Арабский мир породил ряд важных фигур, таких как Джабир ибн Хайян, известный европейцам под латинизированной формой своего имени Геберус или Гебер. Джабир разработал контролируемые эксперименты, которые имели решающее значение для последующего возникновения химии. Он также считал, что корневые буквы названия вещества на арабском языке связаны с числами, а нумерология дает ключ к физическим свойствам различных элементов. В 1144 году Роберт Честерский перевел с арабского на латынь свою книгу «Состав алхимии»
, и это обеспечило в Европе систематическую основу для более ранних разнообразных форм экспериментов с материалами. В XII веке Толедо был центром перевода с арабского, что в результате подарило английскому языку новые слова, такие как «эликсир» и «алкоголь». С XIII века важные фигуры, такие как Альберт Великий в Кельне и Роджер Бэкон в Оксфорде, синтезировали эти новые источники и поместили их в более аристотелевские рамки. Бэкона интересовала идея университетов. Для него и алхимия, и астрология были жизненно важными разделами знаний, которые должны были охватывать любой университет. На более практическом уровне Бэкон и многие другие экспериментировали в новых лабораториях. Алхимия не относилась к чисто теоретическим вопросам. Важным для некоторых областей эксперимента была дистилляция, при которой извлекались компоненты жидкостей путем последовательных процессов кипения и конденсации. Дистилляция получила известность среди аккадцев, использовавших ее для изготовления духов в XII веке до н. э. Древние греки и арабы применяли дистилляцию для процессов очистки спирта и создания различных медицинских настоек. Дистилляция широко рассматривалась как метод очищения веществ или их превращения в эссенции – важнейшие аспекты алхимических практик.За такими экспериментами стояли более космологические измерения чистоты. Многие считали, что в основе множественности вещей в мире лежит некая более чистая, единая субстанция, из которой выделяются индивидуальные качества. В то время велись поиски такого Ур
-материала. Постоянно ходили слухи, что отдельные люди владеют фрагментом такого вещества, который стал известен как Философский камень. Если взять кусочек такого камня и добавить его к чему-то более низкому, например к свинцу, то свинец превратится в более высокий металл, самым ценным из которых было золото. Человеческое тело также могло быть усовершенствовано подобными средствами, и, конечно, совершенное тело не старело и не умирало. Тонко измельченные фрагменты Философского камня, добавленные в воду, или необычайно очищенная жидкость, полученная путем искусной дистилляции, может действовать как Эликсир жизни. Шарлатаны средневекового и современного миров были в большом количестве привлечены к поискам Философского камня и Эликсира жизни, демонстрировали свои чудесные открытия богатым, могущественным и доверчивым, некоторые из них считались успешными.В эпоху Возрождения вся герметическая и неоплатоническая основа алхимии воспринималась через теории соответствия. Здесь алхимия приблизилась к медицине через практику так называемой ятрохимии («ятрос»
по-гречески означает «врач»). Центральное влияние на этот процесс оказывал Парацельс (1493–1541), объединивший астрологические расчеты как средство диагностики с различными способами лечения, многие из которых основывались на химических знаниях, полученных из средневековой алхимии. Парацельс переформулировал средневековую гуморальную теорию. Он утверждал, что решающее равновесие в человеческом теле находится между гуморами Соли (которые способствуют стабильности), Серы (горючести) и Ртути (текучести). Также именно Парацельс заявил, что болезнь возникает, когда один гумор отделяется от двух других. Парацельс начал расходиться с алхимическим и астрологическим подходами к медицине в растущем убеждении, что некоторые виды болезней являются результатом атак агентов вне тела. В этом он предвосхитил теорию микробов. Парацельса интересовала проблема сифилиса, относительно недавно завезенного из Америки, и он же разработал настойку из опиума, облегчающую боль. Этот ученый энергично следовал теории соответствия и стал теперь известен (или скорее печально известен) «оружейной мазью». Если кто-то был ранен кинжалом, Парацельс обрабатывал рану химическим составом, но затем также применял мазь и к кинжалу, ответственному за это, в надежде что мазь, нанесенная на кинжал, также ускорит заживление раны. Парацельс явно не был глупым человеком, и хотя нанесение мази на кинжал кажется нам сегодня странным, это лишь демонстрирует силу логики соответствий, которой следовало так много людей в XV и XVI веках.