Из-за гигантских масштабов завоеваний монголы первыми и единственными из кочевников столкнулись с проблемой управления в ее самой острой форме. У них не было предшествовавшего опыта. В древних оседлых сообществах население получало средства к существованию и богатства, обрабатывая землю. В древней истории о Каине и Авеле упоминается извечный конфликт между пастухом и земледельцем. Всадники степей всегда презирали людей, обрабатывавших землю: первые набеги и вторжения были разрушительными и скоротечными. Даже обширные, хотя и эфемерные тюркские завоевания VI века едва ли выходили за пределы степей, а вторжения сельджуков на персидские и арабские земли в XI веке были смягчены общей религией, которую исповедовали и захватчики, и вторгшиеся враги, и местные жители. Но язычники-монголы вышли далеко за пределы евразийских регионов, где господствовали конные скотоводы. Они вторглись и покорили цивилизованные регионы Китая и Персии, наполовину цивилизованные русские равнины и торговые оазисы Центральной Азии. Войну за мир, как известно, выиграть трудно. Когда монголы подавили последние искры сопротивления, им пришлось решать, как лучше всего сохранить свое правление, использовать богатства и успокоить местное население территорий, которые они заняли. Их реакция на этот вызов была разной по форме и эффективности, и, если не все их лидеры были такими же опытными и успешными, как Хубилай и Китае, их достижения в общем оказались на более высоком уровне, чем можно было ожидать от людей, чьи горизонты были ограничены примитивными обычаями племенного общества.
Переход от завоевания к консолидации имел место вскоре после смерти Мунке в 1259 году. Героический век монгольской экспансии завершился. Битва при Айн-Джалуте в 1260 году навсегда лишила завоевателей мира возможности покорить Египет и Африку. Золотая Орда никогда всерьез не возобновляла наступление на Европу, и, если Хубилай к 1279 году уничтожил власть Сун, его попытки заморских завоеваний на Дальнем Востоке провалились из-за невежества монголов в морской войне. Единство империи распалось, затем последовали внутренние конфликты. Золотая Орда сражалась с ильханами Персии, и Хубилай, пятый и последний из великих ханов, достиг этого положения только после гражданской войны, которая решила не только какой из двух претендентов должен занять императорский трон, но и многое другое.
В конце своего недолгого правления великий хан Мунке, оставив своего младшего брата Арик-Боке (младший сын Толуя от Сорхохтани; в 1260 году ему было сорок четыре года) у власти в Каракоруме, начал кампанию в Китае, в которой его другой брат, Хубилай, был его подчиненным. Летом 1259 года Мунке умер от дизентерии в провинции Сычуань. Хубилай собрал курултай в Жэхэ в июне 1260 года, где его провозгласили великим ханом. Но Арик-Боке заявил, что такое собрание, проведенное не на монгольской территории, не имеет силы. Подстрекаемый Болтаем, несторианским министром Мунке, он тоже собрал курултай и был объявлен великим ханом. Борьба за верховную власть отвлекла империю на четыре года. Кайду, глава дома Угэ-дэя, и Алгу, глава дома Чагатая, поддержали Арик-Боке, однако вопрос решили высшие военачальники Хубилая и сторонники армии в Китае. Арик-Боке сдался и в 1264 году был прощен. И хотя враждебность Кайду не уменьшилась и пережила даже самого Хубилая, трон последнего с тех пор не подвергался серьезным потрясениям. Поскольку противники проводили совершенно разные политические линии, конфликт имел решающие последствия. Арик-Боке выступал за традиционный монгольский консерватизм, который презирал развращенность людей Чингисхана соблазнами цивилизованной роскоши. Хубилай не видел другого будущего для империи, иначе как в партнерстве между монгольским правящим классом и их искушенными и намного более многочисленными подданными. После поражения Арик-Боке Каракорум перестал быть имперской столицей. В 1260 году Хубилай обосновался в Пекине, к 1267 году построил великолепную зимнюю резиденцию, получившую название Тай-ту – «великий двор». Тюрки знали его как Город ханов, Ханбалык и Камбалюк – у Марко Поло и западных путешественников. Описание этого города дано во второй книге Марко Поло, который в первой книге также писал о летней резиденции Хубилая в Шаньту – «Ксанада благословенного» Кольриджа, что в десяти днях пути от Ханбалыка, за стеной. Выбирая Пекин, Хубилай понимал, что город прежде был столицей варварских правителей Северного Китая и что он достаточно близко к краю степей и пустыни, чтобы путешествие в Монголию и обратно было быстрым и легким.