В знак благодарности за поддержку в Вильно Наполеоном была создана комиссия временного правительства Великого княжества Литовского под руководством председателя первого департамента Минского главного суда Каминского. Минским губернатором стал аристократ Браниковский.
Но вскоре раннее административное деление была заменено новым на французский лад, а главные посты заняли французские военачальники и интенданты. Несмотря на это, поддержали Наполеона и магнаты, которые с собственными войсками отправились вместе с ним на Москву. Так, собрав два полка кавалерии, с французскими войсками вместе воевал последний из несвижской линии князей Радзивиллов Доминик Радзивилл. При отступлении французских войск он был ранен и умер от ран, а его родовое поместье — знаменитый Несвижский замок, в котором были сосредоточены несметные богатства, был разграблен российскими военачальниками.
Белорусские крестьяне ожидали, что Наполеон ликвидирует крепостное право, как он сделал в Европе. За это они также были готовы оказать французам всяческую поддержку. Но они так и не дождались облегчения своего положения. Все это привело к тому, что белорусская шляхта вскоре превратилась в исполнителя экзекуций, грабежей, выбивания недоимок из крестьян. В ответ на это белорусский народ вынужден был подняться на вооруженную борьбу против интервентов и их прислужников, чем содействовал разгрому французских войск.
Кроме этого, французские войска сильно путались в незнакомой стране, несмотря на то, что главный штаб французов обладал подробной картой официального российского издания. Она была размножена и передана в полки, но оказалась настолько плоха, что пользоваться ею было практически невозможно.
Первой российской армии удалось благополучно отойти в лагерь на Дриссе, причем это сделано было так быстро, что на несколько дней французы потеряли российские войска из виду. Правда при этом российским войскам пришлось бросить большую часть обозов. Тем не менее план Фуля фактически не срабатывал, так как вторая армия оказалась отрезанной от первой французскими войсками и о ней в Дриссе ничего не знали. В результате оставаться в Дриссе российским войскам не имело никакого смысла. Так как отступать для царя Александра было ниже его достоинства, он покинул армию и уехал в Москву воодушевлять население. Непопулярное отступление ради спасения армии взял на себя Барклай-де-Толли, который еще совсем недавно писал Багратиону, что он надеется на Бога, «который помилует нас от отступления», и назначил генеральное сражение под Свентянами (недалеко от Вильно).
Теперь, когда французам не удалось разбить российские армии на границе, у Наполеона было две главные задачи: во-первых, помешать дальнейшей концентрации российских войск, не допустив соединения Барклая-де-Толли и Багратиона; во-вторых, отрезать главные силы русских — первую армию Барклая — от южных и центральных губерний, заставив их отступать на северо-восток или даже восток. Первую задачу должен был выполнить корпус Даву, но ему сделать это не удалось, и он под Могилевом дал Багратиону опередить себя на целый переход. Этого было достаточно, чтобы российские армии соединились под Смоленском. И тогда Наполеону не оставалось ничего другого, как с удвоенной энергией взяться за выполнение второй задачи. И это ему едва не удалось, так как объединившись, оба русских командующих решили перейти от оборонительной тактики к наступательной.
Обе армии двинулись к северо-западу на Витебск, не имея перед собой ясной цели. По-видимому, они хотели напасть на левое крыло «Большой армии», состоявшее из войск итальянцев, которые сильно отстали от главных сил.
Следует отметить, что на контрнаступление Барклай-де-Толли согласился крайне неохотно, а поэтому оно выполнялось медленно и неточно. Личные отношения между двумя командующими были весьма натянутыми. Впоследствии Барклай-де-Толли писал царю Александру: «Никогда главнокомандующий какой-либо армии не находился в столь неприятном положении, как я в сие время». Дело в том, что Багратион открыто обвинял Барклая в государственной измене. «Мы проданы, — писал он генералу Ермолову. — Я вижу, нас ведут на гибель». После этих слов он добавлял: «Я служил моему природному государю, а не Бонапарту».
Таким образом Барклай-де-Толли оказался между двух огней. С одной стороны, он опасался разгрома, который был бы неизбежным в случае столкновения с главными силами французов, а с другой стороны он боялся, что его ославят как изменника, либо поступят, как со Сперанским. Это привело к тому, что Барклай вынужден был изображать активные боевые действия, пытаясь сохранить при этом армию, и постоянно оглядывался на Багратиона. Позже он признавался царю Александру: «Я должен был льстить его самолюбию и уступать ему в разных случаях против собственного удовольствия».