Другим результатом московского поощрения деятельности богатых татарских купцов было то, что интересы последних, в отличие от обычных людей, оказались связаны с политикой Русского государства. Цари, таким образом, начали иметь своих сторонников среди татар. В Смутное время (1606–1609) массы волжских татар стали на сторону второго Лжедмитрия и присоединились к грабежам монастырей и помещичьих усадеб, в то время как верхушка общества стояла за закон и порядок и присоединилась к движению, которое привело к изгнанию поляков и избранию нового царя Михаила Романова в 1613 году. На документе о его избрании имеется семь татарских подписей.
В первые годы последовавшего периода были приняты более мягкие законы, и прежде всего было остановлено намеренное продвижение русской миграции на восток. Однако вскоре были возобновлены усилия по переводу татар в христианскую веру и добавлены экономические меры для поддержки миссионерских усилий. В 1628 году было постановлено, что ни один мусульманский землевладелец не имеет права держать христианских крепостных крестьян, и в XVII веке периодически предпринимались попытки отдать татарам, принявшим христианство, во владение земли их мусульманских родственников. Некоторые татары, которые были лишены своих земель такими мерами, пошли в торговлю, поскольку русское правительство нуждалось в мусульманском торговом классе и оставило его членов более или менее в покое. Не все из тех, кого затронули эти жестокие меры, были настолько стойкими в своей вере, чтобы ради нее отказаться от своих мирских владений, и снова часть татарской знати приняла христианскую религию. Менее высокопоставленные новообращенные татары были награждены освобождениями от налогов и повинностей, таких как принудительные работы, воинская обязанность и пр. Так довольно большое число представителей низших классов было подвигнуто к переменам. Целые деревни и племенные группы приняли христианство. В результате в течение века появилось особое сообщество татарских христиан. Их было несколько десятков тысяч, и их называли кряшены (крещеные). Этой группе давали возможность обустроиться путем переселения соседних мусульман в другие места.
Несмотря на эти миссионерские успехи, татары продолжали оставаться в подавляющем большинстве мусульманами и потому были подвергнуты русским правительством ряду ограничений в правах. Все эти ограничения свобод и в особенности обязанности исполнять принудительные работы (такие как валка леса для кораблестроительства, обработка государственных земель и пр.), которые были навязаны в основном в XVIII веке и вызывали большое возмущение, привели к тому, что татары первыми присоединялись к антиправительственным движениям. Так, мусульмане были среди людей Стеньки Разина (1667–1671), Кондратия Булавина (1708) и Емельяна Пугачева (1773–1774). Между этими крупными революционными выступлениями на Волге имели место отдельные восстания местного значения, и все они в конечном счете были подавлены. В ответ на непокорность были еще более ужесточены существующие законы, Казанское ханство в 1709 году стало русской провинцией, и дальнейший упор был сделан на миссионерскую политику и финансовые меры. Но все это время было очевидно, что большая часть татарской верхушки желает сотрудничества с русскими. Правительство также проводило политику натравливания различных национальных групп – татар, башкир, волжских финнов – друг на друга. Даже исламские религиозные лидеры, которые надеялись на османскую помощь и около 1608 года рассчитывали на вмешательство шиитского шаха Персии Аббаса Великого, хранили молчание. Они не могли при сложившихся обстоятельствах развивать свои изначально умеренные усилия, направленные на распространение ислама среди волжских финнов. И в ходе XVIII века православная церковь сумела заполучить почти все оставшиеся языческими племена. Чтобы избежать давления русских, некоторые из этих финнов мигрировали на башкирские земли, где они сначала жили согласно своим обычаям, но позднее постепенно приняли мусульманскую веру и большинство из них – башкирский язык. Таким образом, они в большинстве своем ассимилировались с башкирами, хотя и сохранили определенную национальную идентичность до настоящего времени под названиями мишари и тептяри.
Миграционные движения и массовые крещения XVII и XVIII веков имели далекоидущее влияние на геополитическое положение татар. В регионе, где они жили, теперь появились зоны русских поселений, и теперь места их обитания в основном состояли из изолированных фрагментов. Крещение некоторых татар и волжских финнов способствовало смешению этих людей с русскими и друг с другом, а миграция некоторых количеств финнов в татарские районы привела к увеличению финской составляющей в крови татар. Получилось так, что русские жители юго-востока с тех пор приобрели некоторые татарские черты. А среди татар и башкир отчетливо выделилось два физических типа: туранский – с внешними признаками народов Центральной Азии, и восточноевропейский – с преобладанием финских или русских черт.