Вскоре была доказана вина Яр Мухаммеда в том, что он подстрекал к восстанию племя дуррани из Заминдавара. Более того, в феврале 1841 г. он потребовал еще больше денег, а когда Тодд ответил, что ему нужны какие-то гарантии того, что они не будут растрачены попусту, визирь потребовал: либо деньги, либо отъезд миссии. Вот что писал Кайе: «Никогда еще, наверное, власти Великобритании не были так разгневаны и не получали такого оскорбления в лице своих представителей. Можно почти не сомневаться в том, что если миссия осталась бы в Герате чуть дольше, то ее сотрудники подверглись бы самым худшим унижениям».
Вместо того чтобы выразить Тодду сочувствие, Окленд снял его с выполнения политических поручений, а затем еще понизил авторитет англичан тем, что написал примирительные письма к Яр Мухаммеду, выражая сожаление по поводу произошедшего инцидента, который прервал их добрые взаимоотношения.
Шах Шуджа был монархом, получавшим поддержку от иностранных войск. Помимо английских гарнизонов, была еще и армия шаха, к которой были добавлены еще и местные воинские отряды, все укомплектованные английскими офицерами и оплачиваемые англичанами. С помощью этих войск, находившихся в крепостях, занимавших господствующее положение, взимались налоги с населения, и непокорные афганцы находились в какой-то степени под контролем. Следует отметить, однако, что Макнагтен сохранял за собой право посылать карательные отряды против восставших племен. Он установил численность каждого отряда и дал подробные указания их командирам в отношении целей и методов их достижения. Таким образом, англичане стали непопулярны из-за этих карательных экспедиций, многие из которых были вызваны тиранией и жадностью шаха и его фаворитов. Они были нежелательны с военной точки зрения, в то время как такая система неизбежно была непопулярной не только у независимых и фанатичных афганцев, но и у эмира, который был возмущен тем, что в его руках недостаточно власти. Мы уже видели, как Ахмед-шах устанавливал феодальную систему, при которой каждое племя подлежало воинскому призыву. Однако бедный Афганистан был не в состоянии жить по новой системе, которая была совершенно ненадежной.
Шах Шуджа понимал, что он монарх лишь номинально, и не было недостатка доказательств того, что он и его министры тайно разжигают беспорядки в Заминдаваре и других местах. Действительно, следовало ожидать, что, ропща на навязанную ему систему, он будет постоянно совать палки в скрипящие колеса двойной власти. Если бы ему дали возможность править своими подданными афганскими методами при финансовой поддержке, то он, возможно, добился бы успеха, хотя тот факт, что Дост Мухаммед, который был практически пленником эмира Бухары, все еще мог появиться на политической сцене, безусловно, был серьезным элементом трудноразрешимой проблемы.
Весной гильзаи, которые доставляли много проблем осенью предыдущего года, за что и были наказаны капитаном Аутрамом, снова подняли восстание и перекрыли дороги между Кандагаром и Кабулом. Смешанный отряд под командованием капитана Андерсона выступил в поход и напал на бунтовщиков численностью около двух тысяч человек. С отвагой, которой славятся представители этого племени, гильзаи дважды атаковали смешанный отряд англичан, но были отбиты и понесли тяжелые потери.
После недолгих переговоров Макнагтен принял решение платить вождям гильзаев сумму, эквивалентную 3000 фунтов в год, в обмен на гарантии безопасности на дороге.
Юный сын Мехраб-хана, жаждавший мести, напал на Калат, а Неваз-хан, которому был отдан этот город, отрекся от него в пользу законного наследника. Политический представитель лейтенант Лавдей стал пленником и был впоследствии убит.
В это время скиталец-эмир скрылся из Бухары. Его конь пал от усталости, но, выкрасив бороду чернилами, Дост Мухаммед тем самым обманул бдительность чиновников эмира и переправился через Окс, где его радушно приняло племя вали в Хульме, и он получил возможность набрать сильную армию из узбеков в этой провинции. В начале сентября он выступил на Бамиан во главе шеститысячной армии. Англичане покинули и Баджгах, и Сайхан, но афганский полк, который ранее размещался в этих городах в качестве гарнизонов, дезертировал вместе с оружием и боеприпасами к своему недавнему правителю.
Повторное появление Дост Мухаммеда вызвало волнение не только в Кабуле, но и в Кухистане к северу от столицы, да и по всей стране. Также имелось доказательство того, что правящий принц сикхов Нао Нихал Сингх состоял с ним в переписке, в то время как сикхские эмиссары раздували в Афганистане антибританскую пропаганду.