Положение православной церкви определилось указом 11 декабря 1811 г., данным по поводу присоединения Выборгской губернии к Финляндии; он гласит: «Манифестом, в сей день изданным, соединив старую и новую Финляндию в одно гражданское управление, духовное ведомство церквей и монастырей православного греко-российского исповедания в сей губернии состоящих, оставляем во всем на прежнем их основании, под главным управлением Св. Синода и настоящего их епархиального начальства, присоединяя к оному ведомству и всех православных греко-российских церквей, в Финляндии состоящих». Но провести этот принципиальный взгляд во всех случаях церковной жизни оказалось не так просто и легко. Протоиерей Кексгольмского собора и благочинный Петр Амосов, еще в январе 1810 г., донес епархиальному начальству, что он поставлен в затруднение вопросом некоторых прихожан, следует ли отправлять большие праздники, как-то: Рождество Христово, Пасху и проч. в положенные по уставу православной церкви дни, или же вместе с праздниками лютеранскими, которые в Финляндии отправляются по новому стилю, следовательно 12 днями ранее? В виду возникшего нового вопроса о том, кто будет, платить штраф за прихожан, если они отступят от местного закона, С.-Петербургский митрополит Амвросий донес об этом Св. Синоду, находя с своей стороны справедливым отправлять праздники по уставу православной церкви. Синодальный обер-прокурор, князь Голицын, вошел с всеподданнейшим докладом, причем Государю Императору Александру I угодно было Высочайше утвердить доклад князя Голицына в том смысле, чтобы православные жители Финляндии отправляли свои праздники по уставу своей церкви, а потому и не подлежали бы ответственности, определенной шведскими законами за уклонение от чествования лютеранских праздников.
Когда шла речь о праве проживающих в Финляндии греко-российских исповедников отправлять церковные праздники по старому стилю, то в отношении по сему поводу от 20 июля 1810 г. употреблено было выражение, что греко-российская церковь из подчиненной в Финляндии сделалась господствующей.
28 Апреля 1813 г. С.-Петербургский митрополит Амвросий обратился к обер-прокурору Св. Синода князю Голицыну с новой просьбой о том, чтобы установлено было положение, по которому бы православные крестьяне в Финляндии освобождались от платы местному лютеранскому духовенству пасторских повинностей и не участвовали в постройке лютеранских церквей и пасторских дворов. Обер-Прокурор сообщил об этом Финляндскому генерал-губернатору графу Армфельту, который 31 мая уведомил, что передаст это дело на усмотрение финляндских Сената и Духовной Консистории.
После переписки с подлежащими ведомствами, православные освобождены были от возложенной на них в 1803 г. обязанности платить сборы с земли в пользу лютеранского духовенства и на постройку пасторских домов.
Кроме того было Высочайше повелено потребные на греко-российские церкви в «Великом Княжестве Финляндии» деньги производить из доходов сего края. Эта ежегодная выдача на содержание церквей в 1815 г. составляла 7.148 руб.
Когда первоначально возник вопрос о крещении детей от смешанных браков, то прежняя комиссия финляндских дел времени Сперанского предполагала всех детей крестить в греко-российскую веру, как в других завоеванных частях Империи. Впоследствии по сему вопросу возобладало иное мнение.
Когда коснулись покупки земли в лютеранских приходах лицами греко-российского исповедания и обратно, то, по местным законам, имели в виду обеспечить интересы духовенства.
Подобным образом возник целый ряд церковно-православных вопросов и все они проходили через финляндские власти и учреждения, которые пользовались случаем закрепит зависимость православного духовенства от своих требований; так, например, 2 августа 1823 г. явились наконец давно ожидаемый указ и штаты Финляндского духовенства, и этим местным узаконением давался лютеранскому правительству открытый доступ к делам православной общины. Православному духовенству предписывалось «дабы оно при мирских сходках, установляемых в присутствии начальника губернии или уполномоченного им, равно и депутата со стороны греко-российского духовенства, заключало, по взаимному согласию с прихожанами, условия, кои потом имеют быть представляемы на утверждение Финляндского нашего Сената, а если и за сим откроются впредь подобные тяжбы, то разбирать и решать оные ландсгевдингу (начальнику) губернии».
В 1820 г. в православных приходах насчитывалось 17,618 мужчин и 12,046 женщин.