии иметь возможность заявлять, что она никогда не имела в виду приводить приговор в исполнение. Однако ее советники, во главе с Сесилом, согласились принять на себя ответственность за исполнение приказа.
Макиавелли писал своему государю, что преступление, при необходимости, следует поручать другим. В этом отношении, да и в других, Елизавета, похоже, усвоила его уроки, как и советы Анны де Божё. Девизом Елизаветы было «Вижу, но храню молчание»
7 февраля Марии Стюарт объявили, что следующим утром ее казнят. Она написала, что умрет как благонравная шотландка и настоящая француженка (такая удивительная двойная роль), но в первую очередь как истинная католичка. Ее правление на земле принесло несчастье, искупить которое (в традиционной модели роли королевы в качестве супруги) могли лишь вероятные успехи ее сына Якова. Однако она нашла себе роль мученицы на небесах.
Картина казни Марии Стюарт хорошо известна, со всем ее ужасом и пафосом. В посланном Сесилу докладе описано, как палачи помогали ее слугам снимать с нее украшения и верхние одежды и как она сама помогала им сделать все быстрее, «как будто стремилась к смерти». Она просила Елизавету разрешить ее слугам быть с ней рядом до конца, «в соответствии с честью и титулом, который мы обе носим, и нашим общим полом». Короче, лорды, сопровождавшие Марию на казнь, пытались запретить ее фрейлинам проводить королеву, но ее яростный протест победил.
Все время, пока они снимали ее одежды, она ни разу не потеряла присутствия духа, но с одобрительной улыбкой сказала, «что никогда не имела таких слуг для раздевания и никогда не раздевалась перед таким обществом»… нащупывая плаху, она наклоняла голову, пока не коснулась ее щекой и обеими руками, которые тоже оказались бы отрубленными, если бы их не заметили… Затем она очень спокойно лежала на плахе, один из палачей слегка придерживал ее рукой, и вынесла два удара топором другого палача, не издав почти ни звука и не сдвинув ни единой части тела с того места, где лежала: наконец палач отрубил ее голову (при этом маленький хрящик отлетел в сторону), поднял голову на обозрение всех присутствующих и выкрикнул: «Боже, храни королеву».
Губы Марии, как написали Сесилу, «шевелились еще четверть часа» после смерти королевы.
Теперь она была мертва, и континентальные европейские державы могли без опасений превозносить ее как католическую героиню. Екатерина Медичи сказала своему послу: «Я в высшей степени огорчена, что вы не смогли сделать большего для бедной королевы Шотландии. Прежде никогда не случалось, чтобы одна королева имела право судить другую, которая отдалась в ее руки ради собственной безопасности». (Намек на Жанну д’Альбре?) Филипп Испанский написал посланнику Мендосе: «Вы не можете себе представить, как мне жаль шотландскую королеву». Однако факт состоял в том, что теперь он мог продолжить подготовку к своему великому предприятию против Англии и строить свою армаду, не задаваясь вопросом, действительно ли он желает посадить на английский престол королеву, всей душой преданную Франции.
Когда ранним утром следующего дня Елизавете доложили о состоявшей казни Марии Стюарт, она, по словам Кэмдена, «всецело предалась горю». Истерический и драматичный припадок был предназначен, чтобы убедить в ее невиновности наблюдающую Европу, но, несомненно, исходил из сложного комплекса неподдельных эмоций.