В первой половине XIX в. было завершено преобразование наместничеств в губернии и создание местного аппарата управления по примеру губерний центральной России. Наместничества были ликвидированы в соответствии с указом Павла I “О новом делении государства на губернии” от 12 декабря 1796 г. В 1803 г. количество украинских губерний увеличилось до девяти: Волынская, Екатеринославская, Киевская, Подольская, Полтавская, Слободско-Украинская (с 1835 г. — Харьковская), Таврическая, Херсонская и Черниговская. Территория каждой губернии, за исключением Крыма, подразделялась на уезды. Часть губерний объединялась в генерал-губернаторства. Их создание характеризовалось частыми изменениями административно-территориального состава. В 1801 г. Киевская губерния входила в одно генерал-губернаторство с Минской губернией; Волынская, Подольская, Полтавская и Черниговская губернии составляли Малороссийское генерал-губернаторство. В 1832 г. из Волынской, Киевской, Подольской губерний было создано единое Киевское генерал-губернаторство. В 1803 г. в одно генерал-губернаторство вошли Екатеринославская, Таврическая и Херсонская губернии. В 1812 г. эти губернии вместе с Бессарабской областью составили Новороссийское генерал-губернаторство. В 1835 г. были созданы Полтавское, Харьковское и Черниговское генерал-губернаторства.
В первой половине XIX в. самодержавие продолжало проводить в Украине перестройку системы управления по российскому образцу. В царских указах подчеркивалась обязательность для губерний Украины общегосударственного управления и общего с другими губерниями империи их правового положения.
Центральное управление Украиной осуществляли непосредственно император и созданные в 1802—1811 гг. министерство внутренних дел и те отрасли министерства, которые имели свои органы в системе местного управления Украины. Административный аппарат на местах возглавлялся в каждом генерал-губернаторстве генерал-губернатором, а в губерниях был представлен губернаторами и административно-полицейскими губернскими учреждениями. Генерал-губернаторами и губернаторами в Украине, как правило, были высшие военные чины.
Система губернского управления состояла из губернатора, губернского правления и губернских учреждений отраслевого управления — казенной палаты, рекрутского присутствия, присутствия полиции, суда и других органов, подчиненных губернатору.
Губернское государственное управление осуществлялось при участии сословных органов — дворянских собраний во главе с предводителями дворянства.
В подчинении губернского аппарата находился уездный аппарат управления. Он был создан в первой половине XIX в. по всей Украине, за исключением Крыма. Система уездного управления, главную роль в которой играл земский суд, включала уездное казначейство и таможенные учреждения, уездное правление государственных имений и др. Земский суд являлся одновременно административно-полицейским и судебным органом, выполнял функции надзора за состоянием общественного порядка и осуществлял правосудие. Система уездных учреждений венчалась уездным предводителем дворянства и уездным дворянским собранием, которые избирали чиновников на некоторые административные и судебные должности.
Следует подчеркнуть, что в XIX — начале XX в. самодержавие представляло собой диктатуру дворянства всех национальностей. Проводя политику укрепления власти административно-полицейских органов, царизм расширял компетенцию главных должностных лиц в системе местного управления — генерал-губернаторов и губернаторов. Во второй половине XIX в. их компетенция расширилась за счет предоставления им особых и чрезвычайных полномочий. Примером может служить Положение о мерах по охране государственного порядка и общественного спокойствия 1881 г., которое предоставило генерал-губернаторам право объявления местности на положении усиленной охраны. В такой местности полиция и жандармерия получали право ареста подозрительных лиц и проведения обыска в любое время и в любом месте.
Значительные изменения в системе управления произошли после проведения реформ 60—70-х годов. Главным их результатом было введение органов местного самоуправления. Так, крестьянская реформа 1861 г. ввела общественное крестьянское управление. Земская 1864 г. и городская 1870 г. реформы образовали всесословные органы земского и соответственно городового управления в уездах, губерниях, городах.