Согласно общему приказу, датированному 9 октября, под командованием генерал-майора сэра Уиллоуби Коттона из 13-го полка легкой пехоты должны были остаться в Кабуле и разместиться в Бала-Хиссар три пушки 6-й легкой полевой батареи и 35-й полк местной пехоты; 48-й полк местной пехоты, 4-я бригада и 2-й кавалерийский полк должны были быть расквартированы в Джелалабаде. Гарнизон Газни должен был состоять из 16-го полка местной пехоты, эскадрона уланов и подразделений войска шаха. И наконец, под командованием генерал-майора Нотта в Кандагаре должны были остаться 42-й и 43-й полки местной пехоты c 4-й ротой 2-й артиллерийской батареи, два эскадрона легких улан и часть войска шаха.
Опасность для реставрированной монархии в Афганистане крылась главным образом в возможности возвращения Дост Мухаммеда в Афганский Туркестан и формирования им армии в этом регионе. Вот почему подразделение армии шаха Шуджи с полевой артиллерией было отправлено зимой в Бамиан в качестве гарнизона, что было опасным распылением сил. Политический представитель доктор Лорд вызвал к себе враждебное отношение местного населения, напав на крепость хазарейцев, жители которой отказались продавать свои скудные запасы фуража, предназначенного для прокорма собственного скота зимой. Нападавшие подожгли фураж, и несчастные хазарейцы сгорели живьем или были убиты. Он также выдвинул войска к городу Баджгаху и оккупировал Сайган, расположенный на северных склонах Гиндукуша. И хотя эти передвижения привели к тому, что Джаббар-хан и семья Дост Мухаммеда оказались под защитой англичан, их политические последствия были неудовлетворительными; а эти удаленные отряды подвергались нападениям и в конечном счете были отведены назад.
Осенью король и Макнагтен, согласно обычаю афганских правителей, уехали в Джелалабад, а Бернс, совета которого Макнагтен, очевидно, не спросил, временно остался ответственным за ведение политики. Экономическое положение в Кабуле было неудовлетворительным, так как стоимость жизни возросла из-за покупки по высоким ценам больших партий продовольствия для войск. Зерна и фуража, выращенных поблизости, было недостаточно для удовлетворения большого спроса на них со стороны англичан.
Получив информацию об экспедиции Перовского, которая будет описана ниже, Макнагтен, опасавшийся, что за оккупацией Хивы последует оккупация Бухары, серьезно подумывал о том, чтобы опередить русских, доказывая тем самым свою непригодность для того, чтобы занимать свой важный пост. В это время он также предложил послать Бернса с миссией в лагерь русских. На это предложение Бернс ответил, что он охотно поехал бы, получив такой приказ. Не сочтя данный ответ достаточно красноречивым, Макнагтен отказался от своего плана. Полный провал русского похода на Хиву изменил ситуацию и стал для него огромным облегчением.
Другим важным вопросом было отношение к сикхам после смерти Ранджит Сингха. Они, как мы уже видели, не оказали действенной помощи Уэйду и Тимуру, не содержали армейский контингент в обмен на финансовую помощь, гарантированную им по Трехстороннему договору, и поощряли беженцев-гильзаев затевать беспорядки против шаха Шуджи, находясь под прикрытием своих пограничных крепостей. Макнагтен прекрасно понимал, что без права прохода через Пенджаб, давать которое хальса (сикхская община) была категорически против, положение англичан в Афганистане быстро ухудшится.
Яр Мухаммед быстро показал свое истинное лицо майору Д’Арси Тодду. Договор, по которому шах Камран обязался не вести переговоров с другими государствами без согласия британского резидента, был подписан всего несколько недель назад, когда пришло доказательство того, что вероломный визирь ищет защиты у правительства Персии и предлагает заключить договор об изгнании из Афганистана неверных англичан!
Как и следовало ожидать, Яр Мухаммед ненавидел Тодда, который очень хотел прекратить работорговлю в Центральной Азии, точно так же, как он до этого ненавидел Поттинджера. Для того чтобы справиться с ситуацией, Макнагтен настоятельно рекомендовал послать в Герат английскую армию. После захвата этот город должен был быть присоединен к владениям шаха Шуджи. Но Окленд принял решение послать денег еще и еще – а Яр Мухаммед продолжал плести интриги с правительством Персии. Наша политика основывалась на штыках или золоте. Наконец осознав недальновидность своей политики «денежного мешка» (финансовая помощь народу и правителю Герата дошла до 200 тысяч фунтов), Окленд стал склоняться к тому, чтобы прибегнуть к штыкам, но главнокомандующий подчеркнул, что ни о каком наступлении на Герат или Бухару не может быть и речи.