Не слишком удачным оказалось и расположение тормозных щитков. При их выпуске образовывался вихревой поток, воздействовавший на горизонтальное оперение, в результате чего самолет внезапно с высокими перегрузками выходил на большие углы атаки. Еще одной неприятной особенностью МиГ-19 оказалась его высокая посадочная скорость – 230 км/ч. Заметим, что у МиГ- 15УТИ – в то время являвшегося для курсан – тов -последней ступенькой» к боевым истребителям – этот показатель не превышал 160 км/ч. Полуторакратный рост этой характеристики требовал даже от опытных пилотов повышенного внимания и точного расчета на посадку, в противном случае уход на второй круг или завершение пробега за границей ВПП был гарантирован.
Помимо этого, на трансзвуковых скоростях (М=0,9-0.96) МиГ-19 не отличался продольной устойчивостью. Как правило, находясь в этом скоростном диапазоне, машина проявляла склонность к рысканью по курсу и высоте, что с трудом парировалось пилотом. Причина заключалась в сложном характере обтекания хвостовой части фюзеляжа, на отдельных участках которого скорость потока превышала звуковую, что, в свою очередь, вызывало несимметричное положение скачков уплотнения, как раз и способствовавших потери устойчивости.
В ходе многочисленных испытаний конструкторам удалось отработать окончательный вариант хвостового кока с уменьшенной длиной и меньшим весом, который полностью устранил это явление. В немалой степени этому способствовали турболизаторы (пластины), появившиеся на хвостовой части фюзеляжа в зоне стабилизатора.
Однако наиболее опасным недостатком «девятнадцатого» были плохие штопорные характеристики, накладывавшие существенные ограничения при пилотировании этих истребителей строевыми пилотами, уровень выучки которых значительно уступал подготовке летчиков-испытателей. О том, насколько непредсказуемым было поведение машины на этом режиме, говорит хотя бы тот факт, что нередко штопорящий истребитель менял направление вращения на противоположное, а при определенном положении рулей сильно запаздывал с выходом или вовсе демонстрировал «суицидную» тенденцию вообще из него не выходить. Лишь длительные испытания и ряд доработок, предпринятых уже в ходе производства МиГ-19С (код НАТО «Farmer-С»), в конце концов позволил, с одной стороны, несколько сгладить этот дефект, а с другой, разработать методику выхода из штопора.
В течение длительного времени огромный объем проводимых ОКБ доработок казалось, ни коим образом не улучшал эксплуатационные характеристики машины. Серийные самолеты по-прежнему продолжали преподносить массу неприятных сюрпризов, значительная часть которых заканчивалась катастрофами с человеческими жертвами. Например, на строевых МиГах вновь проявился, казалось бы устраненный навсегда, дефект, связанный с автоматом регулировки управления (АРУ) и гидроагрегатами системы управления. Немало было и случаев отказа самих гидроусилителей. Причем, происходило это не только на сдаточных испытаниях, но и уже в частях. Лишь после введённых в конструкцию гидроусилителей изменений, удалось окончательно избавиться от этого дефекта.