Часть из этих полков в 1990 г. была преобразована в отдельные боевые вертолетные полки боевого управления (ОБВП БУ), включив в свой состав вертолеты-постановщики помех Ми-8ПП, воздушные КП Ми-9, корректировщики Ми-24К и радиационно-химические разведчики Ми-24РХ из расформированных отдельных эскадрилий.
С принятием решения об объединении Германии начался вывод домой частей ГСВГ. Уже в 1991 г. предстояло сократить численный состав и количество техники на четверть, в 1992-м и 1993-м — ликвидировать еще по 30 %, а полностью завершить вывод войск к 31 декабря 1994 г. Предполагавшаяся передислокация поначалу имела видимость определённого порядка, но вскоре темпы, подстегнутые распадом Варшавского Договора, а затем и самого СССР, опередили и эти планы — как говорится, «процесс пошел».
В 16-й Воздушной Армии первой, еще в 1990 г., покинула территорию ГДР одна эскадрилья разведчиков МиГ-25. В июле 1991 г. в полном составе перелетел домой 294-й ОРАП. Несколько раньше, с 5 по 7 июня, два звена Су-24МР из 11-го ОРАП вылетели из Ной- Вельцова, взяв курс на Чернигов. Полк пополнили оставшиеся 14 МиГ-25 931 ОРАП, перебазировавшиеся из Вернойхена 21 мая.
Тем самым на базе Ной-Вельцова сосредоточились все разведывательные силы — по одной эскадрилье Су-24МР и МиГ-25. «Двадцать пятые» находились здесь около года, а в июле 1992 г. они окончательно покинули ГДР и были передислоцированы за Урал. Показательно, что разведчики первыми стали покидать ГСВГ — работы для них явно не предвиделось.
После 1991 г. конечные пункты вывода полков несколько изменились, и большая часть группировки 16-й ВА оказалась в европейской части России. Со «второй волной» в апреле 1992 г. Германию покинули 85-й и 968-й ИАП. Некоторые полки выводились поэтапно.
22 апреля 1992 г. поднялись в воздух все оставшиеся 22 Су-25 357-го ОШАП (накануне восемь его штурмовиков, включая две «спарки», были переброшены в Деммин). Через две недели, 13 мая, из Апьтес Лагеря в полном составе вылетел 833-й ИАП, взяв курс на базу хранения Тоцкое под Оренбургом. 10 июня состоялся перелет МиГ-29 35-го ИАП из Цербста, в первой эскадрилье которого оставались 12 самолетов «9-12» и во второй — 16 «горбатых» «9-13» с увеличенным запасом топлива. 27 МиГ-27К и восемь МиГ-23УБ из 911- го АПИБ в середине июня перебазировались в Финстервальде и уже оттуда 6 июля вылетели на восток.
Дома авиаполки бывшей 16 ВА ожидала незавидная судьба: шло сокращение Вооруженных Сил, в ходе которого большая их часть подлежала расформированию! При этом тот факт, что уничтожались наиболее боеспособные части и соединения не волновало ни высшее руководство страны, возглавляемое президентом Ельциным, ни участвовавшего в этом разгроме маршала авиации Шапошникова. Самолёты передавались в другие части или списывались на базы хранения, где вскоре большей частью были безжалостно разграблены мародёрами, охотившимися за изделиями из цветных металлов. При этом номера наиболее прославленных частей и соединений вместе с их звучными титулами и знаменами уходили в историю. В результате, по состоянию на декабрь 1998 г. в составе российских ВВС остались лишь два авиаполка из прежней 16 ВА: 11 — й ОРАП, ныне дислоцированный в Мариновке, и 368-й ШАП, который после вывода из Германии нашел пристанище в печально известном Буденновске. С этого аэродрома его лётчики вскоре начали совершать боевые вылеты над мятежной Чеченской республикой.
В утешение можно сказать, что разрядка и окончание «холодной войны» подобные проблемы доставили и бывшим противникам. Вооруженные силы западноевропейских стран, испытавшие на себе урезание военных бюджетов, подверглись серьезному сокращению личного состава и списанию техники. Под нож договоров о сокращении вооруженных сил в Европе попали и судьбы многих авиаторов, ныне с ностальгией вспоминающих времена, когда пугало советской военной угрозы служило им надежным «работодателем». Впрочем, нам бы их проблемы…