Уникальным отличием структуры 16-й ВА от других воздушных армий являлся значительный вес в ее составе разведывательной авиации, что было зримым воплощением опыта Второй Мировой войны. По количетсву «следопытов» объединений троекратно превосходило обычную норму в «союзных» объединениях ВВС (обычно в составе воздушной армии имелся всего один разведполк). Такое значение разведки с очевидностью диктовалось отводившейся 16-й ВА ролью и самими условиями ТВД. Обеспечение планирования деятельности не только авиации и сухопутных войск, подчиненных командованию ЗГВ, но и Генштаба, заинтересованного в регулярной и объективной информации о состоянии и возможностях сил потенциального противника, располагавшего на прилегающих территориях более чем внушительной группировкой, потребовало наличия в составе армии трех отдельных разведывательных авиаполков (ОРАП). Они были укомплектованы самолетами разных типов, обеспечивавшими ведение разведки всех видов — оперативной и оперативно-тактической, дневной и ночной, фото, инфракрасной, радиационной, телевизионной и радиотехнической.
Для тактической разведки предназначался 294-й ОРАП, базировавшийся в Альштедте недалеко от границы с ФРГ. В двух его эскадрильях насчитывалось 25 разведчиков Су-17МЗР и пять «спарок» Су-17УМ. Выполнение широкого круга задач обеспечивали сменные подвесные контейнеры комплексной разведки, в различных комплектациях служившие для ведения плановой, перспективной и панорамной фотосъемки в дневное и ночное время, телевизионной и ИК-съемки, фиксации положения и рабочих частот РЛС противника, его узлов связи и средств РЭБ. Полк, которым командовал полковник Кириченко, покинул ГДР еще летом 1991 г., став первой советской авиачастью, выведенной домой в соответствии с Договором об обычных вооружениях в Европе, по которому СССР следовало сократить свои ВВС, дислоцированные западнее Урала, на 733 машины. Пожертвовав полком разведчиков, командование сохранило два других и оставило в неприкосновенности (пусть даже на время) ударные силы.
Для ведения разведки в оперативно-тактической глубине предназначались Су-24 из 11 — го Краснознаменного Витебского ордена Кутузова ОРАП, базировавшегося в Ной-Вельцове под Дрезденом. Две его эскадрильи имели по 12 самолетов комплексной воздушной разведки Су-24МР, третья служила для ведения радиоэлектронной борьбы и насчитывала 12 постановщиков помех Су-24МП. Полк, сформированный в июле 1942 г. в Подмосковье, обосновался в ГДР в июле 1954 г., а в августе 1968-го принимал участие в Чехословацких событиях.
Наиболее внушительно выглядели высотные скоростные разведчики МиГ-25 из 931-го ОРАП, базировавшегося в Вернойхене под Берлином, которые были представлены тремя специализированными модификациями: МиГ-25РБ, РБФ и РБС, а также «спарками» МиГ-25РУ. Уникальные возможности машин позволяли выполнять широкий круг задач: помимо высотной фотосъемки, радиотехнической и радиолокационной разведки, они могли наносить удары по наземным целям, поднимая до 4000 кг бомб (восемь «пятисоток»), сбросить которые могли не заходя в зону поражения ЗРК противника, что достигалось очень высокой скоростью полёта (М=2,83) и потолком (свыше 20.000 м).
Кроме работы со своей базы, экипажи МиГ-25 нередко использовали в качестве аэродрома подскока Ной-Вельцов на юге. На базе Шперенберг в лесах южнее Берлина размещалась также специальная эскадрилья радиотехнической и радиоразведки (из состава 226- го ОСАП) — подразделение «слухачей», располагавшее Ан-12ПП, двумя Ан-26 и двумя Ил-20. Время от времени здесь появлялись и воздушные командные пункты Ил-22, богатое радиои навигационное оборудование которых в критической ситуации могло обеспечить руководство действиями всей воздушной армии.
Здесь же базировались транспортники, занимавшиеся перевозками и снабжением. 16-й военно-транспортный авиаполк (ВТАП) к 1991 г. насчитывал в своем составе 13 Ан-12, 2 Ан-24, 10 Ан-26 и штабной Ту-134 командования ЗГВ. Частыми гостями на аэродромах 16-й ВА были самолеты ВТА из СССР, включая Ил-76 и Ан-22.
Весьма внушительными силами располагали вертолетные части, с мая 1990 г. сведенные в армейскую авиацию сухопутных войск. Помимо Ми-6 из 239-го Белгородского краснознаменного ОВП в Ораниенбурге, подчинявшегося непосредственно командованию Группы войск, в Германии базировались десять отдельных боевых вертолетных полков. Организационно они входили в состав армий — общевойсковых 3-й краснознаменной (178-й и 440-й ОБВП в Бортселе), 8-й гвардейской ордена Ленина (336-й ОБВП в Нора и 486-й ОБВП в Альтес-Лагере), 20-й гвардейской краснознаменной (337-й ОБВП в Мальвинкеле и 487-й ОБВП в Преслау) и 1-й и 2-й танковых гвардейских краснознаменных армий (225-й ОБВП в Алыитадте, 485-й ОБВП в Брандисе, 172-й и 439-й ОБВП в Дамне).