Несмотря на такое почти невозможное положение, Макмагон при ведении переговоров постоянно выезжал к линии границы и проводил ее инспекцию. Когда пограничная линия добралась до равнин Хорасана, лежащих на высоте 6000–7000 футов над уровнем моря, положение стало выправляться. Эмир, очевидно, надеялся исчерпать терпение английского уполномоченного с целью заставить его принять беспорядочные притязания афганской стороны, но понял, что ошибался. Афганский лагерь стал испытывать нехватку продовольствия, которое добывалось силой и редко оплачивалось, в то время как англичане, которые платили за все, получали продовольствие из далекого Газни, несмотря на усилия афганского уполномоченного помешать этому.
18 августа двое уполномоченных Макмагон и Гуль-Мухаммед встретились впервые. Единственной темой беседы был вопрос, связанный с картами. Сердар не получил никаких указаний, отменяющих предыдущие указания не признавать никакие карты, кроме той, которую ему дал Абдуррахман. Однако благодаря письмам, которыми обменивались правительство Индии и эмир, афганский уполномоченный получил в конце концов копию карты из Кабульского соглашения, что стало поворотным пунктом в переговорном процессе.
Теперь стало возможно начать демаркацию, несмотря на постоянные возражения, выдвигаемые афганским представителем. Он страшился гнева эмира, который явно хотел обмануть англичан; также периодически предоставлялись поддельные документы. В добавление к этим трудностям этот край не был исследован, и необходимо было проводить его топографическую съемку.
К счастью, приближение зимы, которая не только сделала бы горы непроходимыми, но и перекрыла бы доступ караванам, везущим припасы, облегчило ситуацию и уменьшило число изматывающих возражений. Наконец, граница была размечена; перевал через горную цепь Кхваджа-Амран был преодолен как раз вовремя. Британский уполномоченный спустился на равнины и достиг Нью-Чамана в канун Рождества – девять месяцев спустя после начала работ.
Несмотря на бесконечные проблемы, создаваемые афганским уполномоченным, который хотел лишить Нью-Чаман источников, от которых зависело его водоснабжение, в конце февраля 1895 г. он подписал окончательный договор и карты, относящиеся к этой части границы, и затем уехал.
Сердар Мухаммад Умар-хан – вождь нурзаев, входящих в племенное объединение дуррани, и новый представитель эмира при разметке второй части границы, встретился с Макмагоном в Нью-Чамане в начале марта. Из-за интриг заинтересованных людей он попытался снова открыть вопрос о границе, который был уже решен в окрестностях Нью-Чамана, но получил твердый отпор.
Однако его отношение сильно затрудняло дальнейшую деятельность комиссии, и потребовалось больше месяца, чтобы разметить границу до точки, находившейся всего лишь в 30 милях от Чамана. Затем ситуация стала невыносимой из-за неразумных притязаний, выдвигаемых афганским уполномоченным, который хоть сам и был готов принять предложения Макмагона, но не осмеливался сделать это ввиду сопротивления вождей, приставленных к нему эмиром. Вследствие этого в июне британская миссия прекратила временно свою работу, чтобы дать возможность индийским властям провести переговоры с эмиром.
В январе 1896 г. работа комиссии возобновилась, а вместе с ней и трудности. Вице-король уступил район Илтаз-Карез афганцам, и эмир согласился в обмен на эту уступку, чтобы граница проходила прямой линией от точки до точки. Однако своему уполномоченному он написал просто, что «он должен проявлять сообразительность и смотреть, чтобы его не обманули».
Много споров вызвал регион, известный как Бахрам-Чах, но у афганцев практически закончились припасы, за исключением тех, которые были предоставлены им англичанами, так что они стремились закончить работу. В конечном счете граница была установлена до Робата, где были запасы хорошей воды.